בפרשה מובא שהמרגלים היו ראשי בני ישראל אשר נבחרו בקפידה ע"י משה שלדעת חז"ל (במ"ר ט"ז ה') נמלך בשכינה על כל אחד מהם, ואמר לו הקב"ה ראויים הם, ולמרות מעמדם כנבחרי העם הוציאו דיבת הארץ רעה, לעומת זאת בחז"ל למדנו (במ"ר ט"ז ו') "למה נסמכה פרשת מרגלים לפרשת מרים? לפי שלקתה על עסקי דיבה שדברה באחיה, ורשעים הללו ראו ולא לקחו מוסר", כלומר ירדו מדרגתם והגיעו להגדרת רשעים.
חז"ל והמפרשים עסקו רבות בשאלה זו מה גרם להם להגיע מאיגרא רמה לבירא עמיקתא? מובא בספר הזהר על פרשתנו שהמרגלים היו סבורים "אי ייעלון לארעא, נתעבר אנא מליחווי רישין, וימני משה רישין אחרנין", כלומר חששו (בלשון מסילת ישרים פי"א) "פן ומעט כבודם בכניסת הארץ, שלא יהיו הם נשיאים לישראל, ויעמדו אחרים במקומם", ופירוש זה עצמו קשה להבנה הכיצד אפשר לחשוד בראשי העם אשר כולם אנשים ראשי בני ישראל המה שיעסקו בשעה גורלית זו בשיבוש כל מערך המודיעין לטובת מעמדם וטובתם האישית?
ה"שפת אמת" מבאר, שהמרגלים חטאו בכך שסברו כראשי בני ישראל, שהתורה היא דבר רוחני נשגב שאין להורידו לשימוש בחיי המעשה, והכניסה לארץ המחייבת שימוש מעשי במצוות הארץ, מהווה פגיעה ברוחניותה של התורה, ומכוח תפיסה מעוותת זו הם קבעו את עמדתם השלילית ולאחר מכן ביססו את שיטתם להצדיק את עמדתם בטיעונים שונים עד כדי הוצאת דיבה על הארץ, וזו הסיבה שכתבה התורה את פרשת חלה בסמוך לפרשת מרגלים ללמדנו שניתן ואף מצווה לחיות בחי המעשה ולקדשם, ככתוב (במדבר ט"ז י"ט): "והיה באכלכם מלחם הארץ תרימו תרומה לה'" ובכך לשלב קדושת תורה בקדושת הארץ.
בפרשת בהעלותך מסופר (במדבר י"א כ"ז) על אלדד ומידד שהתנבאו במחנה והגמרא כותבת (סנהדרין יז.): "ומה נבואה נתנבאו, אמרו משה מת יהושע מכניס את ישראל לארץ...רב נחמן אומר על עסקי גוג ומגוג הם מתנבאים" וכאשר שמע זאת יהושע אמר: "אדוני משה כלאם" ומבארת הגמרא (שם) "הטל עליהם צרכי ציבור והם כלים מאליהם". מעתה יתברר למה רק יהושע זכה לשינו השם "ויקרא משה להושע בן נון יהושע" (במדבר י"ג ט"ז), וכמבואר במסכת סוטה (ל"ד ע"ב): "התפלל עליו שה' יושיע אותו מעצת המרגלים", כי דווקא יהושע שידע את נבואתם וזעם עליהם, ידע שהוא עצמו לא יאבד כל מעמד בכניסה לארץ, ובכל זאת כיוון שזעם יהושע בזמן נבואתם למרות שנבאו לטובתו, התפלל משה עליו שלא ילך בעצת המרגלים. לכך שלא יפגמו שיקוליו ומעמדו האישי העתידי את טובת הכלל והציבור.
"בעל העקדה" כתב, שחטא המרגלים לא היה ממורך לב בלבד אלא שהייתה הארץ מאוסה עליהם: "ומיאוס הארץ הוא עניין אשר עמד עלינו לכלותנו בכל הדורות, ובעבורו גלינו מעל ארצנו ונתרחקנו מעל אדמתנו, והיינו חרפה לשכנינו, לעג וקלס לסביבתנו, ואין שום מבוא לשוב אל שלמותנו, כי אם בשובנו אליה".
וכך ביאר הרב קלישר מאבות הציונית הדתית שבהתחלה היו המרגלים כתיירים ויעלו ויתורו את הארץ, וכיוון שנטלו מפירות הארץ ללא עמל ויגיעה וללא התרגשות של שמחה, סופם שנעשו מוציאי דיבת הארץ רעה והמיטו אסון כבד על עצמם ועל דורם, וכך היא ארץ ישראל. מי שאינו זוכה לישוב הארץ בהשקעה ובעמל הנובע מההערכה של הארץ, סופו שאינו מכיר בטובתה והארץ נעשית לו זרה ומנוכרת עד שמוציא את דיבתה.
מפרשה זו אנו לומדים על הצורך אצל קובעי המדיניות וההנהגה להפריד בין מעמדם האישי להחלטותיהם, כדי שענייני ארץ ישראל לא יושפעו משיקולים אישיים המשפיעים אפילו על גדולי ישראל כמו שראינו בפרשת המרגלים. עלינו ללמוד מכלב ויהושע, אשר רוח אחרת הייתה עמם, רוח של עוז וגבורה, שחרף הקשיים אמרו: "עלה נעלה וירשנו אותה כי יכול נוכל לה". (במדבר י"ג, ל).