דו"ח מבקר המדינה המתפרסם היום (ג') מותח ביקורת חריפה על התנהלותו של חיל החינוך בצה"ל, תוך שהוא מאשים את החיל בחוסר הכשרתם של המפקדים לתחומי החינוך ובהתנהלות שגויה וחוסר פיקוח על המכונים האזרחיים איתם עובד החיל. חלק זה של הדו"ח מתייחס בהרחבה לפעילותו של חיל החינוך ביחס לפעילותה של הרבנות הצבאית הראשית.
מהדו"ח עולה כי על אף שהמפקדים הם המחנכים העיקריים בצה"ל, הרי ש"קיים פער בין המוטל עליהם בתחום החינוכי, ובמיוחד בנושאים המצריכים קיום של שיח פיקודי עם חיילים, לבין כשירותם למלא תפקידיהם". הפערים נוגעים, לטענת המבקר, "לחוסר בהכשרה בתחום קיום השיח הפיקודי-חינוכי באמצעות מתודת הנחיה; להעדר משנה סדורה של מפקדים בנוגע לתפקידם החינוכי; לקושי של מפקדים לקיים שיח פיקודי-חינוכי עם חייליהם, וקיום מועט מדי של שיח בנושא זהות ישראלית-יהודית".
עוד טוען המבקר כי ההתקשרות בין החיל לבין המכונים האזרחיים איתם הוא עובד "נעשתה ללא שהיו בידי מפקדת קצין חינוך ראשי אמות מידה כתובות לבחירת מכון לצורך העברת תכנים בצה"ל. החיל לא קיים תהליכי פיקוח ובקרה סדורים על פעילות המכונים האזרחיים, אלא באופן חלקי".
המבקר מאשים את חיל החינוך בכך שזה "לא ערך בחינה עקרונית של מה הם תחומי הליבה החינוכיים אשר מן הראוי כי יישארו בטיפול של צה"ל באמצעות מפקדיו וקציני החינוך שלו, לעומת תחומים שיועברו לטיפול באמצעות גופים אזרחיים ומהן ההשלכות שיש להרחבת ההישענות על מומחי ידע ותוכן אזרחיים במסגרת המכונים השונים על מעמדו, סמכויותיו ותפקידיו של קצין החינוך ועל תשתית הידע העומדת לרשותו".
ביחס לסוגיית השירות המשותף ולשילובם של חיילים דתיים בצה"ל, טוען המבקר כי "הטענות הנשמעות בצבא לגבי הקשר בין תופעה של שינוי בסטטוס קוו שהיה קיים בנושאי דת בצבא ובין אופיין של פעילויות החינוך בצה"ל, ובמיוחד אלו הנוגעות לזהות ישראלית-יהודית ולתודעה יהודית, מחייבות ביתר שאת, שהרמטכ"ל ופורום המטכ"ל יידרשו לנושא, יכריעו בו ויקבעו הנחיות ברורות". כמו כן נטען בדו"ח כי מי שצריך להכריע בשאלות אלו הוא לא אחר מאשר שר הביטחון והדרג המדיני.