לא רק ביציאת מצרים הושיע משה רבנו את ישראל, אלא גם לאחר מכן כשריחפה סכנת כליה על ישראל עמד משה בפרץ וסילק את הסכנה, כך היה במעשה העגל, כמו שכתוב בספר בתהלים (קו, ל כג): "ויאמר להשמידם, לולי משה בחירו עמד בפרץ לפניו, להשיב חמתו מהשחית". והעמידה בפרץ של משה מפורשת בתורה כשמשה אמר לקב"ה: "ועתה אם תשא חטאתם, ואם אין מחני נא מספרך אשר כתבת" (שמות לב לב), וכן היה בחטא המרגלים כשמשה ביקש: "סלח נא לעון העם הזה כגודל חסדך וכאשר נשאת לעם הזה ממצרים עד הנה" (במדבר יד יט) ובקשתו נתקבלה ככתוב: "ויאמר ה' סלחתי כדברך". בהצלתו של עם ישראל עסק גם אהרן שכיפר על העם ועצר את המגפה אחר מחלוקת קרח ככתוב: "ויתן את הקטרת ויכפר על העם, ויעמוד בין המתים ובין החיים ותעצר המגפה" (שם יז יג).
גם פנחס כיפר על בני ישראל ועצר את המגיפה, ככתוב בתהלים: "ויעמוד פנחס ויפלל ותעצר המגפה ותחשב לו לצדקה לדור ודור עד עולם". והתורה מפרטת את מעשיו: "פנחס בן אלעזר בן אהרן הכהן השיב את חמתי מעל בני ישראל בקנאו את קנאתי בתוכם ולא כליתי את בני ישראל בקנאתי" ועל מעשהו זה נאמר לפנחס: "לכן אמור הנני נתן לו את בריתי שלום", וברית זו לא נתנה לפנחס בלבד אלא "והיתה לו ולזרעו אחריו ברית כהונת עולם תחת אשר קנא לאלקיו ויכפר על בני ישראל". ולכאורה משה הציל את ישראל יותר פעמים מפנחס שעשה זאת רק פעם אחת, ואם כך היה משה צריך לפחות לזכות למה שזכה פנחס, מדוע רק פנחס זכה לזה?
את ההבדל בין מעשהו של פנחס למעשיו של משה אפשר להסביר בכמה דרכים: המגיד מדובנא בספרו 'אהל יעקב' מסביר זאת במשל לאדם שהיה חייב כסף לנושים רבים, וכשהגיע זמן הפירעון לא היה בידו לפרוע את חובו, ואז באו לעזרתו ידידים שייצגו אותו בבית המשפט, שטענו עבורו בבית המשפט טענות שהצליחו לדחות את פריעת החוב לתאריך מאוחר יותר, אך בהגיע שוב תאריך הפירעון והנושים באו לגבות את חובם היה החייב בבעיה קשה, ואז בא אחד מידידיו והתפשר עם כל בעלי החוב, שילם להם חלק מהחוב וקבל מהנושים את שטרי החוב, קרע אותם ופטר את החייב לתמיד. והנה הידיד האחרון עשה עם החייב הרבה יותר מאשר עשו הראשונים, שהם לא בטלו את החוב אלא רק דחו אותו לזמן מאוחר אבל עיקר החוב נשאר, משא"כ הידיד האחרון שביטל לגמרי את החוב פטר את החייב לתמיד. והנמשל הוא ההבדל בין משה לפנחס, במעשה העגל כאשר מדת הדין בקשה לכלות את ישראל, בא משה ועמד בפרץ ודחה את הגזירה אבל לא לתמיד, אלא החוב נשאר ככתוב: "ביום פקדי ופקדתי עליהם חטאתם" (שמות לב לד). וכך גם בחטא המרגלים, אמנם נאמר בו: "סלחתי כדברך" אבל יחד עם זאת "אמר להם הקב"ה: אתם בכיתם בכיה של חנם ואני קובע לכם בכיה לדורות" (תענית כט א). מה שאין כן פנחס, במעשהו הוא סילק את החוב של ישראל מכל וכל, ככתוב: "השיב את חמתי מעל בני ישראל", שביטל את החימה לגמרי. בדרך נוספת אפשר להסביר את ההבדל בין פנחס למשה היא שגם אם אמנם משה ואהרן הביאו ישועה והצלה לעם ישראל, אבל הם לא סיכנו את עצמם בנסיונם זה, משא"כ פנחס שסיכן את חייו במעשהו, "שאם נהפך זמרי והרגו לפנחס אין (זמרי) נהרג עליו, שהרי (פנחס) רודף הוא" (סנהדרין פב א). אפשרות נוספת לפרש את ההבדל בין פנחס למשה הוא בהבדל שבין הסכנה שריחפה על העם אצל משה לסכנה שריחפה על העם אצל פנחס, בחטא העגל וחטא המרגלים לא ריחפה סכנה על עצם קיומו של עם ישראל, אלא נעשו בתוך העם חטאים חמורים שיש להעניש עליהם, משא"כ אצל פנחס שהיה שם נישואי תערובת המביאים להתבוללות, מה שמאיים על עצם קיום העם היהודי, ופנחס מנע סכנה זו.