כיום לאחר שבית המקדש נחרב מהווה התפילה את המרכיב המרכזי של יום כיפור. והיא נמשכת למעשה במשך רובו. תחילתן של תפילות יום הכיפורים עוד לפני תחילתו הרשמית של הצום, בצהרי ערב יום הכיפורים (ט' תשרי) לאחר ביצוע ה"כפרות". בתפילה זו נאמר בפעם הראשונה סדר הוידוי שחוזר ונשנה עוד עשר פעמים במהלך התפילות. לפני התפילה ולאחריה נוהגים גם לתת את כספי הכפרות לצדקה.
לאחר התפילה יושבים לאכול את הסעודה המפסקת שגם היא עניין חשוב שכן התורה מעלה על מי שאכל ב-ט' בתשרי וצם ב-י' בתשרי כאילו צם בשני הימים. ממש לפני תחילת הצום, לפני ההליכה לבית הכנסת, נוהגים אבי ואם המשפחה לברך את ילדיהם בברכה מיוחדת שנוסחה מופיע במחזורים.
כאשר מגיע הציבור לבית הכנסת, לפי המנהג לבוש לבן, נאמרת ראשית לכל "תפילה זכה", שהיא למעשה דיאלוג ארוך ואישי מאוד בין האדם ואביו שבשמים. היא מתחילה בוידוי על חטאיו, ממשיכה בבקשת מחילה ומסיימת בבקשות לעתיד. יש הנוהגים לחזור על התפילה הזו גם למחרת היום לפני תפילת מוסף.
תפילת כל נדרי
תפילת כל נדרי היא התפילה הראשונה ביום הנאמרת בציבור. אל הבימה שבמרכז בית הכנסת עולה שליח הציבור ומצידו שני אנשים המחזיקים ספרי תורה. שלוש פעמים חוזר שליח הציבור על ההזמנה לכל יהודי באשר הוא להשתתף בתפילה:
"על דעת המקום ועל דעת הקהל, בישיבה של מעלה ובישיבה של מטה, אנו מתירין להתפלל עם העברינים"
זהו למעשה היסוד הקהילתי שביום הכיפורים שהוא יום כפרה ל"כל העדה". יונדב קפלון (במחזור "ממך אליך" אותו ערך) מבקש לעמוד על המשמעות הנרחבת של המשפט הזה:
"הפתיחה הקצרה והכאילו-פורמלית הזו של תפילות יום-הכיפורים מהווה בעצם תמצית וכותרת למעמד 'כל נדרי' שלפנינו. בנוסח הכמו-משפטי הזה מצויה... אמירה החורגת הרבה מעבר לתכליתו המיידית והמעשית - רצונו של קהל-מתפללים מסוים לארגן לעצמו היתר להתפלל עם עברינים (ובכך לפתור, בשעת הצורך, בעיה של חוסר ב'מניין'). ראשית, יש בו רמז והתייחסות למצבו הרוחני של כלל עם ישראל, מצב שבגללו מוזמנים אנו להיכנס בשערי היום הקדוש תוך הזדהות והשתתפות של כל יחיד עם כל העם.
ומעבר לזאת, 'עבריין קטן שוכב הרי בקרב כל אחד ואחד מאתנו; ואם כן, משמעות פתיחה זו של תפילות יום הכיפורים היא: כילול ושיתוף מגוון חלקי האישיות של המתפלל, בעמידתו כעת בינו-לבינו מול בוראו"
בהמשך מבקש שליח הציבור (בקול) והקהל (בלחש) את התרת הנדרים, האיסורים, השבועות, החרמות וכו' שקיבלנו על עצמנו בשנה האחרונה. במידה מסוימת מדובר כאן בעוד פתיחה פורמאלית, בעוד ניסיון לנקות את השולחן לפני הכניסה אל היום הקדוש. הרב עדין שטיינזלץ מרחיב את התרת הנדרים גם לתחום הבין-אישי:
"אדם מכנה את עצמו בכל מיני כינויים: שהוא אינטלקטואל, שהוא חסיד, שהוא לא-חסיד, או שהוא לא מתרגש בקלות. אדם כובל את עצמו: שלדבר מסוים הוא אינו מסוגל, שיש נושאים שעליהם לא מדברים"
לאחר תפילת כל-נדרי ניגש הציבור לתפילת ערבית ולאחריה נאמרות סליחות כמו אלו שנאמרו החל מחודש אלול.
תפילת יזכור
למחרת בבוקר פותחים בתפילת שחרית. חזרת הש"ץ היא ארוכה במיוחד וכוללת פיוטים רבים. בקריאת התורה קוראים את פרשיית יום הכיפורים במקדש בספר ויקרא (פרק טז). להפטרה קוראים את אחת מנבואותיו החשובות של ישעיהו (פרק נז).
לאחר קריאת התורה נוהגות קהילות רבות בישראל לקיים מעמד של הזכרת נשמות ("יזכור") במהלכו מזכיר כל אדם ואדם את קרוביו הישירים שהלכו לעולמם, ואלו שהוריהם בין החיים נוהגים לצאת מאולם התפילה. לאחר שכל אדם מזכיר את קרוביו שלו מזכיר שליח הציבור גם את מתיו הכלליים של העם- המתים על קידוש ה', חללי צה"ל וחללי השואה.
לפני תפילת מוסף של יום הכיפורים פונה שליח הציבור (כמו שליח הציבור בראש השנה) כלפי שמיא ומבקש רחמים כלפיו וכלפי שולחיו. חזרת הש"ץ גם הפעם עמוסה בפיוטים ובקטעי תפילה שנוצרו במהלך השנים. אחת התפילות האלו היא תפילת ונתנה תוקף עליה עמדנו בהקשר של תפילות ראש השנה.
סדר עבודת כהן גדול
לאחר קדושה מתחילים לומר את פיוטי עבודת הכהן הגדול בבית המקדש. בזמן שבית המקדש היה קיים צורתו של יום הכיפורים הייתה שונה בתכלית. אם היום יום הכיפורים הוא בעיקרו עניין של עבודה פנימית-אישית, בימי המקדש היה בולט יותר היסוד הציבורי שבא לידי ביטוי בפעולותיו של הכהן הגדול. ידועה במיוחד חשיבות כניסתו של הכהן הגדול אל קודש הקודשים (בפעם היחידה בשנה), וכן הבחירה בשני השעירים והשילוח של אחד מהם לעזאזאל. כיום לצערנו, כל אלו הם עניין של זיכרונות בלבד ואנו מבקשים להעלות אותם בתוך תפילתנו תוך הכרה במצב הלא-שלם של העם כל עוד משיח לא בא והמקדש לא נבנה. אולי כדאי להתעכב על תפילתו של הכהן הגדול באותו היום:
"וכך היתה תפילתו של כהן גדול: יהי רצון מלפניך ה' א-לוהינו וא-לוהי אבותינו שתהא שנה זו הבאה עלינו ועל כל עמך בית ישראל בכל מקום שהם, אם שחונה גשומה. ואל יכנס לפניך תפילת עוברי דרכים לעניין הגשם בשעה שהעולם צריך לו. ושלא יצטרכו עמך בית ישראל בפרנסה זה לזה ולא לעם אחר. שנה שלא תפיל אישה פרי ביטנה, ושיתנו עצי השדה את תנובתם, ולא יעדי עביד שולטן מדבית יהודה"
מפטיר יונה
בתפילת מנחה שנאמרת ברוב בתי כנסת לאחר הפסקה קצרה מתפילת מוסף קוראים שוב בתורה, הפעם את איסורי עריות (ויקרא יח). בולטת עוד יותר היא הקריאה בספר יונה ("מפטיר יונה"), ספר שמדגיש את רחמנותו של הא-ל ואת העובדה שהדלת תמיד פתוחה לתשובה.
תפילת נעילה
יום הכיפורים מסתיים בתפילת נעילה שהיא המיוחדת, הקשה והמרגשת בתפילות היום. כאשר הייחוד המרכזי הוא בכך שמדובר בתפילה עודפת- בעוד שבכל החגים אנחנו מתפללים ארבע תפילות (ערבית, שחרית, מוסף, מנחה, נעילה) ביום כיפור מתפללים חמש (ערבית, שחרית, מוסף, מנחה, נעילה).
התפילות של יום הכיפורים אינן פשוטות, במיוחד עבור מי שלא נוהג לפקוד את בית הכנסת על-בסיס קבוע. הן נמשכות שעות רבות והריכוז הפיזי והמנטלי במהלך הצום הוא לא תמיד קל. חשוב להדגיש שלא מדובר במצב של "זה הכל או כלום". בבית-הכנסת תתקבלו באהבה גם אם תגיעו רק לנעילה וגם אם תצאו באמצע תפילת מוסף. עוד מומלץ להגיע עם מחזור פשוט ומתאים (רינת ישראל, קורן ו-ממך אליך הם בהחלט כאלו) ולעבור על התפילה מראש.
אפשר גם לצרף אל המחזור ספר מתאים שהולם את בית הכנסת ומתאים ליום ולעיין בו ברגעים קשים. ב"ממך אליך" (המומלץ) כלולים קטעי העיון בתוך המחזור עצמו, לפני שנים עשה ש"י עגנון עבודת איסוף מקסימה במיוחד למטרה זו וניתן למצוא אותה בכל החנויות תחת השם "ימים נוראים", זהו זמן טוב לעיין גם בהלכות תשובה לרמב"ם, ששפתו העברית פשוטה וקולחת, הרמן ווק כתב גם הוא חיבור קטן ומתאים העוסק בעיקרי היהדות תחת השם "זה א-לי".