המשכן מילא שישה יעדים עיקריים, לעומת חמישה שמילא בית-המקדש.
תפקידי המשכן היו:
– השראת השכינה באופן קבוע בעולם, שנאמר: "ועשו לי מקדש ושכנתי בתוכם", ובמדרש רבה, על פרשת "נשא", שכן אתה מוצא מתחילת ברייתו של עולם שרתה שכינה בתחתונים, כמו שכתוב: "וישמעו את קול אלקים מתהלך בגן". כיוון שנסתלקה השכינה עת חטא אדם, שוב לא ירדה עד שהוקם המשכן.
– להקריב בו את הקורבנות עפ"י הרמב"ם וכמו שנאמר: "למען אשר יביאו בני ישראל את זבחיהם אשר הם זובחים על פני השדה והביאום לה' אל פתח אוהל מועד אל הכהן וזבחו זבחי שלמים לה' אותם" (ויקרא יג').
– חוגגים בו שלוש פעמים בשנה כפי שהגדיר הרמב"ם בשורש י"ב בספר המצוות וכמו שכתוב "שלוש פעמים בשנה יראה כל זכורך אל פני האדון ה'" (שמות כ"ג).
- המשך קבלת התורה באוהל מועד כתחליף להר סיני, ככתוב: "ונועדתי לך שם ודברתי אתך מעל הכפורת מבין שני הכרובים אשר על ארון העדות את כל אשר אצווה אותך אל בני ישראל" (שמות כ"ד), והסביר זאת הרמב"ן בתחילת הפרשה וכבוא משה היה אליו הדיבור אשר נדבר לו בהר סיני. וכמו שאמר במתן-תורה: "מן השמים השמיעך את קולו ליסרך", כך במישכן כתוב: "וישמע את הקול מדבר אליו מעל לכפורת מבין שני הכרובים וידבר אליו". תפקיד זה – בלעדי למשכן כל עוד לא הסתיים מתן-תורה לישראל
– מקום מושב הסנהדרין – סמוך למזבח, משם יצאה תורה לישראל. כפי שפירש רש"י בפרשת "משפטים" "ולמה נסמכה פרשת דינים לפרשת מזבח? לאמר לך שתשים סנהדרין אצל המזבח", ומביא בשם המכילתא דר' ישמעאל, שסנהדרין באים בצד מזבח.
– – התפקיד השישי של המשכן הוא להוות מרכז לתפילות כל ישראל שנאמר: "התפללו אל הבית הזה" (דברי הימים ב' פ"ו פ' ל'ׂ) וכן "והתפללו והתחננו לפניך בבית הזה" (שם). נמצא כל ישראל מכוונים את ליבם למקום אחד.
בימים אלו, כאשר כל הגויים הקרובים והרחוקים מערערים על זכותנו הבלעדית על מקום בית מקדשנו, נזכור שכבר רגזו מקודם. הרב צבי יהודה קוק זצ"ל מביא ב"לנתיבות ישראל": "אמנם על גבי מבוכות הנתיבות, שמתוך מצוקת פראותם של הגויים...על גבי כל ערפליות המבוכות הללו יתרומם – יתגבר אור אמונתנו הישראלית ועוז הכרתנו העצמית האמיתית, בזכות ולא בחסד, בגאון ולא בבושה, במרחב ולא בצמצום".
הבה נתפלל, כפי שהובטח לנו, שאמנם את ירושלים נקים בנצח, היינו בניצחון על ההתנגדויות הרבות, ואילו את בית המקדש השלישי נקים בע"ה בהוד הנתון עליו, כתיאורו של הנביא ישעיהו: "ובני הנכר הנלווים על ה' לשרתו ולאהבה את שם ה'". וכן כותב הרס"ג ב"אמונות ודעות" (מאמר א'): "והשלישי – שהעמים יבנו חומות המקדש כמו שנאמר ובנו בני נכר חומותיך".