בתום חקירה שהחלה בחודש פברואר האחרון, סיימה הערב (א) משטרת ישראל את החקירה הפלילית שניהלה נגד הרב מוטי אלון. המלצת המשטרה, כפי שהועברה לפרקליטות מחוז ירושלים, הינה אחת: להעמיד לדין את הרב מוטי אלון.
במהלך עבודת הצוות נערכו מספר בדיקות לאיתור מתלוננים שנפגעו מינית ע"י הרב. יחידת להב 443 של המשטרה הצליחה לאתר מתלונן, אשר על עדותו לא חלה התיישנות. המתלונן הביע את הסכמתו למסור עדות מפורטת אודות מעשים מגונים בכוח בתקופת היותו קטין שבוצעו בו ע"י הרב אלון בשנים 2005-2006.
חומר החקירה שנאסף הוצג בפני ראש אגף החקירות במשטרה, פרקליט המדינה והיועץ המשפטי לממשלה, שהחליטו על בדיקה מעמיקה יותר של התלונה. לאחר שבוצעו מספר בדיקות, שהוכיחו וחיזקו את עדותו של המתלונן, החליט היועץ המשפטי לממשלה לפתוח נגד הרב אלון בחקירה פלילית. במסגרת החקירה הפלילית, נחקר באחרונה הרב אלון - תחת אזהרה. המשטרה העבירה את חומרי החקירה לפרקליטות מחוז ירושלים, שתערוך לרב אלון שימוע לפני הגשת כתב אישום נגדו.
ממשטרת ישראל נמסר הערב מידע חדש, לפיו עולה כי במהלך החקירה אותר מתלונן נוסף, אשר על פי החשד, ביצע בו הרב אלון מעשים מגונים. בעקבות המידע, זומן הרב אלון לחקירה נוספת - ושוחרר לאחריה לביתו.
יאיר גולן, פרקליטו של הרב אלון, מסר בתגובה לכיפה כי "בדיקה מעמיקה תבהיר כי הרב אלון לא ביצע כל עבירה ולכן בסופו של דבר לא יוגש נגדו כתב אישום. הרב שיתף פעולה בחקירה בה שלל כל מעשה עבירה. הרב ימשיך להיאבק על האמת ועל שמו הטוב".
כזכור, לפני מספר חודשים האשימו חברי פורום תקנה את הרב אלון ב"מעשים המנוגדים לערכי המוסר והקדושה" לדבריהם הרב אלון הפר את הסיכום שנערך עימו במסגרתו אמור היה לחדול מעיסוק חינוכי-ציבורי, ולכן נאלץ הפורום לפרסם את האשמות נגדו. איתור שני המתלוננים הינו ככל הנראה פועל יוצא של פרסום הודעת פורום "תקנה" מלפני כחמישה חודשים, אשר עוררה את חקירת המשטרה ואשר הביאה את המתלוננים למסירת העדויות שגובשו לכדי תשתית ראייתית.
עד כה, סירב הרב אלון להתייחס באופן ישיר להאשמות נגדו, וציין כי הוא מקבל את הייסורים באהבה.