בג"ץ קבע הערב (ה') כי על מדינת ישראל להרוס את כל בתי היישוב עמונה בתוך שנתיים, זאת בעקבות עתירה של ארגוני שמאל. בהחלטה, שהתקבלה על ידי הרכב שופטים בראשות נשיא בית המשפט העליון אשר גרוניס, כתב האחרון "נוכח הקושי הגלום בביצוע ההריסה, שהרי מרבית המבנים משמשים למגורים, ועל מנת שתהיה אפשרות לבחון חלופות למגורי התושבים, אנו מורים כי הצווים ימומשו תוך שנתיים מיום מתן פסק דין זה".
"לא בנקל מורים אנו על ביצוע של צווים שמתוקפם יפונו מבני היישוב, המשמשים למגורים של תושביהם במשך שנים לא מעטות. אין ספק כי השלכות ביצועם של צווי ההריסה קשות וכואבות הן עבור התושבים ובני משפחותיהם, אשר השתקעו ביישוב והקימו בו קהילה משותפת. עם זאת, אין בקושי זה כדי לאפשר הכשרה של בנייה בלתי חוקית על קרקע פרטית, ואין בו כדי להצדיק אי-אכיפה של הדין", אמר גרוניס והוסיף כי "אי פינויים של המבנים מהווה הפרה של התחייבויותיהם החוזרות של שר הביטחון, מפקד כוחות צה"ל בגדה, ראש המנהל האזרחי ומפקד משטרת מחוז ש"י בפני בית המשפט לביצועם של צווי ההריסה, תוך פגיעה חריפה בזכויותיהם של התושבים המוגנים באזור ומניעת גישתם לקניינם הפרטי. פגיעה זו בשלטון החוק ובזכויות התושבים המוגנים היא המחייבת, על אף הפגיעה בתושבי היישוב, את פינויים של המבנים בשטחו".
במהלך העתירה נטען בידי המתיישבים בעמונה, כי חלק מהקרקע נרכש כדין, וגרוניס הבהיר כי "אין בכך כדי להשפיע על הכרעתנו במקרה דנא. רכישת הקרקע, ככל שאכן נעשתה, אינה מכשירה את הבנייה הבלתי חוקית שבוצעה ללא היתרים ושלא בהתאם לייעוד המקרקעין, ולפיכך היא אף אינה משנה את תוקפם של צווי ההריסה. הרכישה היא של חלקים בלתי מסוימים בקרקע, בשיעורים נמוכים יחסית, בפרט בחלקות בהן בוצעה הבנייה. במצב זה, אף אם בעתיד תתקבל החלטה המורה על פירוק השיתוף, קיים ספק האם יהיה בכך כדי לאפשר את הכשרת כל הבנייה או אף את מרביתה".
יו"ר מטה עמונה, עו"ד אביחי בוארון, מסר בתגובה: "הגיע הזמן שממשלת נתניהו תפסיק בטרף ההתיישבות ביהודה ושומרון. אם ביבי נתניהו רוצה להמשיך את ההתנתקות מגוש קטיף ולהחריב את ההתיישבות היהודית ביהודה ושומרון, אם ממשלת הליכוד רוצה להתחיל את ההרס בישוב עמונה שנמצא 20 שנים על הקרקע אנחנו נשבעים היום להילחם בזה בכל הכוח העומד לרשותנו. זו העת שממשלת ישראל תיקח אחריות על חיי מאות אלפי אזרחים ומתיישבים יהודים ולא תאפשר לממשלת השמאל בבג"צ לנהל את המדינה, הגיע הזמן לומר די להפקרות שמאפשרת את המשך שלטון השמאל בישראל דרך מערכת המשפט".