אחד המרכיבים המרכזיים של ראש השנה היא התפילה שביום זה היא ארוכה, חגיגית ומורכבת במיוחד. המחזור (ספר המכיל את סדר התפילות) של ראש השנה הוא טקסט עבה שמכיל רבדים, רבדים של קיום יהודי במהלך השנים. לצד תפילת העמידה הייחודית שעומדת במרכז היום ובתוכה תקיעות השופר, נוספו עם השנים עוד ועוד פיוטים ותפילות.
בית הכנסת לובש לפני חגי תשרי לבן- הפרוכת, המפה של הבמה והמעילים של ספרי התורה כולם מוחלפים. את החזן בימים האלו בוחרים לא רק לפי הקול והכישרון- הוא צריך להיות אדם מקובל על הציבור, ירא שמים, מלומד בתורה ונשוי.
לפני תפילת מוסף הוא פונה בהכנעה כלפי שמים ב"תפילת שליח ציבור" ואומר:
"הנני, העני ממעש, נרעש ונפחד מפחד יושב תהלות ישראל, באתי להתחנן ולעמוד לפניך על עמך ישראל אשר שלחוני. ואף על פי שאיני כדאי והגון לכך. לכן אבק ממך א-להי אברהם, א-להי יצחק וא-להי יעקב... היה נא מצליח דרכי אשר אנכי הולך ועומד לבקש רחמים עלי ועל שולחי... וקבל תפילתי כתפילת זקן ורגיל וםרקו נאה וזקנו מגודל וקולו נעים ומעורב בדעת עם הבריות"
תפילת מוסף מורכבת מכמה ברכות מיוחדות ליום כך שבמקום שבע הברכות הרגילות של יום-טוב היא כוללת תשעה ברכות. ברכת מלכויות מתייחסת לאחד האספקטים המרכזיים של ראש השנה: המלכת הקדוש ברוך הוא על העולם. ברכת זיכרונות מתייחסת לראש השנה כאל יום הדין- היו בו כל אדם ויצור נדון לשבט או לחסד לפני הקדוש ברוך הוא. ברכת שופרות מתייחסת אל המצווה המרכזית של היום שמופיעה עוד בתורה- שמיעת קול שופר.
ונתנה תוקף
כאשר שליח הציבור חוזר על התפילה נוספים לה עוד פיוטים ותפילות רבות. אחת המרכזיות שבהן היא תפילת "ונתנה תוקף" שעל-פי המסורת חיברה ר' אמנון ממגנצא. לר' אמנון היה הכל- הוא היה חכם, עשיר ויפה-תואר. הבישוף של מגנצא (גרמניה) הפציר בו פעם אחרי פעם להתנצר. באחת החכמים החליט ר' אמנון כאקט טקטי לבקש שלושה ימים לחשוב על ההצעה. מייד לאחר שעשה כן התחרט מרה. כשעברו שלושת הימים והגיע זמנו להופיע בפני הבישוף, התחמק מכך. אך הבישוף לא ויתר הביא את ר' אמנון לביתו ומששמע שסירב להתנצר ייסר אותו בייסורים קשים וקיצץ את גפיו. הימים היו ימי אלול, והרב הסובל ביקש לסיים את חייו בביתו. כשהגיע ראש השנה ביקש מתלמידיו להובילו לבית-הכנסת. ושם כשהגיע החזן ל"קדושה" ביקש ממנו לעצור ושטח את תפילתו. רק לאחר שעשה כן והרעיד את בית הכנסת במילים הנוראיות של התפילה יכל למות בשקט.
מאז נכנסה תפילת "ונתנה תוקף" עמוק אל תוך מחזור התפילות של הימים הנוראים והיא נאמרת בשני ימי ראש השנה וביום כיפור. מבחינה מוזיקלית זכה הקטע ללחנים ולעיבודים רבים. מילותיו המתארות את התהליך הרוחני והשמימי של ימי הדין, מזעזעות פעם אחרי פעם את אמות הסיפים של בית הכנסת. נראה כי יש בהן איזושהי אמת בסיסית על הקיום האנושי שמושך את הלבבות אליו ופותח אותם שנה אחר שנה.
עוד אחת מן התפילות המזוהות עם הימים הנוראים היא תפילת "אבינו מלכנו", שהיא למעשה רשימת בקשות ותחינות שלנו בני-האדם כלפי שמים בשנה החדשה. תפילה זו נאמרת גם במהלך עשרת ימי תשובה ויום כיפור אך לא בשבת.
הרגעים המכוננים
הקטעים אותם אנחנו קוראים בתורה במהלך שני הימים הם קטעים בעלי חגיגיות כרבה שנבחרו במיוחד בשל העובדה שהם מייצגים רגעים מכוננים בחייו של העם היהודי. ביום הראשון אנחנו קוראים על פקידתה של שרה בבן אחרי עשרות שנות עקרות (בראשית, כא); ביום השני אנחנו ממשיכים וקוראים את מעשה העקידה- אולי מעשה ההקרבה האולטימטיבי שיהודי מסוגל לו (בראשית, כב). גם בהפטרה (קטע מן הנביא) שאנחנו מוסיפים ניכרת החגיגיות והסמליות- ביום הראשון אנחנו קוראים על לידת שמואל (שמואל א, א) וביום השני אנחנו קוראים את נבואת הנחמה של ירמיהו- נביא החורבן (ירמיהו, לא).