לקראת הימים הנוראים של שנת תרכ"ד (1863/4) תרמו בני-הזוג שמואל ליב וגיטל פרנקל לבית הכנסת שבעיר פרשבורג (כיום ברטיסלבה) פרוכת לארון קודש ומעיל לספר תורה. בשני הפריטים המהודרים, עשויים שניהם מאריג משי דמשקאי, מופיעה הקדשה שציינה את שמות התורמים, ושניהם מעוטרים בתבנית זהה כמעט, בקטיפת משי ורקמת חוטי כסף מוזהבים.
לסיפור המפתיע הזה היה המשך מפתיע עוד יותר; כחודש לאחר שהוצבו המעיל והפרוכת זה בצד זה בגלריית המוזיאון התקיים במוזיאון ישראל כנס בינלאומי של אוצרים ממוזיאונים יהודיים באירופה. "האוצרת מהמוזיאון היהודי בברטיסלבה נעמדה מול הוויטרינה בתצוגת הקבע בהבעה של הלם מוחלט", מספרת צרפתי. "הסתבר שבאותם ימים היא שקדה על תערוכה של אריגים מבתי כנסת בברטיסלבה, ובין המוצגים החשובים היה סט תואם של מפה לבימת בית הכנסת וכפורת המיועדת להיתלות מעל לפרוכת ארון הקודש. שני הפריטים היו מעוצבים באופן זהה למעיל ולפרוכת המוצגים במוזיאון. על המפה אף הייתה רקומה כתובת הקדשה, ולפיה היא נתרמה בשנת 1863 על ידי בנם של הזוג פרנקל".
מחקר משותף לשני המוזיאונים הוביל למסקנה כי ארבעת האריגים המהודרים נתרמו על ידי בני משפחת פרנקל לרגל חנוכתו של בית כנסת ברחוב זמוצ'קה שבברטיסלבה. במסגרת המחקר התגלה גם צילום ישן המנציח את ביקורו של הקיסר פרנץ יוזף ה-1 בבית הכנסת, וברקע נראית הפרוכת המרשימה שתרמה משפחת פרנקל.
בין המוצגים הבולטים - כלים שהיו בשימושם של קהילות מסויימות ומהם ניתן ללמוד על מנהגי הקהילות. כך, למשל, מוצגים שתי כורסאות כבוד, שעליהם התכבדו לשבת בשמחת תורה, חתן תורה וחתן בראשית. הכסאות המיוחדים היו בשימושם של מתפללי בית הכנסת של משפחת קזיס בעיר מנטואה באיטליה. הנה כך אנו למדים על מנהגם הייחודי של בני הקהילה להושיב את חתני התורה על כסא כבוד.
המבקרים במוזיאון בימי חול המועד, יוכלו לראות את הסוכה המצויירת של משפחת דלר מהעיירה פישאך בגרמניה, שהוברחה ארצה בשנת תרצ"ז (1937) בעקבות עליית הנאצים לשלטון. בדופן המרכזית מצוירת ירושלים ובטבורה הכותל המערבי. על דופנות הצד מצוירים נופי העיירה פישאך. עוד באגף היודאיקה ספרי תורה עתיקים, עיטורים ו"מעילים" לספרי תורה מקהילות שונות בפזורה היהודית.
בימי חול המועד שפע של פעילויות לילדים - סדנאות לבניית עפעפונים, העפיפוניאדה - הפרחת עפיפיוני ענק ביום שלישי, א דחוהמ"ס, בשעות 10:00-18:00, סדנאות יצירה ופעילויות מגוונות לילדים. הכניסה לילדים ונוער עד גיל 17 חינם. בחול המועד, בימים שלישי, רביעי, וחמישי, המוזיאון פתוח משעה 10 בבוקר עד 5 אחה"צ וביום שלישי עד 10 בלילה. במתחם המוזיאון - סוכות כשרות המיועדות לישיבת המבקרים.