הרב שמואל אליהו מתייחס לראשונה בפירוט לפרשת הרב מהצפון ועונה על כל השאלות הקשות. בשו"ת שהפיץ סיפר הרב את מהלך העניינים שהוביל לבסוף להתפוצצות הפרשה. "כדי לברר את האמת, ביקש אותו רב ממני ומהרה"ג חיים בזק שנבדוק את הטענות ונברר את העובדות. אח"כ הוא יעשה כל מה שנאמר לו. בדקנו והטענות היו נכונות. אמרנו לו והוא הודה בפנינו, בפני הרב אברהם אנגל והרב גד כהן ו"הודאת בעל דין - כמאה עדים דמי", הוא מספר.
"בתחילה חשבנו שמעשיו הם רק קלקול מוסרי ואין בהם היבטים פלילים, הצענו לו להתרחק מכל מגע עם הציבור ועוד כמה דרישות. הוא קיבל על עצמו את כל התנאים אבל לא עמד בהם. הוא המשיך לשוחח עם תלמידים והצדיק את מעשיו המקולקלים. הרחקנו אותו מהעיר, ההרחקה נתנה אומץ לאשה הראשונה להתלונן אחרי 13 שנה שהיא שמרה את הכאב בליבה. אחריה באו כל האחרות. כשהן התלוננו התברר שיש במעשיו חשש לפלילים".
לדבריו, בעוד שבהחלט יש חילול ה' בפרסום הפרשה, חילול ה' גדול יותר הוא לא לפרסם הנושא. "בוודאי שיש בזה חילול ה'. אבל לכסות על הסיפור זה חילול ה' יותר גדול. רק השבוע קראנו בפרשת בלק שה' אומר למשה: "קַח אֶת כָּל רָאשֵׁי הָעָם וְהוֹקַע אוֹתָם לה' נֶגֶד הַשָּׁמֶשׁ וְיָשֹׁב חֲרוֹן אַף ה' מִיִּשְׂרָאֵל". בוודאי היה חילול ה' גדול כשהתגלה כי נשיא בית אב לשמעוני חוטא בעריות. בכל זאת הניקוי של ישראל מהתועבה הזאת הוא חשוב יותר. וחשוב שיעשה נגד השמש. זה נותן לאנשים אמונה בכח הצדק".
"הגמרא (מועד קטן יז.) מספרת על תלמיד חכם גדול שנפל בעריות. רב יהודה שקל אם ינדו אותו - הציבור יפסיד את חכמתו הגדולה. ואם יכסו עליו - זה חילול ה'. בסופו של דבר החליט רב יהודה לנדות אותו. לפי חז"ל הכיסוי על הקלקול הוא חילול ה'. כאשר לא מוקיעים מעשי זימה של רב גדול זה חילול ה'. מציאות החטא הצועקת לשמים היא חילול ה'. אין לך חילול ה' גדול יותר מחורבן בית המקדש, ואף על פי כן ה' החריבו כדי לתקן את הריקבון שפשט בעם ישראל. שלא יתפשט יותר".
"אם תורה לא משולבת עם מידות טובות היא עלולה להיות "סם מוות". חכמינו אמרו על התורה: זכה - נעשית לו סם חיים. לא זכה - נעשית לו סם מוות. לצערנו ראינו לאורך הדורות תלמידי חכמים שהשתמשו בתורה באופן שלילי, ישו, שבתאי צבי ואחרים. איננו אומרים חלילה שהאיש הזה הוא אחד מהם, אבל לצערנו היו אנשים בעלי כוחות רוחניים שנפלו בגלל מידות רעות של גאוה או תאוה או קנאה וכד'.", הוא כותב.
לדבריו, כעת הרב מהצפון מוגדר על פי ההלכה רשע. "על פי ההלכה הוא נקרא עכשיו "רשע". (שו"ע חו"מ לד ב) אם הוא יחזור בתשובה לא רק בדיבורים אלא במעשים, ידונו בזה בעתיד ויחליטו על מעמדו", אך לדבריו יש מחלוקת האם תמיד היה רשע. "הגמרא דנה על רבי יוחנן כהן גדול שנעשה באחרית ימיו צדוקי. ושואלת האם הוא היה רשע מעיקרו או שהיה צדיק מעיקרו ואחר כך התקלקל. יש בזה מחלוקת. מסתבר שיכול להיות תלמיד חכם וצדיק גדול שנכנס ויצא לקודש הקודשים שנים רבות, ואחר כך מתקלקל. הגמרא מספרת על נביאי אמת שהתקלקלו כמו חנניה בן עזור. יש חכמים שאומרים כי גם אצל יוחנן כהן גדול היה הרע כנוס בתוכו ולא יצא אל הפועל כל ימי היותו כהן גדול".
הרב אליהו מוסיף ומבהיר כי הרב מהצפון אכן יכול היה לראות דברים רוחניים נכונים למרות חטאיו. "גם איש טמא יכול לראות דברים רוחניים גדולים. לו ספר התורה חסר אפילו אות אחת מדברי בלעם, הספר כולו פסול. יש חלק מדברי בלעם שהיה נכון למרות היותו מקולקל". בדבריו הוא מסביר כיצד רבנים גדולים טעו בו וחשבו שיש לו רוח הקודש. "אלישע הנביא אומר על האשה השונמית שבנה מת: "וה' הֶעְלִים מִמֶּנִּי וְלֹא הִגִּיד לִי". אלישע היה פי שנים ברוחו מאליהו הנביא והוא לא ראה. גם יעקב לא ראה את מכירת יוסף למרות היותו נביא. גם משה לא צפה את הקלקול של המרגלים שכשרים היו באותה שעה. לעיתים ה' מסתיר מעבדיו, כנראה כדי לחלץ את ההנה הזאת מעצמינו".
לדברי הרב אליהו, למרות שהרב מהצפון חטא, אין להקרין את סיפורו על כל הרבנים וניתן להמשיך להאמין להם. "כשיש תאונות דרכים לא פוסלים את כל הרכבים. כשיש ניצבים שסרחו - לא כל המשטרה פסולה. כשיש קצינים או פרופסורים שסרחו לא הכל פגום. תמיד צריך זהירות ועינים פקוחות. אם אתה רואה משהו חשוד אצל בעל הסמכות - אל תבטל את דעתך בגלל הסמכות".
"צריך לשמוע מבעל הסמכות אבל לא לבטל את דעתך לגמרי. חכמינו אמרו שאדם צריך להיות אמיתי, כך מספרת הגמרא (יומא סט) על ירמיה ודניאל שלא יכלו היה אחרי החורבן לחזור על דברי משה רבינו. משה אמר: 'האל הגדול הגיבור והנורא". ירמיה אמר: נכרים מקרקרין בהיכלו איה נוראותיו? לא אמר 'נורא'. דניאל אמר: נכרים משתעבדים בבניו, איה גבורותיו? לא אמר 'גבור'. מסבירה הגמרא איך הם העזו לשנות את דברי משה: "אמר רבי אלעזר: מתוך שיודעין בהקב"ה שאמיתי הוא, לפיכך לא כיזבו בו". מסקנה. תלמד אצל הרב ותחפש תמיד את האמת. ה' מבקש מאתנו אמת, כנות ולא ציטטות. בבית המדרש האמיתי התלמידים שואלים את הרב: 'מנלן' ו'קשיא'".
בנוגע ללימוד מספריו של הרב, לדבריו בדיעבד צריך לבדוק האם הלימוד מהם היה נכון או לא. "רבי מאיר למד תורה מאלישע בן אבויה בו בזמן שרכב על סוסו בשבת. ודאי היו טעויות מהותיות בהגותו של אלישע בן אבויה, אך רבי מאיר ניפה את הפרי מהפסולת. אנחנו לא פוסקים כמו רבי מאיר לכתחילה, אבל בדיעבד כל מה שלמדו ממנו או מספריו צריך בדיקה. יש פרי ויש קליפה. וצריך לבדוק כל מילה וכל שיעור וכל ספר בשבע עינים. אם קיבלת ממנו עצה תבדוק אותו אצל רב אחר - אולי היא פרי ואולי היא קליפה".
"מוקדם עדיין להסיק את כל המסקנות המתבקשות מהמקרה הזה. ה' יעזרנו על דבר כבוד שמו. אבל מי ששומר על ההלכה לא נופל במקרים כאלו. לצערינו הוא לא שמר על הלכות יחוד ולא על הלכות נגיעה, על כן הוא נפל במקרים קשים ביותר. המסקנה שלנו הראשונית היא לא לחשוב שאני יכול לעבור על הלכות יחוד ונגיעה ולא להתדרדר. מי שמתחיל לוותר - עלול למצוא את עצמו בשיא התועבה".
האם כל העיסוק סביב הנושא לא בגדר לשון הרע? שואל הרב ועונה, "הסיפור הזה מפורסם והוא לא בגדר לשון הרע. גם בדבר המפורסם מותר לדבר על זה רק לצורך ולא לרכילות. מותר לדבר רק מה שאמיתי ולא מה שכתוב בעיתונים. אנשים צריכים ללמוד מהסיפור הזה להיזהר ולא ליפול במלכודת שעלולים להניח להם אחרים".
והאם הקלקול הזה קשור ללמוד הקבלה? "לימוד הקבלה נותן עוצמות גדולות. וכל גדולה מביאה גם גדולה ביצר. כל הגדול מחברו יצרו גדול הימנו. אבל אלוקים יצר אותנו כ"עם גדול". ועל כן אין לנו ברירה אלא להיות גדולים גם בשמירת העיניים ושמירת הברית. כך היה הבבא סאלי זיע"א וכך ראינו אצל מו"ר הרב אליהו זצוק"ל. קדושה גדולה מביאה עוצמות גדולות וגם מצריכה שמירה גדולה על כל פרט ופרט".
"יש סיפור בגמרא (יומא סט) שבתחילת ימי הבית השני ביטלו את יצר הרע של עבודה זרה. אחר כך ניסו לבטל את יצר הרע של עריות והסתבר להם שביטולו יצר העריות מבטל גם את יצר ההולדה "לא נמצא ביצה לחולה בכל ארץ ישראל". על כן לא ביטלו את יצר הרע הזה אלא החלישו אותו שלא יפגע בדרך כלל בתוך המשפחה. מסתבר שאי אפשר לבטל מהשורש את החלק הרע של יצר הרע. לכן בביטול היצר הרע של עבודה זרה איבדנו גם את הנבואה והשראת שכינה", מסכם הרב את מכתבו.
"בבנין הבית השלישי תחזור גם הנבואה וגם השראת השכינה. יחד איתם יחזור יצר של עבודה זרה. לא תהיה לנו ברירה אלא להתגבר עליו ולכוון אותו למקום הנכון כדי שנוכל לזכות בנבואה. לקראת בנין הבית השלישי יחזרו כל כוחות היצירה לעם ישראל ביחד עם היצרים שלם. יתחזק בנו כוח היצירה וההולדה. יתחזק כח יצר העריות. אנחנו מוכרחים לכוון את הכוחות רק למקום היפה והבונה. ליצירה. ליצר הבונה ומטיב ולא ליצר ההורס ומנצל. כך תבוא הגאולה".