במכללה האקדמית בצפת פועל בית מדרש המיועד לסטודנטים וסטודנטיות הלומדים בחוגים השונים לתואר ראשון במכללה. הלימודים האקדמיים תואמים את הגדרת חז"ל: "חכמה בגויים תאמין". בדורות האחרונים ירדה חוכמה לעולם בהיקף עצום. הגאון מווילנה חזה מהפכה זו, הוא כתב שבשנת שש מאות לאלף השישי ייפתחו מעיינות חכמה לעולם. הגאון התכוון לשנת ת"ר (1840) וכך באמת קרה, העולם השתנה מקצה לקצה. בדורות הקדומים אדם אחד יכול היה להקיף תחומי חוכמה רבים, ואילו בדורות האחרונים אדם אחד אינו משתלט על כמות החומר של תחום אחד. מעבר לקניית החוכמה שבלימודים האקדמיים, רבים לומדים כדי שיהיה בידם יכולת להתפרנס. בעולם המודרני לבעלי השכלה אקדמית יותר קל למצוא את פרנסתם בצורה מכובדת.
חז"ל מוסיפים: "תורה בגויים - אל תאמין", באומות העולם יש חכמה ושומה עלינו ללמדה, אבל התורה ניתנה לישראל בלבד. החכמה היא גוף ללא נשמה, והתורה היא הנשמה שאמורה להיות בתוך הגוף. לימודים אקדמיים ללא קביעת עיתים לתורה עלולים להשאיר את הלומד בעולם החול ללא שאר רוח, ללא טיפוח עולם של ערכים ואידיאלים.
צפת היא עיר של רוח, עיר שבה פעלו גדולי הלכה וקבלה, רבי יוסף קארו והאר"י הקדוש. המכללה האקדמית בצפת מכשירה את תלמידיה לרכישת חכמה ומקצוע, בית המדרש שהוקם במכללה משלים את התמונה, הוא נופך נשמה בלימודים אלו.
מעבר ללימוד התורני בין כותלי בית המדרש מתגבשת קהילה, שפעילה בתחומים רבים. במסגרת בית המדרש מתקיימים שיעורי תורה בחברותא לצד פעילויות של מעורבות חברתית ותרומה לקהילה בצפת והגליל. הסטודנטים משתתפים בפעילות בערבי חברה ותרבות מיוחדים, טיולים, ערבי עיון ושבתות. פעילות זו מחברת את המכללה האקדמית והסטודנטים לאווירה המיוחדת והנוף הקסום של העיר צפת.בראש בית המדרש במכללה האקדמית צפת עומד הרב בניהו ברונר, המכהן גם כאב בית הדין לגיור בחיפה ורב הגרעין התורני-ציוני בצפת. "בבית המדרש אנו עוסקים בלימודי תנ"ך ומחשבת ישראל לצד לימודי תלמוד והלכה. בנוסף אנו עוסקים בסוגיות ערכיות המעסיקות את החברה הישראלית לאור מקורות היהדות. בבית המדרש לומדים סטודנטים מכל שכבות החברה: חרדים, דתיים, מסורתיים וחילוניים, המשותף לכולם הוא הרצון להיחשף למקורות היהדות, ולהעשיר את עולמם הרוחני במקביל ובנוסף ללימודים האקדמיים".