במשך שנתיים כיהן ניצב מוטי כהן כממלא מקום מפכ"ל המשטרה. אחרי שהשר לביטחון פנים אמיר אוחנה הודיע כי המפכ"ל החדש יהיה יעקב שבתאי, הודיע כהן כי הוא יעזוב את הארגון, והערב (ה') המהלך יצא אל הפועל, הניצב יסיים הערב את תפקידו במשטרת ישראל וייצא לחופשה. את מקומו ימלא סגן המפכ"ל, ניצב אלון אסור. בימים הקרובים תבוצע חפיפה בין מ"מ המפכ"ל לניצב קובי שבתאי לקראת כניסתו לתפקיד.
(הערכת מצב שקיים ניצב מוטי כהן אחרי האירועים בלוד)