אברהם ליפשיץ, יו"ר המנהל לחינוך דתי, משיב היום (ה') לביקורת שמתח עליו הרב אליהו רחמים זייני, ראש ישיבת "אור וישועה" בחיפה, לאחר שזה האחרון קרא "להוציא תלמידים מבתי ספר שילמדו את תוכנית התנ"ך החדשה". במכתב ששיגר ליפשיץ לרב זייני, שתוכנו הגיע לידי כיפה, טוען יו"ר החמ"ד כי הביקורת נגד תוכנית הלימודים החדשה - לא מבוססת על עובדות ומנותקת לחלוטין מהמציאות.
"השינוי בתכנית החדשה נבע בין השאר מן הרצון להתייחס לאוכלוסיה רחבה של תלמידים הכוללת גם כאלו שאינם באים מבתים תורניים ואנו מעוניינים ליצור עבורם בסיס הראוי לכל בוגר בחמ"ד", הסביר ליפשיץ במכתבו, "לפיכך הוגדר היקף השעות המינימלי ההכרחי בהוראת פרקי התורה וכן חלוקת הזמן בין הפרקים השונים, על מנת שלתלמיד תהיה הבנה ברורה על כל חומש וטעימה ממשית מכל חלקיו... בשינויים אלה ראינו בתכנית החדשה את ההזדמנות ואת המחויבות ליצור אהבת תורה וחיבור לתנ"ך".
יו"ר החמ"ד הדגיש את התמיכה הרחבה לה זוכה התוכנית חדשה בתנ"ך, תוך שהוא מציין כי "בכנס שקיימנו למורים לתנ"ך, השתתפו למעלה משמונה מאות מורים, שמחאו כפים בהתרגשות והודו וברכו מאוד על המגמה החדשה שמרכז עניינה: אהבת תורה, אהבת לימוד התורה, ואהבת השם. ברוך ה' גם כיום המורים והמורות שנמצאים בשטח, מכל מרחבי הציבור הדתי, מודים על התחדשות התוכנית ומתכוננים ברצינות ובשמחה להוראה בשנה הקרובה". עוד הוא מציין כי "קולות אלו מגיעים אלינו ממורים ומורות, מנהלים וראשי ישיבות, ואנו חשים כי אכן בעזרת ה' נוכל לסייע בידם לקדם את הוראת התנ"ך ואת הגברת אהבת התורה וההליכה בדרכיה".
ליפשיץ דוחה בביטול את טענתו של הרב זייני לפיה הוא הכריח את המורים לתנ"ך בחמ"ד להשתתף בימי העיון לתנ"ך של מכללת הרצוג, תוך שהוא מציין כי הוא "מניח שהטעו את הרב באמירה שהכרחנו מורים להגיע להשתלמות זו או אחרת. חלילה, זו אינה דרכנו, ומאות המורים והמורות שהשתלמו עשו זאת בשמחה בבית המדרש שליבם חפץ בו".
מבחינה עקרונית טוען יו"ר החמ"ד כי "המחלוקת החינוכית בעניין הגישה ללימוד תנ"ך אינה חדשה, והיא עמדה על שולחנם של הרבנים והמחנכים גם בזמן שנהגה תוכנית הלימודים הישנה. חידושה של תוכנית הלימודים לא עסק בשאלה זו, כך שכל מורה יכול להמשיך ולנקוט בגישתו החינוכית, כפי שהורו לו רבותיו וכפי המתאים לתלמידיו, גם כיום". לדבריו, "מורי ההוראה, תלמידי החכמים, המחנכים וראשי הישיבות שברכו ושמחו על התכנית החדשה בתנ"ך, אינם חשודים על הרב כמי שרוצים לחנך למה שלא נכון לחנך, חלילה".
"החמ"ד, אינו שייך לבית מדרש כזה או אחר. בחמ"ד לומד כל מי שמבקש להתחנך לתורה ומצוות בתפיסת עולם ציונית דתית", מבהיר ליפשיץ, תוך שהוא מציין כי "גם בהוראת התנ"ך, אי אפשר לכלוא את הרוח, ובתי מדרש שונים נמצאים בשדה הרחב של החמ"ד. התכנית החדשה בתנ"ך - במתווה שאנחנו מתפללים שיאהיב תנ"ך ויקרב את כולנו לאבינו שבשמים, אין בה הכוונה לבית מדרש מסוים".