"ועשו לי מקדש ושכנתי בתוכם", ולא נאמר: ועשו לי משכן, או לחילופין: ועשו לי בית מקדש. פסוק זה נראה במבט ראשון כתלוש מן הנושא הנדון בפרק כ"ה- תרומות למשכן, תבניתו הכללית במראה בהר ותיאור בניית מרכיביו.
חלק מפרשני המקרא סבורים כי ציווי בניית המשכן בא בעקבות חטא העגל, ואין מוקדם ומאוחר בתורה. לדידם, לבניית המשכן היו שתי מטרות: א. בניית היכל מוחשי לעבודת ה', ב. הודעה לכל האומות שנתכפר לבני ישראל חטא העגל. אחרים סבורים שציווי בניית המשכן הוא מצוות עשה לשעתו ולעתיד לבוא, ללא קשר לחטא העגל.
אלה ואלה מסכימים שמטרת ה "ועשו לי מקדש" הוא ל "ושכנתי בתוכם"- בתוך כל אחד מבני ישראל. אילו זה היה כך, הרי שבגמר מלאכת המשכן התורה היתה צריכה לתת ביטוי למגמה הזאת. בסוף פרשת פקודי, בגמר תיאור הקמת המשכן נאמר: "ויכס הענן את אוהל מועד וכבוד ה' מלא את המשכן" (מ', ל"ד). אין איזכור לכך, שבעקבות בניית המשכן הקב"ה שכן בתוך כל אחד מבני ישראל.
מעבר לקביעת חלק ממוני המצוות, שמפסוק זה לומדים מצוות עשה של בניית בית המקדש בזמן ובמקום המתאימים, יש לפסוק זה מסר ייחודי. המסר הזה קובע, שעל עם ישראל כפרטים וככלל לקדש עצמם בקיום מצוות ה'. בפרשת קדושים נאמר: "קדושים תהיו כי קדוש אני ה' אלוקיכם" (ויקרא י"ט, ב'). כדי למלא אחר ציווי זה, על עם ישראל לקיים שורה של מצוות: "איש אימו ואביו תראו ואת שבתותי תשמרו", "לא תגנובו ולא תכחשו ולא תשקרו איש בעמיתו", "לא תעשו עוול במשפט", "ואהבת לרעך כמוך" וכו'.
בני ישראל יכולים להגיע לקדושה על ידי קיום מצוות ה'. ללא קיום תנאי בסיסי זה, אין ערך למשכן. כל ההתלהבות שליוותה את בנייתו: "ויבואו האנשים על הנשים כל נדיב לב הביאו חח ונזם וטבעת וכומז כל כלי זהב..." (ל"ה, כ"ב), דומה להתלהבות קודמת במעשה העגל: "ויתפרקו כל העם את נזמי הזהב אשר באוזניהם ויביאו אל אהרון" (ל"ב, ג'). ההתלהבות הזמנית בזמן עבודות הקמת המשכן, אינה יכולה להיות תחליף לעבודת ה' יום יומית בקיום מצוותיו. הקב"ה מבטא זאת בצורה שאינה משתמעת לשתי פנים, בסיום בניית בית המקדש על ידי שלמה המלך: "הבית הזה אשר אתה בונה, אם תלך בחוקותי ואת משפטי תעשה ושמרת את כל מצוותי ללכת בהם והקימותי את דברי איתך אשר דיברתי אל דוד אביך. ושכנתי בתוך בני ישראל ולא אעזוב את עמי ישראל" (מלאכים א' ו', י"ב-י"ג). המטרה: שמירת המצוות החוקים והמשפטים וההליכה בהם. האמצעי: בית המקדש בתקופת שלמה המלך והמשכן בתקופת משה רבינו. אמצעי זה המקפל בתוכו שורה של מצוות, משרת את המטרה. כשלונות בשגגה בקיום המצוות, יכופרו במשכן או בבית המקדש.
בתקופות שונות בהיסטוריה של עם ישראל, האמצעי הפך למטרה. כנגד מגמה זו יצאו נביאי ישראל: "למה לי רוב זבחיכם יאמר ה' שבעתי עולות אילים וחלב מריאים ודם פרים וכבשים ועתודים לא חפצתי" (ישעיה א', י"א), "רחצו הזכו הסירו את רוע מעלליכם מנגד עיני חידלו את הרע" (שם שם ט"ז), "חסד חפצתי ולא זבח" (הושע ו, ו'), "כי אם תעלו לי עולות ומנחותיכם לא ארצה ושלם מריאיכם לא אביט... ויגל כמים משפט וצדקה כנחל איתן" (עמוס ה', כ"א-כ"ד).
לאור מגמות אלה שהסתמנו בעם ישראל, באה הדרישה בזמן הציווי על הקמת המשכן: "ועשו לי מקדש ושכנתי בתוכם". כל אחד מבני ישראל יעשה מקדש לעצמו על ידי קיום מצוות ה', שיביא לידי: ושכנתי בתוכם. הסבר זה מבהיר את שילוב הפסוק בפרק המתאר את הקמת המשכן.
בסיום הקמת המשכן כבוד ה' מלא את המשכן. אך הקמת המשכן אינה תנאי להשכנת השכינה בכל אחד מבני ישראל. כדי להשיג זאת עליהם לקדש עצמם במצוות ה'.
מלאכת עשיית בית המקדש על ידי כלל ישראל מוגבלת במקום ובזמן. בית המקדש יכול להיבנות רק בארץ ישראל, לאחר כיבושה מידי העמים היושבים בה, כאשר רוב עם ישראל נטועים על אדמתה.
לעשיית המקדש, כל אחד לעצמו, אין מגבלות של זמן ומקום. ניתן לקיימה בארץ ישראל ומחוצה לה, לפני או אחרי כיבושה. החתירה המתמדת להרחבת המעגלים של עושי המקדש, כל אחד לעצמו, היא הערובה לבניית בית המקדש על כל המשמעויות הגלומות בפסוק: "ועשו לי משכן ושכנתי בתוכם".