מצוות התורה נחלקות בין החובה וההתנדבות, מצד אחד המצוה כשמה כן היא, צו וחובה על האדם, כמו שכותב רש"י (במדבר יט א): "חוקה, גזרה היא מלפני, אין לך רשות להרהר אחריה". לעומת זאת מדגיש רבנו בחיי בספרו חובות הלבבות בכמה מקומות את חשיבות הכרתו השכלית של האדם בקיום המצוות, ואת הצורך לשתף את הלב במעשה המצווה, והנה בהקמת המשכן לא זו בלבד שאין התורה כופה על האדם להביא את תרומתו להקמת המשכן, אלא הסכמתו של האדם היא התנאי הבלעדי לקבלת התרומה, שהאדם יתן את תרומתו מנדבת לבו. ככתוב: "מכל איש אשר ידבנו לבו תקחו את תרומתי". תרומת המשכן היא מצווה שכל כולה היא התנדבות ברצון הלב ללא כל כפיה מבחוץ, ונשאלת השאלה מדוע במצוה זו רוצה התורה את נדבת לבו של האדם ושוללת כל נתינה למשכן אם היא נכפתה על האדם?
להבנת הדבר הזה נקדים את הקושיא המפורסמת: מדוע נכתב כאן "ויקחו לי" ולא נאמר: "ויתנו לי" שהרי האדם התורם אינו לוקח אלא נותן? על הכתוב "ויקחו לי תרומה" דרשו במדרש (שמות רבה פר' לג ה): "נבחר שמו של מרדכי מעושרו של המן, מה עשה אותו רשע, הוציא כל כסף וזהב שהיה לו ונתן לאחשורוש , אמר לו הקב"ה: חייך 'נבחר שם מעושר רב, מכסף ומזהב חן טוב', נבחר חנה של אסתר, שנאמר: 'ותהי אסתר נושאת חן'. כיון שבא הרשע עם הממון אמר לו המלך: 'הכסף נתון לך', אמר הקב"ה: כך אתם מוכרים שלי על שלי!? שנאמר: 'כי לי בני ישראל עבדים' וכתיב: 'לי הכסף ולי הזהב', חייך, מה שאמרת: 'הכסף נתון לך והעם לעשות בו כטוב בעיניך' כך: 'ביום ההוא נתן המלך אחשורוש לאסתר המלכה את בית המן'." ושואל ה"חתם סופר" (בספרו על התורה "תורת משה") מהו הקשר במדרש בין כספו של המן לדברי הכתוב: "ויקחו לי תרומה"?
ומסביר החת"ס את הקשר בין השנים על פי דברי הגמרא (ברכות לו א) שקודם שהאדם מברך נאמר: "לה' הארץ ומלואה" ולאחר הברכה נאמר: "והארץ נתן לבני אדם", והכוונה שאם האדם אינו עובד את ה' בממון שנתן לו השי"ת, אז עדיין אין הממון נקרא על שמו של האדם. ורק על ידי שימושו של האדם בממון לעבודת ה' שלתכלית זו ניתן לאדם הממון, רק אז נקרא הממון שלו. ועל כן נאמר בצדק על ממונו של המן: "אתה קונה שלי בשלי". וזהו שאומר כאן הכתוב: "ויקחו לי תרומה" שעל ידי מעשה הטוב של נתינת התרומה יקחו לעצמם דבר המיועד לי, כמו שאמרו באבות (פ"ג מ"ז): "תן לו משלו שאתה ושלך שלו, וכן בדוד הוא אומר: 'כי ממך הכל ומידך נתנו לך'". ולפי היסוד הזה אפשר להסביר גם מדוע התנתה התורה בנתינת התרומה לבנין המשכן את נדבת הלב יותר מכל שאר המצוות? והסיבה היא שחלקו האמיתי של האדם בתרומה אינו הכסף והזהב שהוא נותן, שהרי הם אינם שלו אלא של הקב"ה, ואילו חלקו האמיתי של האדם הוא הצורה שבה הוא נותן את תרומתו, כמו שכתב החת"ס שם: "ואין לאדם חלק בנתינת התרומה אלא השמחה ורצון טוב והיינו: 'מאת כל איש אשר ידבנו לבו' היינו כוונתו הטובה". לרעיון הזה אפשר למצוא סמך בפסוק: "אפריון עשה לו המלך שלמה. . . עמודיו עשה כסף רפידתו זהב. . . תוכו רצוף אהבה מבנות ירושלים" (שיר השירים ג, ט-י) ועל פי זה אפשר להסביר גם את המשך הכתוב: "תקחו את תרומתי" ולכאורה היה צריך להיות כתוב: "תקחו את תרומתו" של התורם, אלא שהתרומה הנלקחת היא של הקב"ה.
גם מסדר הפרשיות של ספר שמות יכולים אנו ללמוד על הקמת המשכן, לכאורה מיד לאחר מעמד הר סיני ומתן לוחות הברית צריכה היתה התורה לצוות אותנו על הקמת המשכן, שבו יניחו את לוחות הברית ושאר תשמישי העבודה והקדושה של עם ישראל, ואם כך למה נכתבה פרשת תרומה רק לאחר פרשת משפטים ולא לפניה? מזה אפשר ללמוד שהמשכן אינו יכול להבנות, וקל וחומר שהשכינה לא תוכל לשרות בו, אלא רק בציבור שהמשפט והצדק הם התשתית החברתית שלו. על כן עוד קודם בנין המשכן יש להסדיר את כללי המשפט, לשפר את יחסי האדם לחברו, לתקן את העוולות החברתיות, ואז גם הממון שממנו יבנה המשכן יהיה כולו מן המותר ולא מן האסור. ורק אז בנתונים אלו אפשר שתשכון השכינה בבית שנבנה לשמה. גם הראי"ה קוק בספרו אורות הקודש (ח"ג עמ' ר') כותב שיש תנאים מוקדמים כדי שבית המקדש יוכל להיבנות בימינו, וכך כתב שם: "אי אפשר לצייר תכונה שלימה של עושר הדמיון כשהבערות שולטת והרשעה המעשית מתגברת. רק בהתרוממות רוחנית ומעשית חשובה אפשר להשיב את בנין בית המקדש למקומו"