על פי נוסח התפילה שלנו, הוידוי נאמר לאחר תפילת שמונה עשרה.
לכאורה, היה מצופה שהמתפלל קודם יתוודה ואחר כך יתפלל, וזאת משתי סיבות: האחת היא היגיון פשוט, שהרי הוידוי הוא חלק מתהליך כפרה שיש בסופו להפוך את האדם לרצוי לפני שומע כל תפילה, וראוי שרק אחרי תהליך זה ישא האדם את תפילתו ושכך תתקבל לפני הבורא. אולם, יתירה מכך, מקורו של הוידוי הוא מעולם הקורבנות ששם מיקומו הוא לפני הקורבן. אם כן, ראוי שגם בתפילה שתוקנה כנגד הקורבנות, הוידוי יוקדם לה.
יש שמתוודים בתוך התפילה בברכת שמע קולנו ואולי בכך לא נתקלים בשאלות אלו, אולם הנוסח היותר רווח הוא שמתוודים רק לאחר התפילה.
ייתכן שדווקא בסדר הזה מעבירים חז"ל, דרך סדרי התפילה, מסר חשוב לתודעת המתפלל: "ריבון כל העולמים ואדון האדונים, לא על צדקותינו אנחנו מפילים תחינותינו לפניך כי על רחמיך הרבים..." - זהו אחד המשפטים הפותחים את תפילת הבוקר. הרעיון שבו הוא מוטיב מרכזי בתפילה שחוזר על עצמו בניסוחים שונים - "עשה למענך אם לא למעננו", ועוד. בהקשר הזה, ייתכן שהוידוי נדחה לאחר תפילת שמונה עשרה כדי למנוע את התפיסה השגויה לפיה אנו מתפללים בשם הזכות ושמגיע לנו שתפילותינו תתקבלנה.
אדם שהתוודה ועבר את תהליך התשובה מרגיש ראוי לבקש מבוראו ומצפה שתפילתו בהכרח תשמע. לא כן הוא זה שעדיין לא התוודה, הוא מתפלל כשעודנו חסר זכויות ואולי אפילו בעל חובות. תפילתו פונה למידת החסד והרחמים של הקב"ה - "עשה עימנו צדקה וחסד והושיענו".