חודש לאחר ההצפה בבסיס חצור תם התחקיר של צה"ל ואיתו המסקנות. בעקבות כך מפקד בסיס חצור, אלוף משנה ע', יסיים את תפקידו, לפי בקשתו. בנוסף, מפקד טייסת הקרב בה אירע האירוע יינזף פיקודית, כך גם מפקד טייסת התחזוקה בבסיס ומפקדת טייסת התעופה במחנה הצבאי הגדול.
מהתחקיר עלה כי הבסיס נערך באופן חסר לעוצמת הגשם, ולא נעשו כל הפעולות הנדרשות. בחיל מעריכים כי תפעול נכון ומקצועי היה מקטין את היקף הנזק, וציינו כי הפעילות הרחבה שבוצעה לחידוש הניקוז לפני האירוע תרמה לחזרה מהירה לכשירות. הערכת הנזק עומדת על 30 מיליון ש"ח.
מפקד חיל האוויר האלוף נורקין ציין בפני אנשי חיל האוויר כי "הכשירות המבצעית נפגעה בהיקף ובחומרה שניתן היה לצמצם. הסימנים היו ברורים וניתן היה לעלות במדרגות ההיערכות מוקדם יותר. טעינו בעיתוי פרסום האירוע לציבור, ונכון היה לעשות זאת מוקדם יותר. הטעות נבעה משיקול דעת ביטחוני מקצועי שגוי".
בנקודת הזמן הנוכחית חמישה מטוסים מתוך שמונת המטוסים חזרו לפעילות מבצעית מלאה. שלושת המטוסים הנוספים מטופלים ביחידת האחזקה האווירית ויחזרו לטיסה בתום הטיפול. מיד לאחר האירוע וגם בימים אלה הבסיס מבצע פעילות מבצעית רציפה וימשיך בפעילות זו.