בשבת האחרונה התארחו תלמידות השלוחה של מדרשת לינדנבאום בלוד ביישוב אלעזר בגוש עציון. במקרה התארח ביישוב גם הרב פרץ, יו"ר הבית היהודי, בשל אירוע משפחתי. אחרי התפילה ניגש אב של אחת התלמידות אל פרץ וביקש ממנו לשוחח עם הנערות. פרץ -הרב הראשי לצה"ל לשעבר- סירב משום שהבנות מתעתדות להתגייס לצה"ל בקיץ.
תלמידות במדרשה הן כבר מחויילות, ולכן הן מחויבות לשרת מסגרת השירות הצבאי. צוות המדרשה ביקש מהרב פרץ שייתן 'טיפים' לבנות כיצד תעבורנה את שנות שירותן בצורה המטיבה ביותר, כמו שנוהג לא פעם לעשות מול נערים המתגייסים לצבא,אולם הוא טען כי הוא מתנגד לגיוס נשים לצה"ל.
בהמשך הדברים הסביר הרב אודי אברמוביץ, שהיה עם התלמידות בשבת, לרב פרץ כי חלק מהבנות מתגייסות, אך יש כאלו שמתנדבות לשירות לאומי, ולא לצבא. על פי מידע שהגיע לחדשות כיפה הרב פרץ אמר לרב אודי "שיהיה להן בהצלחה" ועזב את המקום.
הרב אהד טהרלב, ראש המדרשה, סיפר כי לרב רפי זכויות רבות וגדולות, אך במקרה הזה הוא טעה: "כשהיה רב ראשי הוא דאג לכולם, אבל היום כשהוא בתפקיד יו"ר הבית היהודי הוא צריך עוד יותר לדאוג לכולם. זה אמור להיות בית של כולם , אך הוא הוציא חצי מגזר החוצה ואני מצר על כך. אני גם מצר עוד יותר שמי שהולך להיות שר החינוך בחר להתנהל כך".
מלשכת הרב פרץ דוחים את האשמות: "במהלך השבת פנו אל הרב רפי פרץ ללא תיאום מראש. לרב פרץ היה אירוע משפחתי שלא יכל לבטל ולכן הבקשה לא הייתה רלוונטית. כרבצ״ר לשעבר, הרב רפי מאמין שברגע שהבת התגייסה לצה״ל היא צריכה חיזוק ותמיכה רוחנית כמו בנים שמתגייסים, וזאת עשה במסגרת תפקידו בצבא".
במדרשת עין הנצי״ב תקפו את הרב פרץ על סירובו לפגוש את בנות המדרשה: ״סירובו של הרב רפי פרץ, מנהיג הציונות הדתית כיום והרב הצבאי הראשי לשעבר, לדבר בפני תלמידות העומדות בפני גיוס ממדרשת לינדנבאום - אינו ראוי ומעביר מסר של הדרה והשתקה. שירות הנשים הדתיות בצה״ל היא מהפכה חשובה מאין כמוה, שאנו גאות להיות חלק פעיל ומשמעותי ממנה. שירות הנשים הדתיות בצה״ל הוא אות של כבוד לציונות הדתית ולצה״ל. אנו מחזקות את חברותינו ממדרשת לינדנבאום וקוראות לרב פרץ לחשב מסלול מחדש, בכל הנוגע לעמדתו בעניין שירות הנשים הדתיות בצה״ל״.
ד"ר יעל אראלי, מנהלת פורום המדרשות לבנות מסרה: "אנו מצרים על הדברים המשסעים והמפלגים שנאמרו ומחזקים את ידי יו"ר איחוד מפלגות הימין הרב רפי פרץ. הרב פרץ, ח"כ בצלאל סמוטריץ וכלל חברי הסיעה מסורים ורתומים למשימת חיזוק עולם התורה ופועלים בימים אלו להגשמת האידיאל באופן מעשי וחומרי.