כשנה לאחר שנישאו וכשנתיים וחצי לאחר שאיבד את רעייתו הראשונה בפיגוע, נולדה הלילה (ב') בת לנתן ממאיר ולאשתו זהר מורגנשטרן. "וליבנו אומר שירה שלא עזב חסדו והקימנו. יט' תמוז, יום טוב לנו, בהולדת בתנו. שהחיינו וקיימנו והגיענו לזמן הזה", כתבו השניים בהודעה שפרסמו.
נתן מאיר היה נשוי לדפנה מאיר, שנרצחה בפיגוע דקירה בפתח ביתם שבעתניאל בינואר 2016. דפנה הותירה אחריה את נתן ואת ארבעת ילדיהם וכן שני ילדים קטנים שהיו אצלם באומנה. המחבל הורשע ברצח ונגזר עליו מאסר עולם.
בחודש מאי 2017 נישא נתן לזהר מורגנשטרן, אשת חינוך מירושלים. החתונה נערכה בקרב בני המשפחה ומספר מצומצם של חברים.