הרב יצחק יוסף, תקף לפני חודשיים, בחריפות את העולים מחבר העמים, וטוען כי חלקם גויים גמורים, שהובאו לארץ כדי להוות משקל לחרדים ומפיצים הסתה. עוד הזהיר הרב הראשי כי צריך להיזהר מלסמוך על בתי הדין הממלכתיים לגיור, והמליץ לרבנים היוצאים לשליחות כלל לא לעסוק בנושא. "יש כאן הרבה-הרבה גויים, חלק מהם קומוניסטים, עוינים את הדת, שונאי דת. הם לא יהודים בכלל, גויים".
יו"ר ישראל ביתנו, ח"כ אביגדור ליברמן, הגיב: "הרב הראשי לישראל מסית נגד ציבור יוצאי חבר העמים, שעובדים, משרתים בצבא, עושים מילואים, משלמים מיסים ותורמים למדינה. דברי הרב הראשי הן גזענות ואנטישמיות לשמה ואי אפשר לעבור על כך לסדר היום. אנו דורשים את השעייתו מתפקידו לאלתר". ואכן הוגשה תלונה כנגד הרב יוסף.
נציב קבילות הציבור על שופטים, אורי שהם, מצא מוצדקת את התלונה שהגישה מפלגת ישראל ביתנו לנציב נגד ההתבטאויות של הרב יצחק יוסף, בנוגע לעולים מחבר העמים. הנציב מתח ביקורת קשה על הרב הראשי וקבע כך, "לאור האמור, התלונה נמצאה מוצדקת ואנו ממליצים בפני השר לענייני דתות להעמיד את הדיין לדין משמעתי בגין התבטאויותיו החוזרות ונשנות בנושאים בעלי נופך וגוון פוליטי, אשר נמצאים בליבה של מחלוקת ציבורית".