הרמטכ"ל גדי איזנקוט החליט לנזוף נזיפה פיקודית ברב הצבאי הראשי רפי פרץ, בשל התנהגות שאינה ראויה, ובמקביל נזף ראש אגף מודיעין ב-א', ראש מחלקת ביטחון מידע בצה"ל, שכיהן כראש מטה הרבנות בתפקידו הקודם, כך התפרסם בחדשות 2.
הרב פרץ ננזף לאחר שהחליט לשלם שכר גבוה יותר ל-א', ששימש כאמור כראש המטה שלו, וסיפק לו שכר של רב פיקודי, הזהה לשכר רב ראשי של עיר, זאת למרות שראש המטה אינו רב פיקודי, ולא אמור היה לקבל שכר זהה לשכר רב עיר.
על פי הדיווח, א' הוכשר והוסמך בדרגה כרב פיקוד, אך מכיוון שלא שימש ככזה בפועל, עליו להשתכר בסכום נמוך יותר. א' ייאלץ להחזיר למדינה כמה עשרות אלפי שקלים, זאת למרות שכבר התקדם בתפקידו.
עו"ד אילן בומבך, המייצג את הרב הצבאי הראשי מסרי בתגובה לחדשות 2 כי "הרב הצבאי אינו אחראי למחדל. גם התביעה לא טענה זאת. אל"מ א׳ קיבל את ההסמכה כרב עיר ממועצת הרבנות הראשית שהיא הגוף הבלעדי שמוסמך ליתן הסמכה כזו. הרב הצבאי בסך הכל תיאר את המציאות כהוויתה שהוא משמש כסגנו לכל דבר. לא מדובר בשום חשש לפגיעה בטוהר המידות. בניגוד לאל"מ א' שאולץ לפרוש מיד, מתכוון הרב הצבאי לפרוש בקיץ ללא כל קשר לכך".