עם יישום תכנית ההתנתקות נחתמו הסכמים בין מנהלת סל"ע לבין עמותת ישיבת "תורת החיים" שפונתה מגוש קטיף, מכוח ההסכמים הועברה פעילות הישיבה ו"מדרשת טהר" לישוב יד בנימין. המתחם שקיבלה העמותה כלל העתק מבנים שהיו קיימים בגוש קטיף ושימשו את העמותה.
בנוסף, דאגה המדינה להקים מספר אתרי דיור זמניים לאכלוס זמני בלבד של משפחות אשר פונו מגוש קטיף ועד למעברן לבתי הקבע. גם אתרי דיור אלו שימשו את העמותה לאיכלוס אנשיה.
בהתאם להחלטות הממשלה הוארכה תקופת הזכאות למגורים למשפחות זכאיות בלבד. בחודש מאי, נשלחה פניה למנכ"ל עמותת הישיבה, בה נטען כי במתחם הזמני נותרו 55 מבנים יבילים וישנה רק משפחה אחת אשר זכאית להתגורר באתר. ושאר המבנים משמשים ככל הנראה את האברכים השייכים לישיבה. במכתב נטען כי האברכים מתגוררים באתר שלא כחוק, וכי עבור השימוש במבנים הללו נחתמו הסכמי שכירות בין המדינה לבין עמותת הישיבה לשנים 2005-2007.
במכתב ששלחה מיכל-אור כהן מנהלת מינהלת פינוי אתרים זמניים, לאיתן אלפרט מנכ"ל עמותת תורת החיים נכתב: "מעיון בהחלטות הממשלה והתנאים שנקבעו, עולה כי משפחות האברכים אשר עושות שימוש ב-55 המבנים היבילים, אינן עומדות בתנאים שאושרו בהחלטות הממשלה".
כהן כותבת כי "בנסיבות אלו, וכל עוד 55 המבנים היבילים במתחם האברכים מהווים נכסי מדינה לכל דבר ועניין, הרינו להודיעכם, כי המצב בו הנכם עושים שימוש במבנים אלו ללא תשלום מהווה שימומש שלא כדין בנכס מדינה, ומשכך הנכם נדרשים לפעול להסדרת השימוש ללא דיחוי בהתאם לאמור במכתבי זה".
החוב של עמותת הישיבה למדינה עומד על 12,276,000 שקלים לשנים 2014-2019 ועוד 2,046,000 שקלים לשנת 2020. בפניה לעמותה נכתב כי "לאחר ביצוע הבדיקות המשפטיות הדרושות, ולטובת הקטנת החוב, יקוזז סך של 3,432,344 שקלים. את יתרת החוב בסך של 10,889,656, הנכם נדרשים לשלם עד 31.12.2020".
מישיבת תורת החיים נמסר בתגובה: "מיותר לציין כי מוסדות תורת החיים פועלים ע"פ החוק.
ביחס לפנייתכם, אכן, קיים דין ודברים בין משרד האוצר והעמותה ביחס למבנים הנמצאים בחזקת עמותת תורת החיים, למטרות העמותה. נושא זה אינו נחלת הכלל, ואינו קשור כלל ועיקר לשוכרים, שכנים, וסתם הולכי רכיל המנסים בכל צפרא למצוא אי אלו ליקויים בהתנהלות העמותה. זהו דין ודברים לגטימי ומקובל. מוסדות תורת החיים ממשיכים בסיעתא דשמיא בתנופה לחינוך מאות תלמידים ותלמידות לתורה ודרך ארץ ודבקות בהשי"ת. אנו לא נרתע מכך ונמשיך במלאכת הקודש של לימוד תורה. בברכת חודש טוב".