בהלכות תפילה ודיני בית הכנסת, מוצאים אנו את הההלכה האומרת שאסור לאכול ולשתות בבית כנסת (שו"ע או"ח קנ"א א'). לעומת זאת, בבית מדרש, כלומר - מקום שלומדים בו תורה, מותר לאכול ולשתות (רמ"א שם). הבדל זה בדין אכילה ושתיה בין בית כנסת לבית מדרש הוא קשה לכאורה, שהרי ראינו שקדושת בתי מדרשות גדולה וחמורה מקדושת בתי כנסיות (רמב"ם הל' ת"ת פ"ד ה"ט) ובית המדרש גדול ועדיף מבית כנסת (רמב"ם הל' תפילה פ"ח ה"ג) עד כדי כך שאסור לבנות בית כנסת במקום בית מדרש אך מותר להציב בית מדרש במקום בית כנסת (שם פי"א הי"ד), ולאור כל זאת היינו בפשטות דנים מכך קל וחומר: ומה בית הכנסת אסור לאכול ולשתות בו, בבית המדרש שקדושתו גדולה יותר, לא כל שכן?.. אם בית המדרש קדוש מבית הכנסת, לכאורה הדין היה צריך להיות שבו יהיה אסור לאכול ולשתות, אם נקבע איסור כזה על אחד מבין השניים.
אם כן, מדוע נקבעה כך ההלכה, בניגוד למה שלכאורה היה צריך להיות? ומהי בעצם סיבת ההבדל הזה בין בית כנסת לבית מדרש, מבחינה רעיונית?
ניתן להסביר זאת מתוך התבוננות במהות בית הכנסת לעומת מהות בית המדרש, ובהבדל העיקרי הקיים ביניהם.
התפילות, המתקיימות בבית הכנסת והן עיקר תפקידו, תוקנו כנגד הקורבנות שהיו מקריבים בבית המקדש (רמב"ם הל' תפילה פ"א ה"ו). אך אין זה תחליף של ממש, כמובן, שהרי התפילות אינן קורבנות ממש, ובית הכנסת אינו מקדש ממש - אלא רק "מקדש מעט", כפי שנהוג לכנותו[1]. רק מעט, חלק; ובו אסור לאכול ולשתות. לעומת זאת, במקדש האמיתי, השלם, היו אוכלים ושותים[2]. סיבת הבדל זה מכיוון שבית כנסת הינו רק מקדש מעט, חלקי, שלמעשה מתקיימת בו רק אחת מעבודות בית המקדש[3], לכן הוא יוחד לאותה העבודה, ואין לעשות בו דבר שאינו קשור או נצרך לאותו הייעוד של בית הכנסת.
לעומת זאת, בית מדרש אינו רק "מקדש מעט"; בית מדרש אינו משמש רק לתפילה, אלא גם לתורה, על כל צדדיה: לימוד, בירור, קביעה ופסיקה, ואף עשיית דין תורה. בית המדרש לא מתייחד רק לעבודה מצומצמת וספציפית, אלא מוקדש לתורה על כל פניה. תורה זו קרוייה תורת חיים (ברכות ל"ב. , שם נ"ו.), כיוון שהיא כוללת ומקיפה את מכלול החיים, כדברי חז"ל - "הפוך בה והפוך בה, דכולא בה"(אבות ה' כ"ב). לכן, בבית המדרש, המוקדש לתורת החיים, מותר לחיות: לאכול ולשתות. התורה איננה מצטמצמת כמקדש מעט, אלא מקיפה את כלל החיים. ובבית המדרש - חיים; ומותר לאכול ולשתות.
הוכחה וחיזוק לדבר זה מוצאים אנחנו במקום אחר בהלכה: בעל המשנה ברורה מעיר (או"ח קנ"א, ס"ק ט"ז) שתלמיד חכם שנמצא כל היום בבית המדרש ומבלה בו עיתותיו - בשבילו בית המדרש נחשב ממש כבית, אפילו לעניין שינה! מותר לו לאכול ולשתות ולישון שם ואפילו לשוחח שיחת חולין (ע"פ ע"ז י"ט:). וכן כל פעולה שאין בה פחיתות כבוד וביזוי המקום. כיוון שהתלמיד החכם ממש חי בבית המדרש - מותר לו באמת לחיות בו, על כל צדדי החיים.
מביאור עניין בית המדרש ובית הכנסת ומהשוואת ההבדלים ביניהם, עולה איפוא ומתבהר טעם ההבדל שבית בית הכנסת לבית המדרש, בדין אכילה ושתיה, ומתחבר הרעיון המוסתר להלכה הגלויה, כראוי לתורת ארץ ישראל.