הרב אליהו נולד בירושלים אך היה מחובר מאוד למסורת באגדד ולפסיקת הבן איש חי. הרב היה מצד אחד פוסק חשוב בנגלה, בגמרא, בראשונים, בשולחן ערוך ובפוסקים, אך מצד שני היה מחובר מאוד לעולם הקבלה. אביו, הרב סלמאן אליהו, היה רב מקובל, ודבר זה השפיע רבות על הרב אליהו. פסיקתו של הרב אליהו משולבת בין פסיקה רגילה, בש"ס ובפוסקים, ובין פסיקות קבליות. השפעת הבן איש חי גרמה לכך שפסקים רבים של הרב אליהו מושפעים מפסיקת הרמ"א, ובדרך כלל לחומרה.
מוסכם גם על הרב אליהו, שכל מקום בו יש סתירה בין דברי הקבלה ובין דברי הגמרא, יש לפסוק כפי הגמרא. אולם, מאידך, כל הלכה שלא הוזכרה בגמרא ובפוסקים, אך הוזכרה בדברי קבלה יש לנהוג כמותה, ובמיוחד אם היא לחומרה. דבר זה נכון הן ביחס לדברים הכתובים בזוהר, והן ביחס לדברי קבלה אחרים יתירה מזאת, כל מקום שיש מחלוקת הפוסקים, ניתן להכריע על פי דברי קבלה .
הרב מרדכי אליהו, נמשך אחר פסיקתו של הבן איש חי, כמו גם אחרי הקבלה (בדומה לבן איש חי נמשך אחר הקבלה). מאידך, הרב עובדיה יוסף פוסק לפי השו"ע, ושגור על לשונו "כל אשר יאמר לכם יוסף [=רבי יוסף קארו, בעל השולחן ערוך] - תעשו". בדרך כלל, השו"ע מקל הרבה יותר מן המקובלים. כמו כן, בדרך כלל מקל השו"ע הרבה יותר מן הרמ"א והפוסקים האשכנזים. לכן, פסקי הרב עובדיה יוסף מקלים הרבה יותר מאשר פסקי הרב מרדכי אליהו.
למשל, ביחס להכנת קפה שחור בשבת. לדעת הרב עובדיה יוסף מותר לערות מכלי ראשון על קפה בשבת. טעמו: הקפה עבר קלייה, ולדעתו יש לפסוק שאין איסור בישול, ביחס לדבר שעבר אפייה או קלייה. מאידך, הרב מרדכי אליהו מחמיר בכך, ומתיר לערות רק מכלי שני על הקפה. הוא פוסק כך גם בגלל שייתכן שאין הקפה נחשב כקלוי, כי הוא לא מוכן לאכילה באופן זה, וגם בגלל דעות המחמירים שיש איסור בישול גם בדבר אפוי או קלוי, וביניהם הבן איש חי: "בפרט לדעת הבן איש חי שפוסק כדעת הרמ"א, יש לחוש לכתחילה לבישול אחר אפייה".
שני תחומים בהם באים לידי ביטוי נרחב מחלוקות הרב עובדיה יוסף והרב מרדכי אליהו, הן בתחום טהרת המשפחה ובהלכות פסח. בשני אלו, קובע הרב מרדכי אליהו, שגם הספרדים מחמירים כרוב הדברים כמו האשכנזים. מאידך, הרב עובדיה יוסף מקל כפשט השו"ע, ויש בכך השלכות מפליגות.
מעבר לכל המחלוקות ושיטות הפסיקה השונות, אין ספק שהרב מרדכי אליהו זצ"ל, היה דמות של פוסק חשוב ומשמעותי, המחובר לציבור הציוני דתי (לדעתו יש לומר הלל ביום העצמאות, אמנם בלא ברכה, ואין לומר תחנון). פוסק שהיה בעל שיעור קומה, בכל חלקי השולחן ערוך (נתמנה לדיין הצעיר ביותר בישראל), וגם היה מקובל גדול. שילוב של מקובל הבקי בש"ס ובפוסקים, ופוסק שיש לו יד ושם בקבלה. רב המחובר לציבור ציוני וחרדי, ספרדי ואשכנזי. רב שהיה נוהג בענווה ובנעימות הליכות מיוחדת, דבר הבא לידי ביטוי מיוחד, בתקופת הזוהר שלו, בעת היותו הרב הראשי לישראל.