השלטון בתימן הוציא חוזר המחייב את הקהילה היהודית להתאסלם או לעזוב את גבולות המדינה. בחוזר נאמר עוד כי לא הממשלה וגם שום שגרירות לא תגן על היהודים אם לא יעשו כן ומותר יהיה להרוג אותם. אלה דברים שעלו היום בפגישה בין סגן השר לשיתוף פעולה ח"כ איוב לבין אחד מראשי הקהילה היהודית שהגיע במיוחד מתימן.
לטענתו לקהילה טענות קשות על טיפולה של הסוכנות היהודית בהם, וביקש כי רק קרא יטפל בסוגית הקהילה בתימן. סגן השר קרא, שהסדיר לנציג לראשונה טיסה ישירה דרך סעודיה לירדן ומשם לישראל אמר בתום הפגישה כי ישוחח עם רוה"מ כדי לעודד ולהעלות את שארית הקהילה ומייד.
החל משנת 2000 לערך, גברו רדיפות היהודים שנותרו בתימן. הרדיפות גברו בשל מבצע עופרת יצוקה שהחל בסוף שנת 2008. אנשים מקרב חסידי סאטמר האנטי-ציוניים פעלו לשכנע את אלו שנותרו בתימן להגר לארצות הברית ולא לישראל, תוך הפחדתם שאלו שיעלו לישראל לא יוכלו לשמור על דתם ומנהגיהם, וילדיהם יעזבו את הדת. בעקבות הרדיפות המשיכו קבוצות לעזוב את תימן, לישראל ולארצות הברית.
בקיץ 2009 עזבו את תימן כמאה יהודים, בעקבות פעולה משותפת של משרד החוץ האמריקני וארגונים יהודיים בארצות הברית. בהבאתם היו מעורבים אנשים מזרמים אורתודוקסיים שונים וניתנה להם אפשרות לבחור חינוך לילדיהם מתוך מגוון רחב של בתי ספר בקהילה זו, המשתייכים לזרמים יהודיים שונים. בשנת 2010 נשארו בתימן כ-150 עד 180 יהודים בערים צנעא וריידא. למעלה מ-80% מהנשארים הם כבני 60 ומעלה.