פרשת פקודי מסיימת את סדרת הפרשיות העוסקות מאז פרשת תרומה בבניית המשכן וגם את כל ספר שמות אשר חלקו הראשון עוסק בגאולה משעבוד מצרים. לגאולה זו יש שני ממדים: הראשון הוא יציאת מצרים עצמה והשני הוא מתן תורה. ע"י יציאת מצרים אנו יוצאים מתחת השיעבוד לפרעה כפי שאנו אומרים בהגדה: עבדים היינו לפרעה במצרים ויוציאנו ד' משם כך שיכולים אנו לקבל עלינו עול מלכות שמים כדי להיות עבדי השם ולא עבדים לעבדים. ע"י מתן תורה אנו יכולים לקבל על עצמנו עול תורה ועול מצות. ואז ניתן להתחיל במהלך שיאפשר לנו לקיים את ייעודנו האמיתי ע"י בניית המשכן כדגם טרומי לבניית בית המקדש בירושלים.
כך ספר שמות שהוא כידוע ספר הגלות והגאולה יכול להגיע לסיומו. כפי שספר בראשית אינו מסתיים עד אשר לא הוכח שהאחוה יכולה להצליח בתולדות האדם, דבר שבירורו מופיע בזרעו של יעקב ע"י הופעת שני הממדים של המשיחיות בישראל, משיח בן יוסף ומשיח בן דוד מזרעו של יהודה.
וכפי שהאדם יצטרך בסוף ההיסתוריה לתת דין וחשבון לפני מלך מלכי המלכים גם ברמה האישית של כל אחד ואחד וגם ברמה הכללית של כל עם ועם, כך משה רבנו בפרשת פקודי נותן דין וחשבון על השימוש שנעשה במשאבים שהועמדו לרשותו לבניית המשכן. מכאן אנו למדים שזהו גם על מה שינתן הדין בסוף ההיסתוריה על ידי האדם כפרט והעמים ככלל על השימוש שנעשה במשאבים שהקב"ה העמיד לרשותם לאפשר להם לתקן את העולם במלכות שדי, היינו להפוך את העולם להיות בית השם ולא בית עבדים. ולכל אלו שהצליחו, כמו שפירש רש"י בתחילת ספר שמות, לכולם בשם יקרא וזהו כל מהותו של ספר שמות.
כי אז ניתן לעבור לשלב הבא להכנס אל הקודש פנימה, ויקרא אל משה.
חייבים אנו לשים לב לכך שסוף פרשת פקודי, שהוא גם סוף ספר שמות כאמור, מדבר על ענין המסעות כך שפרשה זו מתחברת עם סוף ספר במדבר - פרשת מסעי. וכך מפרש רש"י את ענין המסעות: "לעיני כל-בית-ישראל בכל-מסעיהם - בכל מסע שהיו נוסעים היה הענן שוכן במקום אשר יחנו שם. מקום חנייתן אף הוא קרוי מסע וכן (בראשית יג) וילך למסעיו וכן (במדבר לג) אלא מסעי. לפי שממקום החניה חזרו ונסעו לכך נקראו כולן מסעות."
הפסוק "וילך למסעיו" מדבר באברהם אבינו אחרי שעלה ממצרים. אברהם הכין את הדרך. מסעותיהם של בני ישראל במדבר ממצרים לארץ ישראל ממשיכים את התהליך שהתחיל עם אברהם. המסעות של אברהם הם המקומות אשר נטע שם אהלו בראשונה, בדרך חזרתו לארץ ישראל, היינו התחנות השונות של המסע. את זה מחבר רש"י אל מסעיהם של בני ישראל במדבר המתוארים בפרשת אלה מסעי. וסיום פרשת פקודי וספר שמות מחבר את שני הענינים לבניית אהל מועד. כך יכולים אנו לראות את הקשר העניני הנפלא בין הרבדים השונים של המקרא המגלים לנו את מסעינו אנו. ופירושו של רש"י מגלה לנו את עומק ענין החניות שהן הן הנקראות מסע יותר מאשר הנסיעה עצמה. באופן פשוט, כשנוסעים ממקום למקום, ברור לכל שרק לתחנה הסופית יש משמעות.
כל היתר נתפס כאמצעי להשלמת הנסיעה. ובמיוחד, החניות הן נראות כבטלות ביחס לנסיעה עצמה שהרי מטרתן היא רק כדי לנוח כדי לצבור כחות לקראת המשך הנסיעה. ולא היא. כי עיקר המסע הוא בכל שלב ההישג שהושג, אשר מתבטא דוקא בחניה. הענן מסמן את מקום החניה וגם אורך זמנה כידוע, אשר בכל חניה היו בונים שוב את המשכן. והיות ובניית המשכן היא עצמה המטרה נקראת גם החניה בשם מסע. וכל הישג הינו נקודת זינוק לקראת ההישג הבא וילכו מחיל אל חיל, עד אין סוף.