ר"ע ספורנו מדגיש את ההיבט החקלאי שבימי ספירת העומר. לדעתו, ספירת כל יום ויום נועדה להזכיר לנו לשאת תפילה לקב"ה מדי יום ביומו שישמור לנו את חוקות הקציר ותצליח התבואה.
(ט) וַיְדַבֵּר ה' אֶל מֹשֶׁה לֵּאמֹר: (י) דַּבֵּר אֶל בְּנֵי יִשְׂרָאֵל וְאָמַרְתָּ אֲלֵהֶם כִּי תָבֹאוּ אֶל הָאָרֶץ אֲשֶׁר אֲנִי נֹתֵן לָכֶם וּקְצַרְתֶּם אֶת קְצִירָהּ וַהֲבֵאתֶם אֶת עֹמֶר רֵאשִׁית קְצִירְכֶם אֶל הַכֹּהֵן: (יא) וְהֵנִיף אֶת הָעֹמֶר לִפְנֵי ה' לִרְצֹנְכֶם מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת יְנִיפֶנּוּ הַכֹּהֵן: (יב) וַעֲשִׂיתֶם בְּיוֹם הֲנִיפְכֶם אֶת הָעֹמֶר כֶּבֶשׂ תָּמִים בֶּן שְׁנָתוֹ לְעֹלָה לַה':
...(טו) וּסְפַרְתֶּם לָכֶם מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת מִיּוֹם הֲבִיאֲכֶם אֶת עֹמֶר הַתְּנוּפָה שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת תִּהְיֶינָה: (טז) עַד מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת הַשְּׁבִיעִת תִּסְפְּרוּ חֲמִשִּׁים יוֹם וְהִקְרַבְתֶּם מִנְחָה חֲדָשָׁה לַה': (יז) מִמּוֹשְׁבֹתֵיכֶם תָּבִיאּוּ לֶחֶם תְּנוּפָה שְׁתַּיִם שְׁנֵי עֶשְׂרֹנִים סֹלֶת תִּהְיֶינָה חָמֵץ תֵּאָפֶינָה בִּכּוּרִים לַה': (יח) וְהִקְרַבְתֶּם עַל הַלֶּחֶם שִׁבְעַת כְּבָשִׂים תְּמִימִם בְּנֵי שָׁנָה וּפַר בֶּן בָּקָר אֶחָד וְאֵילִם שְׁנָיִם יִהְיוּ עֹלָה לַה' וּמִנְחָתָם וְנִסְכֵּיהֶם אִשֵּׁה רֵיחַ נִיחֹחַ לַה': (יט) וַעֲשִׂיתֶם שְׂעִיר עִזִּים אֶחָד לְחַטָּאת וּשְׁנֵי כְבָשִׂים בְּנֵי שָׁנָה לְזֶבַח שְׁלָמִים: (כ) וְהֵנִיף הַכֹּהֵן אֹתָם עַל לֶחֶם הַבִּכֻּרִים תְּנוּפָה לִפְנֵי ה' עַל שְׁנֵי כְּבָשִׂים קֹדֶשׁ יִהְיוּ לַה' לַכֹּהֵן: (פרק כג)
אזכור חג השבועות בפרשת המועדות מתחיל בעניין העומר וספירת העומר. ביום השני של פסח מביאים מנחת עומר ומקריבים את קרבן העומר, ומיום זה מתחילים לספור. שבעה שבועות סופרים עד חג השבועות שאז מקריבים את שתי הלחם. מה טעמו של מהלך זה? מה טעמם של הקרבנות שמקריבים בתחילת התקופה ובסופה, ומה טעמה של ספירת הימים והשבועות שביניהם?
ר"ע ספורנו רואה בכל המהלך הזה עניין חקלאי; נעיין בדבריו:
"והתחיל דבור חג השבועות מן העומר, כי מאז מתחיל קציר בעומר וספירת השבועות שהם מענין החג הנקרא חג קציר (שמות כג, טז) וחג השבועות (שם לד, כד) שבו ניתן הודאה לאל יתברך על "שבועות חקות קציר" ששמר לנו. כי אמנם מכוונות הרגלים הם התפלה וההודאה, כמו במועד חדש האביב התפלה לאל על האביב וההודאה על החירות. ובהיות כי הצלחת הקציר תהיה כפי מזג הזמן מתחילת האביב עד הקציר, כאמרו "שבועות חקות קציר ישמר לנו" (ירמיהו ה, כד), היה העומר הודאה על האביב כמקריב ביכורי השדה לבעלים, והיה הקרבן עמו לתפלה על העתיד, והיתה הספירה זכרון לתפלת יום יום, והיה חג הקציר הודאה על טוב הקציר, וחג האסיף על טוב האסיף".
הנביא ירמיהו מוכיח את עם ישראל שכל הטובות שהקב"ה עושה אינן גורמות להם לירא אותו: "וְלָעָם הַזֶּה הָיָה לֵב סוֹרֵר וּמוֹרֶה סָרוּ וַיֵּלֵכוּ. וְלֹא אָמְרוּ בִלְבָבָם נִירָא נָא אֶת ה' אֱלֹהֵינוּ הַנֹּתֵן גֶּשֶׁם יוֹרֶה וּמַלְקוֹשׁ בְּעִתּוֹ שְׁבֻעוֹת חֻקּוֹת קָצִיר יִשְׁמָר לָנוּ". מה פירוש "שבעות חקות קציר ישמר לנו"? ימי הקציר הם ימים גורליים, "הצלחת הקציר תהיה כפי מזג הזמן מתחילת האביב עד הקציר", והקב"ה שומר על חוקות הקציר עבורנו, דואג למזג אויר מתאים להצלחת הקציר.
על טובה זו שמיטיב איתנו הקב"ה אנו צריכים להודות לו. ההודאה נעשית ברגלים - "מכוונות הרגלים הם התפלה וההודאה". מנחת העומר היא ביכורי השעורים כדי להודות על הצלחת יבולם. קרבן העומר ("כבש תמים בן שנתו לעלה לה'") הוא לשם תפילה על הצלחת קציר החיטים העתידי.
ומה תפקידם של ימי הספירה המתחילים ממחרת יום טוב ראשון של פסח? כותב ר"ע ספורנו: "והיתה הספירה זכרון לתפלת יום יום". ספירת כל יום ויום נועדה להזכיר לנו לשאת תפילה לקב"ה מדי יום ביומו שישמור לנו את חוקות הקציר ותצליח התבואה.
הספירה מסתיימת בחג השבועות, חג הקציר, ואז מקריבים את שתי הלחם שהם ביכורי קציר החיטים כדי להודות על הצלחת יבולם. ראיית שתי הלחם כקרבן של הודאה מסייעת להבין את הטעם שקרבן זה נאפה חמץ; כותב ר"ע ספורנו:
"ובהיות זה כענין הודאה על שבועות חקות הקציר שבהם היתה סכנת התבואה, היו שתי הלחם חמץ קרבות עם כבשי שלמים, כמו שהיה הענין בשלמי תודה על חלות לחם חמץ".
עם שתי הלחם שמקריבים בשבועות מקריבים גם קרבנות עולה (פר, שני אילים ושבעה כבשים), חטאת (שעיר) ושלמים (שני כבשים). והשלמים מונפים עם שתי הלחם. החיבור בין שלמים ללחמי חמץ מקשר את ההקרבה לקרבן תודה שאף הוא שלמים ויש בו לחמי חמץ (ראו ויקרא ז, יב-יג: "אִם עַל תּוֹדָה יַקְרִיבֶנּוּ... עַל חַלֹּת לֶחֶם חָמֵץ יַקְרִיב קָרְבָּנוֹ עַל זֶבַח תּוֹדַת שְׁלָמָיו").
נמצא ששני הרגלים פסח ושבועות, והספירה שביניהם, הם ימים של תפילה והודאה לקב"ה.