בשל החלטת הממשלה להפסיק את הלימודים בכדי למנוע את התפשטות הקורונה, משרד החינוך הוציא הנחיה על החזר תשלומי ההורים במוסדות החינוך הפנימייתיים ומוסדות אקסטרנים. במנהל החינוך הדגישו כי רוב תשלומי ההורים מועברים לשכר המורים, אך החריגו את המוסדות בהם התלמידים מתגוררים, ובימים אלו נחסך מהם התשלום השוטף עבור מחיית התלמידים כמו מזון ולינה מכוון שתלמידים חזרו לבית הוריהם.
במשרד החינוך הדגישו בחוזר לבתי הספר כי: "מרבית ההוצאות בעבור הוצאות אחזקה שוטפות ממומנות על ידי תשלומי הורים. אי לכך עצירת תשלומי ההורים כליל עלולה לגרום למוסדות הפנימייתיים לבעיות כלכליות קשות ומתמשכות שעשויות לסכן את המשך קיומם". אולם גם במשרד החינוך הבינו כי ההורים לא יכולים לשאת בנטל לבדם, כלומר לשלם את תשלומי ההורים המלא ולממן את הילדים גם בבית בעת החופשה הכפויה.
שר החינוך פרץ הנחה כי: "מוסדות החינוך הפנימייתיים (הכוללים את האולפנות והישיבות) יוכלו להמשיך ולגבות את התשלומים במוסדות אלה, תוך הפחתה של 30% מהתשלומים המשולמים על ידם, וזאת עת חופשת הפסח אמורה להילקח בחשבון התשלומים שנדרש לשלמם כדבר שבשגרה".
במוסדות אקסטרנים תשלומי ההורים יתחלקו ויוחזרו באופן שונה. תשלומי הרשות (עד 1000 בשנה) כמעט כל השירותים בוצעו או עתידים להתבצע בקיץ, ולכן רק אם בקיץ לא יחזרו ללימודים, המוסדות יחזירו להורים את השירותים שלא בוצעו. שירות נוסף הוא רכישות בית ספריות מרצון, כמו טבלטים או סמינריונים, בשירות זה כל בית ספר יחזיר מה שלא בוצע. בשירות לשעות תיגבור (תל"ן, עד 3400 ש"ח בשנה), ההחזר יתבצע רק במידה שאין למידה מקוונת. אם בבית הספר יש למידה מקוונת בשעות התיגבור,תמשך גביית הכספים. התשלום הנוסף הוא עבור הזנה- כיוון שלא מתקיימת, מופסקת לגמרי.
השר פרץ הבהיר כי בסוף התקנות לשעת חירום או בסוף השנה, ייערך החישוב מה בוצע מכל סעיף, והשאר יוחזר להורים, אולם הדגיש כי ההחזרים יעשו בשיקול דעת בכדי לא לגרור את מוסדות החינוך לגרעון כלכלי חמור.
כפי שפורסם לראשונה בכיפה, רשת מרכז ישיבות ואולפנות בני עקיבא יחד עם רשת נעם-צביה הוציאו מכתב להורים בו הם פירסמו כי ההורים יקבלו החזר חודשי של 25% ויעשה חישוב נוסף בסוף השנה לאחר שידעו מתי והאם חוזרים ללימודים. ההחלטה של השר מוסיפה להורים החזר של עוד 5% משכר הלימוד החודשי