"מדובר במשבר יזום ומיותר מצידו השר כץ שנועד לערער את היחסים בין ראש הממשלה לציבור החרדי או לחליפין לפגוע בתדמיתו של ראש הממשלה בציבור הכללי". כך סיכמו בלשכת ראש הממשלה, בנימין נתניהו, את משבר עבודות השבת ברכבת שגלש מהר מאוד לכדי משבר בליכוד בין נתניהו לשר התחבורה, ישראל כץ.
גם השבת תוכננו עבודות שדרוג הרכבת ע"י משרד התחבורה. סמוך לכניסת השבת, החליט נתניהו כי העבודות יושהו עם כניסת השבת ויתחדשו במוצאי שבת עד להיום בערב. "מלכתחילה לא היה כל צורך ליזום עבודות בשבת. ניתן היה לבצע את העבודות במועדים אחרים שלא היו פוגעים לא בציבור החרדי לא בנוסעים ולא בחיילים". כך נמסר מלשכת נתניהו כשהם מסבירים את המניעים שבאמת הניעו את שר התחבורה, "ישראל כץ מחזיק את ציבור הנוסעים והחיילים כבני ערובה במשבר המיותר והמלאכותי שיזם, לאחר שנכשל ניסיונו להשתלט על מוסדות הליכוד".
בסביבת נתניהו אף אמרו כי בעקבות הפוטש שלטענתם ניסה לעשות כץ בנתניהו, מעמידים על הפרק אפשרות של פיטורי שר התחבורה. המשבר בין נתניהו לכץ העמיד במבוכה את המפלגות החרדיות. "מבחינתנו הנושא כבר היה פתור", טען בכיר באחת המפלגות החרדיות. "הוא נפתח מחדש לאחר שנתניהו תקף את כץ. אנחנו סוג של בני ערובה עכשיו, מכיוון שאם ניכנס לתוך הסאגה התקשורתית הזו זה רק יפגע עוד יותר בנתניהו. הרי ישר יגידו - הנה אתם רואים, הם תומכים ומחזקים את נתניהו לאחר שהוא נכנע להם", הוסיף אותו בכיר והודה כי מאז צאת השבת שתי המפלגות החרדיות נמצאות במבוכה גדולה. "יש פה גם סוג של מבוכה, אף אחד לא ציפה למתקפה הזו, שהגיעה על רקע פוליטי לחלוטין ולא בגלל שום דבר שקשור לשבת".