בספרו "שירה" (עמ' 95) כותב ש"י עגנון: "דברים הרבה מתרחשים והולכים, בכל יום יודים נהרגים בצנעה ובפרהסיא ובכל יום מעוטרים העיתונים בעיטורים שחורים, בראשונה כשהיינו רואים פס שחור בעתון וקראנו אדם מישראל נהרג הנחנו את סעודתנו, עכשיו שהצרות מצויות, אדם יושב על שולחנו ואוכל פתו בחמאה ובדבש קורא ואומר שוב נהרג יהודי, שוב נהרגה אשה יהודיה, שוב נהרג תינוק מישראל. ואנו יושבים בחיבוק ידיים ונותנים עצמנו להריגה ואומרים: הבלגה, הבלגה. הם הורגים ורוצחים ושורפים ואנו יושבים ומבליגים. והרשות (השלטון הבריטי) מה עושה, עושה עוצר, יושבים להם ישראל עצורים בבתיהם ואינם יוצאים לחוץ, כדי שלא יפגעו בהם בעלי חצים, ובעלי חצים מהלכים בכל מקום ומשלחים חציהם. אי אתה יכול לומר שהרשות אינה עושה את שלה ואי אתה יכול לומר שאנו אין אנו עושים את שלנו, הרי אנו מבליגים ומראים לעולם כולו כמה יפים אנו, כמה יפה הוא מוסר היהדות, שאפילו באים עלינו להרגנו אנו שותקים". דבריו אלו של עגנון נכתבו טרם קום המדינה.
ואכן האיבה הערבית לשיבת ישראל לציון ולמפעל ההתיישבות היהודית בארץ ישראל לא החלה עם תוצאות מלחמת ששת הימים ומקורה אינה בהקמת מדינת ישראל, שרשי האיבה נבטו בצמוד לחידוש החיים היהודיים בארץ. מאורעות, פרעות ואפילו פוגרומים של פורעים ערביים ידעה האוכלוסיה העברית עשרות שנים קודם הקמת המדינה. מאבקנו על מימוש זכותנו על ארץ אבותינו דורש מאתנו עמידה איתנה ונשימה ארוכה מול הניסיונות הבלתי פוסקים של טרור והשמדה. וכאן הבן שואל: מה צריכה להיות התייחסותנו לכלל האוכלוסייה הערבית? האם נוכח מזימות החיסול והנישול של הטרור הערבי אין בשאיפה ליחסי שכנות הוגנים משום פגיעה בערנות השמירה והעמידה? ואכן ישנם אנשים קצרי רוח המבקשים לעשות קיצורי דרך בפתרון בעיית האיבה הערבית, המשתמשים ללא ביסוס בשמו ובמשנתו של הראי"ה כאילו עמדתו הנחרצת על זכות ישראל על ארצו ויעודי התחיה היהודית בה, יש בהם להפקיע כל זכות משאינם בני ברית, ולשחרר אותנו מכל מגבלה בבואנו לממש את זכותנו על ארץ ישראל - אך מהי באמת עמדתו?
בשלוש תקופות בחייו התייחס הראי"ה ליחסנו אל הנכרי, האחת בגלות ליטא בספרו "עין איה", השניה בארץ ישראל בתקופה העותומנית והשלישית באחרית ימיו תחת המנדט הבריטי. כבר בשבתו בגולה הוא מסביר את הפסוק "גר ותושב וחי עמך" (עין איה" ביכורים פ"ג מ"ג) מה בא ללמדנו צמד המילים "גר תושב" שהתורה קוראת לבני הנכר הגרים אתנו בארצנו. ההקפדה היחידה שלנו על הנכרי היא הסרתו מדרך רעה ומזיקה ולהיותו איש ישר כחובת בני נח -מלבד זאת יש לנכרי הזה אומה וארץ אבות אשר יש לו עליהם געגועים וחיבה, ובגלל זה הוא "גר" בארצנו, על אף זאת עליך להכירו גם בתור "תושב" לעניין "קירוב הדעת וחופש וזכויות הראויות לאדם", ובהיותו תושב אל ייקחך לבך להכחיד ממנו את רגשותיו הטבעיות לעמו ולארצו עד שיהיה רק תושב, כי אם "גר ותושב וחי עמך". את הדברים הללו כתב רבנו עוד בהיותו בגלות במדינת ליטא.
באותה תקופה הוא כותב (שם ברכות ח ב) על האחריות על כלל הציבור בחובת הזהירות להתנהגות שלנו עם הנכרים. הדברים נכתבו על המסופר בגמרא שרב פפא בא לגבות חוב מנכרית, נטלה הנכרית את בנה המת והניחתו במיטתה ואמרה לרב פפא: שב עד שאביא לך מעותיך. אמר לה: איני יושב עד שתגביהי את המטה, הגביהה את המיטה ומצאו של תינוק מת. מכאן אמרו חכמים: אסור לישב על מיטת נכרית. ומסביר שם הראי"ה שאילו הייתה מצליחה העלילה לא היה הקצף על רב פפא לבדו אלא נמשכת על הציבור היהודי כולו.על כן קבעו חכמים דבר זה זיכרון לדורות למען ידע כל איש מישראל לשום על לבו כמה גדולה היא החובה על כל אחד ואחד שלא לגרום בהתנהגותו נזק אל הכלל. ומפני שנאת בני נכר ועלילותיהם עליו להרחיק עצמו גם מן הדומה לכיעור ביחסיו עם הגויים, ועלינו לדון בקל וחומר שלא יעלה על הלב לעשות עוול ממש לאינם בני ברית, כי לבד האיסור שיש בזה, הוא חובל בזה את נפש הכלל שנאשמים באשמת היחיד. דברים אלו נאמרו על ידי הראי"ה עוד בשבתו בגלות.
בשבתו ביפו (בתקופת שלטון התורכי - תרע"ב) הוא מגיב לסיפור שנכתב בעתון "העברי" על שומרים בגליל האורבים לערבים הבאים לעקואר עצי פרדס וכשמתגלים הערבים קורא יהודה נוטר הפרדס לאחיו השומרים: "בשם עמנו, ובשם ארצנו, על האויב! . . . זכרו את עינוי היהודים מן החורבן עד היום, קרא אחד הגלילים. הכו, הכו אחים אל תחמלו - קרא עוד פעם יהודה". על התיאור הזה מניב הראי"ה במכתב לרב מאיר בר אילן עורך העברי: "ריחמאי, חוב קדוש אני מוצא להעיר לב כבודו על הסגנון של הציור שמתואר שם המצב הנפשי של האיבה לערבים, והתעוררות השומרים העברים בדברים המלאים רוח רבולוציוני מה שהוא לא לפי שאיפתנו ואינן נאות למצב כלל. וכאן מסביר הראי"ה את דבריו: "הקריאות 'על האויב' כשהן באות באורגן עברי לעומת הערבים אין קץ כמה ארס יכולות הן לחולל, וכמה חומרר נכון הוא ביד שונאינו הרבים הסוקרים כל הגה היוצא ממנו, לחטט על ידו למען מצוא עלילות פוליטיות על כלל ישראל. . . וחוץ מהאויבים החיצוניים יש לנו בעוונותינו הרבים מחנה שלם של שונאים פנימיים היודעים לעשות מדברים כאלה מטעמים להשטין ? . . אל תתן מקום בעתונך הנעלה לדברים עמו אלה שתועלתם היא אפס ונזקם גדול לאין חקר".
נכון שהדברים נכתבו תחת שלטון התורכים שכל חשד במהפכנות היה בו לא רק גירוש מהארץ אלא סכנת נפשות ממש. ואעפ"כ יש באגרת הזו (אגרות הראי"ה שצ"ח עיין שם האיגרת במלואה) כמה מרכיבים קבועים: א. הסתייגות מצד השקפת היהדותלמצב נפשי של איבה לערבים. ב. אסור להתנהג ואפילו להתבטא בצורה בלתי אחראית תוך התעלמות מהשלכות שליליות של אומות העולם. ג. יש לקחת בחשבון את הסכנה מהאויבים הפנימיים המשרתים את אויבי ישראל (שהיו כבר אז) ד. יש להימנע מדברים שתועלתם אפס ונזקם גדול. ה. יש לפרסם יחסים חיוביים בין היהודים ליושבי הארץ הערבים. יחד עם זאת היה הראי"ה ער למצב הביטחוני ובאגרתלוועד העיר יפו (ר"ח אדר ב תרעג) כותב: "כעת בא אלי אדם בר סמכא והגיד לי בברור שנודע לו שהערבים מתכוננים פה לעשות פרעות ביהודים - אדרוש לקרוא מיד אסיפת הוועד שלא לאחר אפילו שעה אחת, וגם אני בלי נדר אבוא לאסיפה, להתייעץ אם צריכם לעשות איזה דבר, ומה לעשות שם"
דברים נוספים על עמדתו של הראי"ה לסכסוך הישראלי ערבי וכן עמדתו של בנו הרב צבי יהודה לנושא זה עיין בספר "אילת השחר" עמ' רסא ואילך.