בין הקורבנות השונים תופשים מקום מרכזי קורבנות השלמים. שמו של קרבן זה – השלמים – מלמד על תוכנו. ייחודו הוא שבדרך כלל כולם נהנים ממנו – הכהנים מקבלים את חלקם, המזבח מקבל את חלקו בדם ובאמורים, ואף הבעלים שותפים באכילתו. בדרך כלל בא קורבן השלמים בסופו של תהליך, בעיקר עם מדובר במקום בו נתחייב אדם בקורבנות נוספים, כגון חטאת או עולה. הבאת השלמים מבטאת את העובדה כי לאחר תהליך הכפרה או ההתעלות ניתן להביא קורבן זה, ולהשכין שלום גדול.
קורבן השלמים מבטא את השלום ואת השלמות. השלמות אינה באה כתוצאה מהתעלמות מדברים שיש לברר אותם. הראי"ה קוק לימדנו כי כך משכינים תלמידי חכמים שלום בעולם – על ידי בירור השיטות כולם יוצאות אמת עשירה יותר לאור, וכל צדדי התורה באים בה לידי ביטוי. מובן מאליו כי מדובר רק במחשבות ועולמות שהם בתוך גבול עולמה של תורה ולא ח"ו מחוצה לה. בתחילה האמת נעדרת, והתורה נעשית עדרים עדרים, ובסופו של תהליך מושלמת התורה, "ואת והב בסופה".
אין אנו שונאים את המחלוקת. להפך, עולמה של מחלוקת מענג אותנו, בשל העובדה כי רק דרכה ניתן לעמוד על הצדדים כולם, ורק כך מתבררת תורת אמת. ב"ה שלא כולם חושבים אותו הדבר, וששורש נשמותיהם של לומדי התורה מתחבר בצורות שונות לתורה עצמה. כך נוסף גילוי מיוחד של כל אדם שלומד תורה, ואין תלמוד התורה והעיסוק בה מהווה לעיסה של דבר שכבר נלעס על ידי אחרים, כי אם עומד ומצפה להתגלות החיבור המיוחד של נשמת כל אדם עם התורה. המחלוקת היא חלק בלתי נפרד מעולם בית המדרש, והיא אכן מרבה שלום בעולם, כיוון שהיא מובילה לשלמות ההופעה.
ציווי התורה שלא להחזיק במחלוקת קשור למהותו של קורבן השלמים, לאמור: המחלוקת היא אמצעי ולא מטרה. היא אמצעי למשא ומתן, לשיח בין תלמידי חכמים, לקושיות ותרוצים והכרעות, שמגמתה הגדולה היא למצוא את הכתוב השלישי המכריע בין הכל, ולחשוף את העולם המלא. לצורך כך, יש תנאים לאורם המחלוקת חייבת להתנהל – כבוד הדדי, הקדמת דברי החולקים לדבריך, רצון אמיתי בליבון הסוגיה ולא בניצחון כוחני, היכולת להודות על האמת, ההקפדה הקנאית להצגת עמדתו של השני באותה עוצמה שהאדם מבקש שיעמידו את עמדתו שלו, וחתירה מתמדת לשלום הדעות ולאחדות ההפכים, בדרך בה יימצא מקום לשיטות השונות כולן. חתירה זו אינה רב-תרבותיות או פלורליזם במובן הנמוך של המילה, כי אם חתירה הפוכה – לאמת גדולה ורחבה המסדרת את הדעות השונות במבנה אמוני יציב.
שטן המחלוקת הרעה מחלחל במקום בו לא נשמרים יסודות אלו. אז מוצתת אש המחלוקת הגדולה, ונזקיה רבים ועצומים. במעגל הפנימי הנזק הוא ליסודות תורת אמת, שכן כל צד במחלוקת מתבצר בעמדתו ואינו מתברך מעמדות הצד השני. פיסקאות רבות במשנת מורנו הגדול – הראי"ה קוק – מלמדות על המחיר הנורא של קטנות מוחין זו, וההתכנסות לתוך עולם צר ומצומצם. ברם, הנזק העיקרי נוצר דווקא מבחוץ. מהמחלוקת הגדולה שבין ר' יעקב עמדיו ובין ר' יונתן אייבשיץ זכר צדיקים לברכה הרוויחה בעיקר הכפירה - כמות עוזבי התורה ונוטשיה, בשל סלידתם מהמחלוקת, העשירה את העולמות שמחוץ לבית המדרש ביהודים רבים, ותורת ישראל יצאה נפסדת. קשה לשער את המחיר הנורא המשותף שמשלמים החולקים שלא בדרך הראויה. תחת ההתרכזות ותשומת הלב המשותפת לבעיות הדור וליכולת להתמודד עימן, מתרכזים הם בעניינים הנתונים במחלוקת, ואין ליבם פנוי לעסוק דווקא באותם נושאים בהם אין מחלוקת כלל ועיקר. בשעות של אסון לא עלינו הם שואלים את עצמם האמנם הם עוסקים בסוגיות הנכונות, כיוון שאז מתחייבת מחשבה מחודשת, אולם מהר הם שבים לעסוק בגרעין המחלוקת ולא בשלום.
נביא נא כולנו את קורבן השלמים, שאינו מחפה על העולה והחטאת ועל קיומה של מחלוקת, אלא חותר גם לראיית השלם בו מוצא כל אחד את יסודו בתורה. בדרך זו נפיק רצון מד', ונתמודד כראוי עם יעדי התקופה והדור, בדרך של רוממות רוח עילאית.