מחסור בנהלים, רישום חסר, אובדן קבלות על אגרות, חוסר מעקב ורבנים העורכים חופות בניגוד לנהלים. כך מתבצע רישום הנישואין בישראל, ע"פ דו"ח מבקר המדינה. מחר (ד‘) תדון הוועדה לביקורת המדינה בדו"ח ולקראת הדיון, אומר יו"ר הוועדה, ח"כ אמנון כהן (ש"ס) כי "המצב הנוכחי הוא חילול השם. במקום שמשרד הדתות יהיה מופת למנהל תקין, יעילות ושירות לציבור - נחשפים כשלים ארגוניים ומנהליים. אני נחוש לשנות את המצב מהיסוד, לפקח ולעקוב שהמציאות תשתנה לחלוטין".
בשנים 2008-2010 נישאו במדינת ישראל באמצעות המועצות הדתיות ומחלקות הדת ברשויות המקומיות, כ-37,000 זוגות יהודים בממוצע בכל שנה. מבקר המדינה מצא כי המועצות הדתיות פועלות באופן שונה זו מזו - הן במסגרת ההליך והן בדרישות שהן מציבות לנרשמים לנישואין במסגרת בדיקת מצבם האישי: יש המקלות עם בני הזוג ויש המחמירות מעבר לנדרש בנוהל. ליקויים אלה עלולים לפגוע בתוקף הנישואין ובעקרון השוויון בין הנרשמים לנישואין במועצות הדתיות השונות.
כמה מבין המועצות הדתיות לא העבירו למחלקת רבנות ונישואין במשרד הדתות את פרטי המועמדים לנישואין שנרשמו אצלן, ועל כן לא בוצעו הבדיקות הנדרשות מול מרשם האוכלוסין ומול רשימת מעוכבי הנישואין, וכל זאת בניגוד להוראות הנוהל. עוד מצא המבקר כי המחלקה במשרד הדתות לא נהגה לבצע מעקב אחר המועצות הדתיות שאינן מעבירות לה את רשימות המועמדים לצורך הבדיקות, וגם לא עקבה אחר תוצאות טיפולן בנרשמים לנישואין ששמם הופיע ברשימת מעוכבי הנישואין.
במאי 2007 גיבשה ועדת הנישואין ברבנות הראשית הצעה להנחיות חדשות ומעודכנות בדבר הליכי הרישום לנישואין בישראל, הכוללת שינויים מהותיים בהוראות הנוהל הקיים, בעיקר במה שנוגע לפישוט ההליך. אולם עד למועד סיום הביקורת, בספטמבר 2011, הרבנות הראשית לא סיימה את טיפולה בנושא, ההצעה עדיין לא אושרה במועצת הרבנות ולא פורסמה בקרב רושמי הנישואין והציבור הרחב, וממילא אין פועלים לפיה.
הסברים? רק בעברית
המבקר גם בדק את השירות לציבור, והוא קובע כי רוב המועצות הדתיות מפיצות דף הסבר על הליך ההרשמה לנישואין רק בשפה העברית, ורק 59% מהן מפרסמות את המידע ברשת האינטרנט. בקרב 27% מהמועצות הדתיות, מענה אנושי בטלפון הוא הערוץ היחיד למסירת מידע על פתיחת תיקי נישואין. כ-40% מהמועצות הדתיות (מרביתן בינוניות) אינן מקבלות קהל אחר הצהריים, אף שהדבר היה עשוי לשפר את השירות לציבור. 89% מהמועצות הדתיות הגדולות השיבו כי אינן מתאמות מראש עם בני הזוג את מועד קבלתם להירשם לנישואין, אף שהן נותנות שירותים לאוכלוסייה גדולה יחסית, ולכן, מטבע הדברים, מספר הנרשמים בהן גדול וזמן ההמתנה לרישום עלול להיות ממושך.
המבקר גילה כי אין בידי הרבנות הראשית נוהל כתוב המגדיר את הליך הבחירה של רב לכהן כרב רושם נישואין, מי רשאי להגיש מועמדות לתפקיד, מהם תנאי הסף, ובאיזה אופן תפורסם המשרה הפנויה. גם ההדרכה לכלות אינה מתבססת על הנחיות מסודרות הדנות בתוכני ההדרכה ובמספר שעות ההדרכה, והמועצות הדתיות פועלות בתחום זה על פי אמות מידה שהן קבעו לעצמן, וההדרכה לכלה נמשכת משעה עד כ-12 שעות.
מבקר המדינה מצא מקרים בהם אושר לרבנים אשר לא עמדו בכל הדרישות לערוך חופות, ולדבריו, "קיים חשש כי עם חלק מהרבנים היא הקלה בשל ייחוסם או בשל קרבתם לגורמים בעלי השפעה".
על פי כללים שאישרה מועצת הרבנות הראשית ביולי 2009, אסור לרב עובד ציבור לקבל תמורה עבור עריכת חופות, אלא אם כן שני בני הזוג אינם מתגוררים בתחום כהונתו. ההיתר לקבלת תשלום מותנה בקבלת היתר מראש מהרבנות לביצוע עבודה פרטית, ובדיווחים אחת לחצי שנה על מספר החופות שערך הרב ועל השכר שקיבל. המבקר מצא כי הרבנות הראשית והמשרד לא פעלו לאכיפת האיסור לעבודה פרטית ללא היתר וליישום הכללים הנוגעים לקבלת תמורה בגין עריכת חופות. כמו-כן מועצת הרבנות הראשית החליטה ביוני 2010 לאסור על רבנים לפרסם את עצמם בכלי התקשורת, וקבעה כי רב שיפר הוראה זו יועמד לדין משמעתי עד כדי שלילת רישיונו לערוך חופות. למרות זאת, רבנים רבים מפרסמים את שירותיהם כעורכי חופות באתרים שונים ברשת האינטרנט, ולא נמצא שננקטו נגדם הליכים משמעתיים.
סכום אגרת הנישואין הוא 600 שקלים, אך ניתן להעניק הנחה של עד 40% לנרשמים לנישואין העומדים בתנאים מסוימים. המבקר מצא כי היו מרבית המועצות הדתיות לא הקפידו לדרוש ממקבלי ההנחה את כל המסמכים הדרושים, וכמחצית מהן לא הקפידו כי ההנחה תינתן רק למי שעמד בתנאי הסף שנקבעו לעניין זה. באחדות מן המועצות הדתיות חסרו קבלות על תשלום האגרה. חלק מהמועצות הדתיות לא פעלו על פי הנחיות המשרד בכל הנוגע לגביית האגרות, והתנהלותן הסבה עלויות מיותרות למבקשים להינשא ויצרה חוסר אחידות בין הנרשמים לנישואין.