ארבע מן הפרשיות שבסוף ספר שמות – תרומה, תצווה, ויקהל, ופקודי – עוסקות במלאכת בניית המשכן ועשיית כליו ובגדי הכהונה. בדיון ארוך, בן מאות פסוקים, מפורטים מידותיו של כל כלי וכל בגד, החומרים שנעשה מהם ודרך עשייתו. והנה, באמצע התיאור הדקדקני הזה, מופיעים בראש פרשת ויקהל פסוקים אחדים, שלכאורה אין להם כל זיקה לפרשה, שהרי עניינם הוא הציווי על שמירת השבת וסנקציה עונשית בצדו, וזה לשונם: "ויקהל משה את כל עדת בני ישראל ויאמר אלהם, אלה הדברים אשר צוה ה' לעשֹׂת אֹתם: ששת ימים תֵּעשה מלאכה וביום השביעי יהיה לכם קדש שבת שבתון לה', כל העֹשה בו מלאכה יומת. לא תבערו אש בכל מֹשבותיכם ביום השבת (שמות לה, א-ג).
וכבר תמהו פרשני המקרא: מה עניינו של ציווי זה באמצע מלאכת המשכן? והציעו פירושים שונים לדבר. רש"י, למשל, כותב: "הקדים לתת להם אזהרת שבת לציווי מלאכת המשכן, לומר שאינו דוחה את השבת". אבן עזרא, בפירושו הקצר לתורה, מדגיש: "אף על פי שהיא – בניית המשכן – מלאכת ה', יומת [=העושה מלאכה בשבת]". הווי אומר: גם מטרה גדולה ונעלה כעבודת משכן ה', ש"כל הקהל חייבים לתת כופר נפשם" עבורה, נדחית מפני מצוות השבת. ב"התנגשות" בין שתי המצוות, בניית המשכן וחובת השביתה בשבת, ידה של האחרונה על העליונה.
מנגד, אפשר והיינו מצפים שמשה רבנו, וכמוהו אהרן ושאר הנשיאים, מנהיגי העם, יעסקו – כמנהג חכמים מסוימים בני ימינו – רק ב"דברים שבקדושה", ולא "יבטלו זמנם" בעיסוק בענייני "חולין" כמו מלאכת הבניין. באה התורה ומלמדת אותנו שגדולתם של אותם חכמים שידעו לעסוק לא רק בקדושה אלא גם בבניינו של עולם, שיהא משכן להשראת השכינה בתוכו.
במשפט העברי יש ביטויים רבים להתנגשות בין שני אינטרסים, מקצתם בתחום ה"דתי", התנגשות בין שתי מצוות "דתיות", דוגמת אלו שלפנינו. ברם, לעתים מדובר בהתנגשות בין מעשה "משפטי" ובין נורמה "דתית", כגון עסקת מכר ביום השבת. בכגון זה, עולה שאלת תוצאותיה המשפטיות של פעולה מעין זו ומידת השפעתו של "מעשה הבא בעברה" על זכויות וחובות שנוצרו מכוחו.
בדיני אומות העולם, לא יכול אף צד מן הצדדים לחוזה לתבוע זכות כלשהי או סעד כלשהו על פי חוזה לא-חוקי. לעומת זאת, וכפי שהראה בהרחבה א' שוחטמן (בספרו מעשה הבא בעברה, ירושלים, תשמ"א), בניגוד למקובל בשיטות המשפט בנות ימינו, במשפט העברי החוזה הבלתי חוקי, וכמוהו שאר פעולות, עשויים להיות בני תוקף משפטי, למרות הפסול והפגם שדבקו בהם. ויש להבחין לעניין זה בין שני מצבים. אם אי-החוקיות טבועה במעשה איסורי-דתי, הכלל הוא: אם מדובר במעשה שאסרה התורה, הרי הוא חסר תוקף (להוציא מקרים שבהם גילתה התורה במפורש שהמעשה תקף, כגון בקידושין אסורים, שהם תקפים למרות האיסור הטבוע בהם); ואם מדובר במעשה שאסרו חכמים, המעשה תקף למרות האיסור (אלא אם כן פירשו חכמים אחרת). לעומת זאת, כשאי-החוקיות אינה בגוף המעשה (דוגמת מכר שנעשה בשבת, שפעולת המכר עצמה נעשית כדת וכדין, אלא שבשל הנסיבות, זמן עשייתה, ביום השבת, שנאסר בו מיקח וממכר, היא הופכת להיות "מעשה הבא בעברה"), הכלל הגדול הוא: "מיקח שנעשה באיסור – המיקח קיים". לפיכך, עסקה הנגועה באיסור ריבית או באונאה או ברמייה או בהפקעת שערים תוקפה המשפטי אינו נפגם, והיא מחייבת את שני הצדדים. הוא הדין במיקח וממכר שנעשה בשבת, שהוא תקף למרות איסורו. וכך כתב הרמב"ם: "המוכר או הנותן בשבת, ואין צריך לומר ביום טוב, אף על פי שמכין אותו – מעשיו קיימין. וכן כל מי שקנו מידיו בשבת – הקניין קיים, וכותבין לאחר השבת ונותנין".
אכן, כללי המשפט אינם עשויים בהכרח להיות גם צודקים בכל מקרה ומקרה, שכן זה טיבו וטבעו של כל כלל משפטי. אם הדבר מגיע לבירור בפני בית הדין, יש בידיו של זה לפסוק לא רק על פי כללי המשפט, כי אם גם על פי עקרונות הצדק והיושר. למעשה, אין זה רק בגדר סמכותו של בית הדין לפסוק בכל מקרה לפי נסיבותיו המיוחדות, אלא זוהי גם חובתו, משום שרק כך הוא ממלא את ייעודו, לפסוק "דין אמת לאמתו".