בית המשפט העליון קיבל את ערעורם של עולי תימן על החלטת בית המשפט המחוזי, למחוק על הסף את התביעה שהגישו נגד מדינת ישראל והסוכנות היהודית. שופטי בית המשפט העליון קבעו כי יש היבט משותף המאחד בין סיפוריהם האישיים של כל המשפחות שילדיהם נעלמו במסגרת פרשת ילדי תימן, דבר שמצדיק "דיון מאוחד תחת קורת גג אחת בפרשה היסטורית סבוכה וכואבת זו".
השפוט יוסף אלרון כתב בנימוקו כי על-מנת להכריע בתביעה יידרש בית המשפט לדון במספר סוגיות עובדתיות ומשפטיות המשותפות לכל המקרים, ובהן: נהלי העברת ילדי המערערים לבתי תינוקות ולבתי חולים על-ידי המדינה והסוכנות היהודית; מעורבות פקידי המדינה והסוכנות היהודית ביצירת התנאים שהביאו להיעלמות הילדים וליצירת הנתק בינם לבין הוריהם; קבילותם של דוחות ועדות החקירה כראיות בהליך המשפטי; קבילותם של מסמכים היסטוריים שונים כראיות, בהם פניות ותלונות כתובות ששלחו ההורים לרשויות בנוגע להיעלמות ילדיהם; וכן הסוגיה המרכזית של טענת ההתיישנות. לדבריו, היעילות הדיונית תומכת אפוא בקיום דיון מאוחד בעניינם של המערערים כולם.
בכך דחה בית המשפט את החלטת בית המשפט המחוזי בתל-אביב מפברואר השנה, שקיבל את עמדת המדינה וקבע כי לא קיימת מערכת עובדתית זהה לגבי כל המקרים של היעלמויות הילדים המתוארים בכתב התביעה, אלא מדובר במקרים שונים ונפרדים. אי לכך קבע המחוזי, כי תביעת המשפחות אינה עומדת במבחני תקנות הסדר הדין האזרחי, ודינה להימחק, ושעל כל משפחה להגיש תביעה בנפרד.
כזכור, על פי כתב התביעה שהגישו עולי תימן, פורטו נסיבות היעלמותם של 11 תינוקות וילדים, בני משפחותיהם, בהתאם לממצאי החקירה ולמסקנות ועדת קדמי. אותם תינוקות וילדים נלקחו על-פי הנטען מחזקת הוריהם והושמו למשמורת בידי מדינת ישראל והסוכנות היהודית בבית החולים הממשלתי בחדרה, בבית היולדות הממשלתי ברנדייס, בבית החולים רמב"ם, בבית החולים בנהריה, בבית התינוקות במחנה עין-שמר, במרפאה במחנה בית ליד וכן במרפאה ובבית התינוקות שבמחנה העולים ראש-העין, בין השנים 1949-1950. זמן קצר לאחר מכן נמסר להורי הילדים, לחרדתם הרבה, כי ילדיהם נפטרו.