בספר נחמיה (פרק ח) מסופר כי בראש השנה (ככתוב: ביום אחד לחודש השביעי) קראו עזרא ונחמיה בפני כל הקהל בספר התורה. וביום השני נאספו ראשי האבות ואחרים להשכיל אל דברי התורה "וימצאו כתוב בתורה אשר צוה ה' ביד משה אשר יֵשְבו בני ישראל בסכות בחג בחודש השביעי" ולבסוף נאמר: "ויעשו כל הקהל השבים מן השבי סכות וישבו בסכות, כי לא עשו מימי יֵשׁוּעַ בן נון כן בני ישראל עד היום ההוא, ותהי שמחה גדולה מאד". ועל כך שאלו בגמרא (ערכין לב ב): אפשר בא דוד ולא עשו סוכות עד שבא עזרא? ומתרצת הגמרא שהקש ביאתם בימי עזרא לביאתם בימי יהושע שבכתוב הוא בא להוכיח כדעת הסובר שקדושה ראשונה קדשה לשעתה ולא קדשה לעתיד לבא. אבל לכאורה גם אחר תשובה זו של הגמרא עומדת השאלה העיקרית: איך יתכן שמימות יהושע, במשך כל תקופת הבית הראשון, לא עשו ישראל סוכות? ושאלה זו שואל המלבי"ם בפירושו שם: "זה דבר זר (מוזר) מאד שישראל לא עשו סוכות מימי יהושע ועד עתה?".
על שאלה זו נאמרו כמה תשובות, ותחילה נביא את פירושו של המלבי"ם, שנראה לו לתרץ על פי פסקו של הרמ"א (או"ח סימן תרל"ז): שאין לעשות סוכה ברשות הרבים. ומאחר וקיימא לן שירושלים לא נתחלקה לשבטים אם כן כל שטחי ירושלים היא רשות הרבים ואין בה רשות היחיד, ועל כן אין משכירים בתים בירושלים מפני שאינו שלהם. ולפי ההלכה שאין לעשות סוכה ברשות הרבים אין אפשרות להקים בירושלים סוכה, וכך נהגו בכל תקופת בית ראשון. אבל בביאה שניה, בימי עזרא, שקנו מחדש את ארץ ישראל בקנין חזקה וקידשוה בקדושה שנייה, אז התנו בית דין כמה תנאים ובתוכם גם שמותר לסכך ברשות הרבים בחג הסוכות, כמו שמובא בתוספתא (ב"ק פרק ו): "כגון אלו מסככין על פתחי חניותיהן ברשות הרבים בחג". נמצא שמה שלא יכלו לעשות סוכות ברשות הרבים מימות יהושע וממילא לא בנו סוכות בירושלים, החלו לעשות מימי עזרא, ככתוב שם (נחמיה ח טז): "ויצאו העם ויביאו ויעשו להם סוכות איש על גגו ובחצרותיהם ובחצרות בית האלקים וברחוב שער המים וברחוב שער אפרים".
החתם סופר מיישב את כוונת הכתוב שלא עשו סוכות מימי יהושע בן נון בדרך זו: מצינו שהיו מטמאין את הכהן השורף את הפרה (פרה אדומה) כדי להוציא מלבן של הצדוקים שהיו אומרים במעורבי שמש היתה נעשית, (כלומר שהצדוקים אומרים: שרק טמא שטבל והעריב שמשו יוכל לעשות את הפרה, ואילו אנו אומרים: שאחר שטבל, גם אם עדיין לא העריב שמשו, יכול לעשות את הפרה) ונשאלת השאלה מדוע רק במעשה הפרה נהגו כך ולא נהגו גם בשאר מצוות (שהצדוקים חלקו) לעשות מעשה להוציא מלבן של צדוקים? והתשובה היא שבכל שאר המצוות אין חשש למכשול גם אם לא נעשה מעשה, כי כל מי שישכיל יבין שמעשה הצדוקים אינו נכון, כמו למשל במצות תפילין, כי ראינו תפילין כמו שלנו אצל אבותינו מימי משה ויהושע, וכן ארבעה מינין ראינו כמו שלנו אצל אבותינו וכל כיוצא בזה, אבל להכשיר לעשות את שריפת הפרה ב"טבול יום" זה דבר שלא ראינו קודם, שהרי עושי הפרה הקדמונים לא היו טמאים לפני עשיית הפרה, וממילא לא היו צריכים לטבול, ולא הייתה לנו דוגמא קודמת איך לנהוג בטמא שטבל, ועל כן כדי להוציא מלבן של הרשעים, היה צורך לטמא תחילה את הכהן, ואח"כ להטבילו ולעשות את הפרה בטבול יום, כדי שלא ימשכו ישראל חלילה אחר דעתם של הצדוקים.
אמנם בימי עזרא טרם היו צדוקים, אבל גם אז לא חסרו מפקפקים בדרשות חז"ל שבתורה שבע"פ, שהיו נוטים אחר פשט הכתובים, והיו ביניהם כמו הכותים שלא היו דורשים חסרות ויתירות כמו 'בסוכת', שדרשו לגבי דפנות הסוכה שמספיק שתהיינה שתים כהלכתן ושלישית אפילו טפח, אלא היו עושים את הסוכה בארבעה דפנות שלמות דווקא (כמו אנו עושים היום בכל תפוצות ישראל). והנה להוציא מדעתם שאפשר לעשות סוכה גם בפחות מארבעה דפנות, זה אי אפשר היה ללמוד מהסוכות הקדמוניות שנעשו מאז ימי יהושע בן נון, שמסתמא היו בונים את הסוכות בצורה מהודרת בארבע דפנות שלמות לנוי מצווה. וכשחזרו בימי עזרא, כשבאו להוציא מלב הנוטים אחר שיטת הכותים, אמרו "לעשות סוכות ככתוב", הדיוק הוא 'ככתוב' דהיינו סוכות הכשרות מדאורייתא, שעשויה גם משתי דפנות שלמות והשלישית אפילו טפח בלבד, ואעפ"י שאין בכך נוי מצווה, מכל מקום עשו כן להוציא מלב המטעים המפקפקים בדרשות חז"ל. וזה כוונת הכתוב: "כי לא נעשה כן (כלומר: שתים כהלכתן ושלישית טפח) מימי ישוע בן נון". ועל כן לא יכלו ללמוד מהסוכות הקדמוניות, ולכן היו צריכים לעשות עכשיו כמו שכתוב (עזרא ג ד): "ויעשו את חג הסוכות ככתוב", שהכתוב הוא 'סכת' חסר, שהשלישית אפילו טפח.
ולכאורה צריך להבין מה היה כל כך חשוב לחכמינו בימי עזרא להחזיר לתודעת הציבור שהסוכה כשירה גם אם אין לה ארבעה דפנות, שהרי אדרבא סוכה הסגורה מכל עבריה היא מהודרת יותר. ואם יש סיבה להעדיף סוכה קלושה שהפרוץ בה כמעט שווה לעומד, אם כך מדוע לא הקפידו על כך קודם לכן מימי יהושע? הסברו של החת"ם סופר יתבארו יותר על פי דברי הראי"ה קוק בהבנת ענין הסוכה כמו שכתב: "הסוכה היא בעדנו מבצר הגנה", ולראיה הוא מביא את הכתוב בתהלים (לא כא): "תצפנם בסוכה מריב לשונות", וכן לשון התלמוד (ערכין לב ב): "ואגין זכותא עלייהו כי סוכה" (ותגן הזכות עליהם כמו סוכה), שגם ממנו משמע שהסוכה היא בעלת תוכן של הגנה. ואם ייפלא בעינינו איך תוכל דירת עראי כסוכה לשמש לא רק כמבנה של הגנה, אלא היא עוד משמשת לדגם של הגנה ובטחון, איך מבנה אשר על פי ההלכה מספיק שיהיה "שתים כהלכתן ושלישית אפילו טפח", שכל כולה אינה אלא שתי דפנות ומשהו, שהפרוץ כמעט שווה לעומד, איך מבנה קלוש ורעוע כזה יוכל להיהפך למבצר ולמגן נגד כל צר ואויב?
ומסביר הראי"ה כי בקיום מצות הסוכה אנו מודיעים גלוי לפני כל באי עולם שהאמת הנצחית היא שדווקא הסוכה שנבנית בצורה כל כך קלושה עד שמצד צורתה החיצונה אינה ראויה לכאורה להיות נקראת אפילו בשם בית דירה, דווקא היא הראויה להיות לנו למגדל עוז ולמבצר מפני כל אויב ומתנקם. והאדם הרואה את הסוכה בצורתה הארעית שואל את עצמו: באיזה אופן תוכל הסוכה הפרוצה והפתוחה מכל עבר ליהפך לבית דירה? והתשובה שהוא ייתן לעצמו: שלא מפני החוזק החומרי שבמחיצותיה הקלושות והחלשות היא מגינה עלינו, אלא מפני שעל המבנה הזה פועל החוק שהוא דבר ה', אשר גזר שבימי החג הקדוש הזה, חג האסיף, המבנה הקלוש הזה הוא בית דירתנו, והחוק האלקי הוא המגן עלינו.
על פי הסברו זה של הראי"ה אפשר לבאר את תשובתו של החתם סופר, מדוע הקפידו בימי עזרא להקים סוכות דווקא שתים כהלכתן ושלישית אפילו טפח, מפני שבימי עזרא שהעולים לארץ היו מועטים והביטחון הציבורי היה מעורער, ככתוב: "ואנחנו עושים במלאכה וחצים מחזיקים ברמחים מעלות השחר עד צאת הכוכבים" (נחמיה ד טו) והגויים לעגו עליהם: "מה היהודים האומללים עושים", ודוקא באווירת הנכאים הזו היה צורך לחזק את מוראל העם ולהחזיר לו את הביטחון העצמי, וזה בהקמת סוכות שלא מחיצותיה החיצוניות הם שמגינות עליה אלא רוחה הפנימי,
וכמו עזרא גם הראי"ה מקשר שם את רעיונו על הסוכה עם חידוש החיים הלאומיים של עמנו בארצו בימינו. וכך הוא כותב שם: "ומזה נוכל ללמוד לימוד לדורות, כי גם לבנין ביתנו הלאומי זקוקים אנו לאמץ תחילה את האימוץ הרוחני. ואם כלי משחית המתקדמים והחדישים יכולים לפרוץ פרצות גם במבצרים היותר חזקים והם יכולים למגר גם חומות נחושת עבים. אבל אין בכוחם, ולא בכח שום כלי יוצר שבעולם, להפיל את החומה החזקה והבצורה של החוק הבא מדבר ה', ומזה נדע שדבר ה' בחוקיו ומצוותיו הוא יהיה מבצרנו הנצחי ומשגב לנו, גם כעת בשעה שאנו נגשים לבנות מחדש את ביתנו הלאומי על ארץ אבותינו, שגם היום אנו זקוקים לעידוד רוחני לחשל את כח העמידה שלנו".