(יז) וְעָשִׂיתָ כַפֹּרֶת זָהָב טָהוֹר אַמָּתַיִם וָחֵצִי אָרְכָּהּ וְאַמָּה וָחֵצִי רָחְבָּהּ: (יח) וְעָשִׂיתָ שְׁנַיִם כְּרֻבִים זָהָב מִקְשָׁה תַּעֲשֶׂה אֹתָם מִשְּׁנֵי קְצוֹת הַכַּפֹּרֶת: (יט) וַעֲשֵׂה כְּרוּב אֶחָד מִקָּצָה מִזֶּה וּכְרוּב אֶחָד מִקָּצָה מִזֶּה מִן הַכַּפֹּרֶת תַּעֲשׂוּ אֶת הַכְּרֻבִים עַל שְׁנֵי קְצוֹתָיו: (כ) וְהָיוּ הַכְּרֻבִים פֹּרְשֵׂי כְנָפַיִם לְמַעְלָה סֹכְכִים בְּכַנְפֵיהֶם עַל הַכַּפֹּרֶת וּפְנֵיהֶם אִישׁ אֶל אָחִיו אֶל הַכַּפֹּרֶת יִהְיוּ פְּנֵי הַכְּרֻבִים: (פרק כה)
בנוסף לפרשנות פסוקי הפרשה העוסקים במשכן ובכליו כתב המלבי"ם באריכות על רמזי המשכן. מבין כל הרמזים שהציע המלבי"ם למשכן ולכליו נעיין בחלק מדבריו בעניין הכרובים; כך כתב:
"לימד דעת את העם בענין ההנהגה, כי באשר בשני הלוחות שבארון בלוח אחד היו כתובים חמש מצוות שבין אדם למקום, ועל לוח השני היה כתוב חמש מצוות שבין אדם לחברו, והיו בישראל שני מיני מנהיגים, המלך ושריו שהיו ממונים מה' לעשות משפט ולבער כל עושי רשעה בין אדם לחברו, והכהן גדול ומורי הדת היו ממונים ללמד את העם ולהשגיח על עבודת האלהים ומצוות שבין אדם למקום, ונגדם עמדו שני הכרובים אחד הסוכך בכנפיו על צד האחד של הארון שבו הלוח המזהיר על מצוות שבין אדם לחברו, והשני הסוכך בכנפיו על צד השני של הארון שבו הלוח המזהיר על מצוות שבין אדם למקום, ועל כן עמדו שניהם על הכפורת הסוכך על הלוחות בכלל".
שני הכרובים שעל הכפורת מסמלים שני מיני מנהיגים שהיו בישראל: המלך ושריו שממונים על המשפטים שבין אדם לחברו, והכהן הגדול ומורי הדת שממונים על ההדרכה הרוחנית של העם בעבודת ה' ובמצוות שבין אדם למקום. שני הכרובים נמצאים משני קצות הכפורת באופן שכל אחד סוכך בכנפיו על צד אחר של הארון. בתוך הארון היו לוחות הברית, שעל הלוח האחד שלהם כתובות מצוות שבין אדם למקום, ועל הלוח השני כתובות מצוות שבין אדם לחברו.
נמצא שכרוב אחד סוכך בכנפיו על מצוות שבין אדם למקום, והכרוב השני סוכך בכנפיו על מצוות שבין אדם לחברו. הכרוב שסוכך בכנפיו על מצוות שבין אדם למקום מסמל את הנהגתו של הכהן הגדול ומורי הדת, והכרוב השני שסוכך בכנפיו על מצוות שבין אדם לחברו מסמל את הנהגתו של המלך ושריו.
התורה מתארת שהכרובים צריכים לפרושׂ כנפים למעלה ושיהיו סוככים בכנפיהם על הכפורת, והמלבי"ם ממשיך ומבאר גם את משמעותה של פרישׂה זו:
"והיה צריך ששני הכרובים יפרשו כנפים למעלה שיעשו הכל לשם שמיים ויתנשאו על כל עניני החומר ותאוותיו, ושיהיו סוככים על הכפורת ומגינים על מצות ה' איש כפי עבודתו".
פרישת הכנפים למעלה מסמלת את הצורך שכל מעשיהם של המנהיגים יהיו לשם שמיים, ושיתעלו מעל כל עניני החומר. הסיכוך על הכפורת מסמל את ההגנה שצריכים המנהיגים להגן על מצוות ה', כל מנהיג על פי תחום הנהגתו.
דבר נוסף שצריך להקפיד עליו בענין הכרובים הוא שיהיו פניהם איש אל אחיו; את משמעות הדבר ביאר המלבי"ם כך:
"וציוה שיהיו פניהם איש אל אחיו שהמלך והכהן גדול יהיו עוזרים זה לזה, לא כמו שהיה בימי מלכי בית שני הרשעים שהיו משפילים כבוד הכהונה... ולא ככהנים הרשעים שהפיחו מרד והרימו יד בכבוד המלכות, רק יהיו פניהם איש אל אחיו וכמו שכתוב (זכריה ו, יג) "ועצת שלום תהיה בין שניהם"".
בתקופות שונות בהיסטוריה שרר עימות בין שני המנהיגים. פניהם של הכרובים המופנים איש אל אחיו מסמלים שהמצב הרצוי הוא עזרה הדדית בין שני המנהיגים.
בנוסף על כך שפני הכרובים צריכים להיות איש אל אחיו, צריך שיהיו פניהם גם אל הכפורת. כך כתב המלבי"ם במשמעות פרט זה: "וכן יהיו פניהם, רוצה לומר מגמת פניהם, אל הכפורת לחזק עמוד הדת ויראת אלהים ולשום משפט וצדקה בארץ".
פני הכרובים פונים אל הכפורת המכסה את שני לוחות הברית. עובדה זו מסמלת לדעת המלבי"ם את ייעודם הכפול של מנהיגי ישראל: "לחזק עמוד הדת ויראת אלהים ולשום משפט וצדקה בארץ", כלומר לדאוג גם לתחום שבין אדם למקום וגם לתחום שבין אדם לחברו. נמצא אפוא שבמסגרת רמזי המשכן הציג המלבי"ם את עמדתו בעניין ההנהגה הרצויה.