גוברת המחלוקת בין הרבנים האם לפתוח את בתי הכנסת בישראל, והאם להמשיך לקיים מניינים בבתי הכנסת או בדרכים פרטיות. הרבנים הראשיים הרב דוד לאו והרב יצחק יוסף עומדים לצד אלו המורים שכן להמשיך לקיים מניינים, כמוהו גם פסקו הרב אריה שטרן והרב דרוקמן. לדעת הרב יש להמשיך ולקיים מניינים מצומצמים תוך הקפדה על הוראות משרד הבריאות.
הרב כותב: "במענה לשאלות, הוראתי הייתה כי אין לסגור את בתי הכנסת, אלא החובה היא להתנהל באופן שעומד בדרישות ובהנחיות שהוציא משרד הבריאות. באופן מעשי, כל עוד לא יצאה הוראה אחרת, ניתן וחשוב להתפלל בבתי הכנסת, אולם יש לחלק את באי בתי הכנסת למספר מניינים, תלוי בכמות המתפללים, שבכל מנין יהיו רק 10 מתפללים".
צילום: הרבנות הראשית
עוד הוסיף: "כמו כן, חובה לשמור על מרחק של לפחות שני מטר בין איש לרעהו ולאוורר את חלל בית הכנסת כראוי. יש להקפיד על ריחוק בין העולה לתורה לבין בעל הקורא הגבאי יעמוד מחוץ לבימה. אנשים מבוגרים או הנמצאים בסיכון אסור להם להגיע לבית הכנסת, ויתפללו בביתם בזמן שהציבור מתפלל. במידה ולא מתקיימים תנאים אלו יש לצאת ממבנה בית הכנסת".
גם הרב יוסף לפסיקה וכתב: "לגבי סגירת בתי הכנסת, הנה אם הצבור שומע לגבאים, יש להשאיר את בתי הכנסת פתוחים, ולא יכנסו למקום אחד יותר מעשרה. ויארגנו מנינים גם בחדרים הסמוכים לאולם המרכזי של בית הכנסת ובתנאי שהם מרווחים דיו לשמירת מרחק בין המתפללים כפי ההוראות. ובמקום שהאנשים רגילים לצאת ולבוא בו, ואין שליטה לגבאים למנוע מצבור גדול מלהיאסף ביחד יותר מעשרה, הנכון לסוגרו עד יעבור זעם. וה' ירחם וימנע מגיפה מנחלתינו".
צילום: הרבנות הראשית
בעניין בתי הכנסת בבתי חולים הוראת הרב יוסף שונה: "לגבי בתי כנסת שבתוך בתי החולים, יש להורות לסגור את כל בתי הכנסת הללו בימים אלה, כיון שהמחלה הנ"ל פוגעת בעיקר במי שמערכת החיסון שלו נמוכה, ובדרך כלל המתפללים באותם בתי כנסת הם החולים והרופאים אשר סכנתם מרובה יותר, מה גם שבדרך כלל בתי כנסיות אלו קטנים וצפופים, וקשה מאוד ליישם את הוראות הרופאים שלא להתקהל יותר מעשרה בני אדם, וכן להתרחק לפחות שני מטרים בין אדם לאדם. ועת לעשות לה' הפרו תורתך".