הרב חיים נבון עורר סערה אצל מחנכים וראשי ישיבות תיכוניות לאחר שצוטט באתר כיפה, בו טען: "בני הישיבות התיכוניות לומדים לימודי קודש במשך עשרות שעות בשבוע ובכל זאת, כשמסתכלים על הבוגרים, בדרך כלל הידע התורני שלהם דל למדי (אצל בוגרות האולפנות המצב עוד הרבה יותר גרוע). אלפי שעות לימוד בשנה - ומה היבול? נכון, הבוגרים הם בדרך כלל אנשים טובים ואידאליסטים. אבל זה לא מספיק".
דברי הרב נבון נכתבו בעקבות הספד שנשא השר נפתלי בנט שטען כי תרומתו הגדולה של הרב צוקרמן היא בהכנסת לימודי החול אל הישיבות. הרב נבון ציין בדבריו שאמנם קיים מסלול של ישיבות קטנות ציוניות, אבל לדבריו "במקרה זה התרופה גרועה יותר מהמחלה: קשה מאוד להיות אזרח תורם, מעורב ומועיל, כשאינך יודע מתמטיקה, היסטוריה ואנגלית".
בתגובה אומר הרב אהרון אגל טל, יו"ר איגוד הישיבות הקטנות הלאומיות, כי הישיבות הקטנות מוכיחות במשך כעשרים וחמש שנה את היות תלמידיהם מעורבים בכל התחומים החשובים בעולם התורה והעשייה, ורבים מהם אף משלימים את לימודי הבגרות בזמן קצר.
אגל טל קובע כי קיים בלבול גדול בהכרת דעתם של מייסדי הישיבות התיכוניות: "יש בידינו מכתב שכתב אלינו הרב צוקרמן זצ"ל ובו הוא כותב: "כשהכנסנו את הלימודים הכלליים בישיבה ידענו יפה, כי ישיבה ללא תיכון באפשרותה להגיע להישגים גדולים יותר הן באהבת תורה והן ביראת שמים ואולי גם באהבת ישראל, אבל כתנועה ציבורית ראינו לפנינו את צרכי הרבים... על כן מלאנו- לבנו לצרף את הלימודים התיכוניים לתכנית הישיבה"
"זכינו", אומר הרב טל, "ו'צרכי הרבים' מולאו עד תומם. כעת הגיע נותר לחזור למגמה המקורית הן של הרב נריה והן של הרב צוקרמן. אני מציע לכל אחד לבוא ולהתבונן מקרוב על התופעה הזו, ואני יכול להבטיח שמי שיפגוש את תלמידי הישיבות הקטנות לאחר ארבע שנות לימודים, לא יוכל לטעון את טענותיו הנוקבות של הרב נבון...".
גם איגוד הישיבות הקטנות סבור שלרוב בני הנוער נחוצה מערכת חינוכית הנותנת מענה לכל גווני החברה, אך יחד עם זאת קיים צורך עמוק להעמיד מתוכנו תלמידי חכמים בעלי שיעור קומה משמעותי יותר וכמו בכל תחום- עלינו לתת לכך זמן ותשומת לב מיוחדים".