לפעמים, כשמכינים עוגת שוקולד, היא לא נאכלת כולה באותו יום. במצב כזה, הדרך שבה מאחסנים אותה עושה את כל ההבדל: פעולה אחת יכולה להשאיר את העוגה רכה וטעימה, או להפוך אותה ליבשה ומאכזבת. אחסון לא נכון עלול לגרום לה להתקלקל במהירות, אבל בתנאים מתאימים היא יכולה להחזיק מעמד גם כמה ימים.
להשאיר את העוגה בטמפרטורת החדר
כדי לשמור על המרקם והטעם, מומלץ לעטוף את העוגה בניילון נצמד או להניח אותה בקופסה סגורה, ולהשאיר אותה בטמפרטורת החדר. מקום פתוח בבית, כמו שולחן, שיש או מזנון, עושה את העבודה, ולא להכניס אותה למקרר או לתנור.
טמפרטורת החדר מספקת סביבה שלא מקררת ולא מחממת את העוגה. כך הלחות הטבעית שלה נשמרת, המרקם נשאר רך ואחיד, והיא לא מתייבשת במהירות. עטיפה טובה גם מונעת מהאוויר למשוך החוצה את הלחות, ולכן העוגה נשארת טעימה גם יום או יומיים אחרי האפייה.
המקרר, לעומת זאת, הוא אחת הטעויות הנפוצות ביותר. הקור גורם ללחות לצאת מהעוגה ומקשה את המרקם מבפנים. התוצאה היא עוגה פחות רכה ולעיתים אפילו מתפוררת. גם תנור כבוי אינו פתרון מוצלח. למרות שהוא סגור, הוא לא אטום לגמרי, ולעיתים שומר חום או לחות לא אחידים. בנוסף, פתיחה וסגירה של דלת התנור יוצרת שינויי טמפרטורה שפוגעים בעוגה בהדרגה.