כחלק מהמאבק בסרבנות בצבא, המליץ הרמטכ"ל לשר הביטחון לבטל את ההסדר עם ישיבת הר ברכה בראשותו של הרב אליעזר מלמד, בנוסף, נבדקת האפשרות לפעול באופן דומה גם מול ישיבת אלון מורה בראשותו של הרב אליקים לבנון.
ההצעה הגיעה בעקבות מחאתם של חיילי "כפיר" והנפת השלטים בדבר סירוב פקודה ובעקבות העובדה שכבר מספר שנים קוראים הרב לבנון והרב מלמד לסרבנות כאשר הפקודות מתנגשות עם חוקי ההלכה. בנוסף, חילק הרב מלמד ספר לתלמידיו בוגרי הישיבה שהתגייסו הקובע כי אסור לחיילים להשתתף בפינוי יישובים. המתיחות אף גברה כאשר הרב מלמד מתח ביקורת חריפה על צמרת הצבא וטען שהיא "נגועה בסיאוב".
ההתנתקות מישיבות ההסדר משמעותה- הליך משפטי שתכליתו לסיים את הקצאת כספי המדינה לישיבה.
בעקבות כך צפוי ברק להיפגש עם נציגי ישיבות ההסדר לדון בדברים.
בתגובה להצעה, אמר הרב לבנון ל"ישראל היום": "אם מישהו חושב שצריך לסגור את ישיבות ההסדר אני לא אעמוד בדרכו ובטח שלא ארד על ארבע. חבל שצה"ל יורה לעצמו ברגל הרי רק הוא יפסיד ממהלך שכזה. לכן אני מציע לשקול החלטה זו שוב, אך אם זו ההחלטה של הרמטכ"ל נעמוד בזה."
לדבריו מדובר בכלל בספין תקשורתי שמטרתו "להסיט את סדר היום מנושא הקפאת הבנייה להסיח קצת את דעת הקהל לנושא אחר. הרי סרבנות לא הייתה - סך הכול הונפו שלטים."
גורמים באיגוד ישיבות ההסדר אמרו לכיפה כי "מחר יביעו ראשי הישיבות בפני שר הביטחון התנגדות חריפה לכל סגירה של ישיבת הסדר. לא היה תקדים לזה מאז קום המדינה והרבנים יאבקו על הזכות של חופש אקדמי וחופש הביטוי של ראשי הישיבות. דווקא הצעדים הכוחניים נגד ישיבת הר ברכה יביאו ליותר נזק מאשר תועלת למאבק של הנהלת ישיבות ההסדר בתופעת הסרבנות בצבא".
בנוסף כתב הרב חיים דרוקמן, חבר הנהלת איגוד ישיבות ההסדר, וראש ישיבת ההסדר אור עציון לפני כמה ימים מכתב לכל ראשי ישיבות ההסדר, ובו הוא קורא להם להתנגד בצורה נחרצת להפגנות בתוך הצבא. לדבריו "הפגנות בצבא עלולות לערער את המשמעת ולפגוע בעוצמתו של צהל ובחוסנו". הרב דרוקמן הדגיש כי התלמידים חייבים לדעת כי אף שהמאבק על ארץ ישראל צודק יש קווים אדומים ואין מקום להפגנות בצבא. הוא הוסיף כי עמדתו זו היא גם עמדתה של הנהלת איגוד ישיבות ההסדר.
באיגוד ישיבות ההסדר טוענים כי הם מסתייגים מהנפת שלטים ומסרבנות, אך עם זה יפעלו נגד כל סגירת ישיבות הסדר ופגיעה בחופש הביטוי.