אחד הנושאים המעסיקים את מפרשי התורה בקשר למקדש הוא לדעת אם המקדש הינו חלק מתוכנית הקב"ה מלכתחילה או שמא הוא בא כהמשך לחטא העגל. או במילים אחרות, האם הוא שייך לייעוד ההיסטורי של עם ישראל או לא.
לאמיתו של דבר, עניין זה שייך בעיקר לפן של המקדש כמקום אשר בו היו מקריבים קורבנות. לכן השאלה לא הייתה צריכה להיות האם כוונת הקב"ה הייתה מלכתחילה בניית המקדש, שהרי כבר בסוף פרשת משפטים כתוב: "ולהביאך אל המקום אשר הכינותי" ופירש"י שמקדש של מעלה מכוון כנגד מקדש של מטה – אל המקום אשר הכינותי מכבר.
וכן ברור מרצף הפרשיות ומסדר הופעתן שבניית בית המקדש בירושלים היא היא המטרה של יציאת מצרים ורק בבניית המקדש מסתיימת היציאה, כדכתיב "וידעו כי אני ד' אלהיהם אשר הוצאתי אותם מארץ מצרים לשכני בתוכם וגו'" וכך סיכם ר' אברהם אבן עזרא "וידעו - הטעם אז ידעו כי לא הוצאתי אותם ממצרים רק (אלא) בעבור שיעשו לי משכן ושכנתי בתוכם".
העולם הזה נברא באות בי"ת, להיות ביתו של האדם עלי אדמות, וכוונת הבריאה היא שאחרי שהקב"ה עשה מקום לאדם בעולמו שלו (של הקב"ה), יעבוד האדם כדי לעשות מקום לקב"ה בעולמו (של האדם) דהיינו שהבית הזה יכול להיות או בית עבדים או בית השם. התרבות הקינית המתגלמת בחברה המצרית הפכה את העולם לבית עבדים. מזה הוציאנו הקב"ה. אם כן לא נותר לנו אלא להפוך את העולם לבית ד', במימד הכללי והפרטי. במימד הכללי יהיה בית המקדש דגם של עולם מתוקן על כל חלקיו, ועל סמך זה במימד הפרטי יהיה האדם בעצמו מכון לשבתו יתברך.
וכאשר נתקשה משה רבנו בעניין, אמר לו הקב"ה "ככל אשר אני מראה אותך את תבנית המשכן ואת תבנית כל כליו וכן תעשו". היינו שמשה רבנו הוא בעצמו התבנית (שהרי לא כתוב ככל אשר אני מראה לך, כי אם אותך).
זהו מה שאומר הכתוב ושכנתי בתוכם, היינו בכל אחד ואחד מהם. וזאת בהיות המקדש בתוכם, זאת אומרת גם מרכז הקדושה כמייצג את הייעוד של "קדושים תהיו" וגם מקום הקורבנות המאפשר להתכפר במקרה של מעידה. כי אכן מי שלוקח על עצמו את האתגר של קיום רצון הבורא, של יישום מחשבת הבריאה, שהיא להביא לקיומו של בן שיח לקב"ה, זקוק לאמצעי הטהרות כאשר נסיבות החיים וגורמים שאין לו עליהם שליטה (שהרי לא האדם אלא הקב"ה הוא שקבע את חוקי המציאות) מביאים לסטות מן הדרך למרות שרצונו לא היה בכך.
ועל יסודות אלו כותב האור-החיים הקדוש "כי אומרו 'ועשו לי מקדש' היא מצות עשה כוללת כל הזמנים, בין במדבר בין בכניסתן לארץ בכל זמן שיהיו ישראל שם לדורות וצריכין היו ישראל לעשות כן אפילו בגלות אלא שמצינו שאסר ד' כל המקומות מעת שנבנה בית המקדש". ומן הסתם כי כוונת האיסור הוא להביננו כי לא נבוא אל המנוחה עד שלא באנו אל הנחלה ואל נדמיין בנפשנו כי מקדשי מעט של הגלות תופסים מקומו של מקדשנו בירושלים שמצווים אנו ככלל לבנותו.
ולגבי זה כתוב "ונועדתי שמה לבני ישראל ונקדש בכבודי". ולפי שכתוב אחריו "וקדשתי את-אהל מועד" מהו "ונקדש בכבודי"? כבוד ד' זה הוא רצונו ואנו מתקדשים בעשיית רצונו של מקום ולפי זה יתכן לומר שכפי שכתוב ושכנתי בתוכם – היינו בתוך בני ישראל, כן ונקדש בכבודי – היינו האדם. ואז: "ושכנתי בתוך בני ישראל והייתי להם – לכל אחד מהם באשר הוא שם – לאלקים.
ואמנם הפס' עובר מלשון רבים ללשון יחיד, ואולי ניתן לומר, כי זהו בעצמו חלק מהשראת השכינה בארץ. כאשר כל אחד ואחד מישראל גם בבחינה הפרטית שלו, מצליח להגיע למדריגה זו של מקדש מעט בעצמו ולא רק בפן הכללי.
ואולי ניתן לומר יתירה מכן, רק בהגיע עם ישראל למדריגה כזו שבה הפרטים כולם מתחברים יחדיו בהזדהותם עם אותה הבחינה הכלל –ישראלית, הנקראת בלשון חז"ל ישראל-סבא, תוך כדי שמירה על הייחוד העצמי של כל אחד ואחד באחדות הכוללת הכל, כפי שהיה לפני מעמד הר סיני כאיש אחד בלב אחד, אז שורה השכינה על ישראל בפן הכללי ויכול לבא הפס' שאחר כן "וקדשתי את אהל מועד" ויתקדש כבודו של הקב"ה בעולם.