(ז) וַיִּיצֶר ה' אֱלֹהִים אֶת הָאָדָם עָפָר מִן הָאֲדָמָה וַיִּפַּח בְּאַפָּיו נִשְׁמַת חַיִּים וַיְהִי הָאָדָם לְנֶפֶשׁ חַיָּה: (פרק ב)
בביאורו לביטוי "נפש חיה" כתב רש"י: "אף בהמה וחיה נקראו נפש חיה, אך זו של אדם חיה שבכולן, שנתוסף בו דעה ודבור". אמנם גם האדם וגם הבהמות והחיות נקראים "נפש חיה" (ראו למשל: א, כד; ל) אך יש הבדל גדול ביניהם כי נפשו של האדם היא "חיה שבכולן", לנפשו של האדם יש תוספת שאין לבהמות ולחיות – דעה ודיבור.
הכלי יקר דוחה פירוש זה של רש"י: "ופירושו דחוק כי לא פירש במקרא חיה מכולם". במקרא מוצגים הן האדם הן הבהמה והחיה כ"נפש חיה", והפרשנות המבחינה בין "נפש חיה" זו ל"נפש חיה" זו אין לה על מה שתסמוך מבחינת פשט הכתובים, לדעת הכלי יקר.
בהמשך מציג הכלי יקר את פירושו של רבי יצחק עראמה "עקידת יצחק" (המאה הט"ו):
"ובעקידה פירש ש"נשמת חיים" זו הרוח החיוני הנמצא באדם בעצם וראשונה, ומצידו יהיה האדם ל"נפש חיה" כשיתוסף בו השלימות השני והשלישי, על דרך נפש רוח ונשמה".
"נשמת חיים" שנפח הקב"ה באדם היא נשימה השווה לאדם ולבעלי החיים, ו"נפש חיה" היא מצבו השלם של האדם. למצב זה מגיע האדם "כשיתוסף בו השלימות השני והשלישי". כיצד מתוספת באדם שלמות? בדברי בעל העקידה עצמו הדברים מבוארים יותר (עקידת יצחק, שער ו): "מה שעשה האל יתעלה בו הוא אפשרות תואר החיות ההוא המיוחד לו לבד, אמנם האדם הוא מה שישימהו בפועל עד שיתלבש בו ויתואר ממנו". "ויהי האדם לנפש חיה" היא פעולה שהאדם עושה, ועל ידי זה מוציא מן הכח אל הפועל את האפשרות שהעניק לו הקב"ה.
הכלי יקר דוחה גם פירוש זה: "גם פירוש זה אין נאות לקבלו שיאמר 'נפש חיה' על השלימות האחרון, אחר שלשון זה נאמר גם בבהמות וחיתו ארץ". לא יתכן – טוען הכלי יקר – שדווקא הכינוי המשותף לאדם ובעלי חיים – "נפש חיה" – הוא שיבטא את מצבו השלם של האדם.
לאחר שדחה הכלי יקר את פירושיהם של רש"י ובעל העקידה הוא מציג את פירושו לביטוי "וַיִּפַּח בְּאַפָּיו נִשְׁמַת חַיִּים וַיְהִי הָאָדָם לְנֶפֶשׁ חַיָּה" (ויש לשים לב ללשונו המליצית המשובצת בפסוקים):
"לפיכך לבבי לא כן ידמה כי אם לפרש היפך דבריהם ממש, כי "נשמת חיים" היא הנפש המשכלת הנצחי; צא ולמד מי הנופח ותמצא שזה מדבר בחלק אלוה ממעל. ויאמר: אף על פי שנפח ה' באדם נשמת חיים המשכלת, מכל מקום ויהי האדם בתחילת הויתו לסתם "נפש חיה" כשאר בעלי חיים, כי אדם עַיִר פֶּרֶא יִוָּלֵד (על פי איוב יא, יב), ועיקר שלימותו תלוי בחריצות השתדלותו וטוב בחירתו כשיפקח עיני שׂכלו בבואו בימים. אבל בתחילת הויתו אף על פי שכבר נופח בו נשמת רוח חיים מכל מקום אין הנשמה בו בפועל כי אם בכח לבד ואם לא ישנס מתני זריזותו לצאת בראש החלוץ ללחום מלחמת ה' הרי הוא בבהמיותו ונמשל כבהמה. אבל שור או כשב או עז כי יוָּלד, באותו יום נברא עם כל שלימותו ואין בו תוספת שלימות".
הכלי יקר מפרש ההיפך מרש"י ובעל העקידה. לדעתו, "וַיִּפַּח בְּאַפָּיו נִשְׁמַת חַיִּים" הוא המצב המבטא את שלמותו של האדם, ו"וַיְהִי הָאָדָם לְנֶפֶשׁ חַיָּה" מבטא את מצבו הראשוני שהוא "סתם 'נפש חיה' כשאר בעלי חיים". ביחס ל"נפש חיה" ראינו לעיל את טענתו של הכלי יקר שביטוי זה צריך להיות זהה הן כשהוא נאמר על בעלי החיים הן כשהוא נאמר על האדם. ביחס ל"נשמת חיים" הכלי יקר מחזק את דעתו בכך שכיוון שהקב"ה הוא שנפח באפיו של האדם נשמת חיים בוודאי זהו "חלק אלוה ממעל" המיוחד אך ורק לאדם.
כוונת הפסוק, לדעת הכלי יקר, היא ש"אף על פי שנפח ה' באדם נשמת חיים המשכלת, מכל מקום ויהי האדם בתחילת הויתו לסתם 'נפש חיה' כשאר בעלי חיים". למרות מעלתו של האדם כיצור היחיד שהקב"ה בעצמו נפח באפיו נשמת חיים, כלומר נפש משכלת ונצחית, אין זה אלא יעד שהאדם יכול להגיע אליו, זהו מצב שהוא בכוח בלבד. אבל מצבו הראשוני הוא "נפש חיה" כשאר בהמות וחיות. התקדמותו של האדם ממצב של "נפש חיה" למצב של "נשמת חיים" תלויה "בחריצות השתדלותו וטוב בחירתו כשיפקח עיני שׂכלו בבואו בימים". ואם האדם לא יעשה כן, "אם לא ישנס מתני זריזותו לצאת בראש החלוץ ללחום מלחמת ה'", הוא ישאר עד סוף ימיו "נפש חיה".
נמצא שגם האדם וגם בעלי החיים נולדים במצב של "נפש חיה", אך ההבדל הוא שאצל בעלי החיים "נפש חיה" הוא מצב של שלימות; ואילו אצל האדם "נפש חיה" הוא מצב התחלתי ושאיפתו צריכה להיות להוציא מן הכוח אל הפועל את "נשמת החיים" שנפח הקב"ה באפיו בעת יצירתו.
בסוף דבריו מבאר הכלי יקר את חשיבותה של ידיעה זו שגילה לנו הכתוב:
"וגילה לנו הכתוב דבר זה, שלא יטעה האדם בעצמו לאמר שבלא יגיעה ועמל יבוא לידי שלימותו אשר כבר נוצר עמו, ויסמוך על יתרון זה שנמצא ביצירתו, כי אין הדבר כן, אלא הכל תלוי בפועל כפיו, כי יש בידיו תמיד להחליף ולהמיר הטבע בשכל והשכל בטבע. ומטעם זה לא נאמר ביצירת האדם 'וירא אלהים כי טוב' לפי שביצירתו עדיין לא ניכר מה טובו ומה יופיו".
הידיעה שהקב"ה נפח באפיו נשמת חיים עלולה להיות לאדם לרועץ. עלול האדם לחשוב שמעלתו מובטחת לו מרגע יצירתו. אך התורה מבהירה שאכן יש יתרון לאדם ביצירתו אך היתרון הוא אך בכוח, אך בפועל בתחילת הוויתו הוא "נפש חיה" כשאר בעלי חיים, והוא צריך "יגיעה ועמל" כדי להגיע לשלמותו. הבחירה בכל מקרה היא בידיו של האדם, והוא שיחליט האם להישאר במצב של "נפש חיה" או להתעלות ולהוציא אל הפועל את "נשמת חיים" שנפח הקב"ה באפיו. "ומטעם זה לא נאמר ביצירת האדם 'וירא אלהים כי טוב' לפי שביצירתו עדיין לא ניכר מה טובו ומה יופיו". בעת יצירתו של האדם הוא אינו "טוב", אבל הוא יכול על ידי "יגיעה ועמל" להיות טוב.