בד"ץ אורות אליהו החל ברעש גדול ונגמר בקול ענות חלושה בצל פרשת הרב עזרא שיינברג, שעצור בחשד לאונס והטרדה מינית בנשים, וששמו הותר לפרסום אתמול בלילה על ידי בית המשפט העליון.
בינואר 2012 הוכרז בקול גדול כי הרב עזרא שיינברג והרב שמואל אליהו השיקו מערך כשרות עצמאי ופרטי חדש, הנחשב למהדרין ומקביל לגופי הכשרות העצמאיים של העדות החרדיות, תחת הכותרת "בד"ץ אורות אליהו" - על שמו של הרב מרדכי אליהו זצ"ל.
את המערך הטכני של הבד"ץ החדש הוביל הרב עזרא שיינברג, אז ראש הישיבה הגבוהה אורות האר"י בצפת ורב בכיר בציונות הדתית, אשר החליט כבר שנתיים קודם לכן להוציא את היוזמה לפועל. הבד"ץ סיפק במשך שלוש שנים בעיקר עופות טריים בכשרות מהודרת ששחיטתם מבוססת על פסיקותיו של הרב מרדכי אליהו.
מנכ"ל מערך הכשרות החדש, הסביר בזמנו כי "אנחנו בציונות הדתית צריכים להפסיק לרעות בשדות זרים, מגיע לנו כשרות הולמת. המציאות היא שהיום חלק מהציבור הדתי משתמש בהכשרים מהודרים המשויכים לחצרות חסידיות או חרדיות. הגיע הזמן להבין שגם לנו יש גדולי דור בנושא כשרות".
אך בצל הזעזוע הגדול סביב פרשת הרב שיינברג והתלונות שהוגשו נגדו, הבד"ץ הציוני הדתי הראשון נמצא בשלבי קריסה. אתמול הוציא הרב שמואל אליהו הודעה בה התנער מכל וכל מהבד"ץ, וכתב במכתב כי "נשאלנו רבות לאחרונה בעניין הבד"ץ שבנדון, ועל כן ראינו לנכון להבהיר לציבור הרחב כי אין לנו כל אחריות לגבי תוצרת בד"ץ זה העושה שימוש בשמו של מו"ר אבינו מרן הראשון לציון הרה"ג מרדכי אליהו זצוק"ל".
"הודענו לנוגעים בדבר כי כל המשך שימוש בשם מו"ר אבינו זצוק"ל החל מר"ח אב תשע"ה, הן באופן ישיר והן באופן מרומז הינו בניגוד גמור לדעתנו ועשוי להוות אף הטעית הציבור באשר לרמת הכשרות, הואיל וכבר ידועה הייתה מידת החמרת אבינו בהלכות הכשרות כלפי עצמו וכלפי שלוחיו, וגוף זה כאמור אינו מטעמנו", כתב הרב אליהו.
ממידע שהגיע לידי 'כיפה' עולה כי עוד קודם להודעה הדרמטית של הרב אליהו, היה הבד"ץ בשלבי קריסה מתקדמים, בין אם מכיוון שצרכנים רבים ידעו כי הרב שיינברג הוא 'הרב מהצפון' למרות צו איסור הפרסום אשר הוטל על פרטי הפרשה, ובין אם בשל הפרשה עצמה שזעזעה את הבד"ץ עצמו ושמטה את הקרקע ההלכתית מתחת לרגליו.
בשבועות האחרונים נבדקה אופציה להעביר את הפיקוח על הבד"ץ לידי ארגון כושרות, אך כרגע ככל הנראה המהלך ירד מן הפרק. בשיחה עם מנהל התפעול של ארגון כושרות, תומר בן צבי, הוא אישר כי התקיימו מגעים בין הצדדים, אך כרגע פיקוח מטעם 'כושרות' אינו עומד על הפרק. "יתכן שהבד"ץ יפתח בקונסטילציה חדשה, אבל כרגע הוא בשלבי סגירה", אמר.