יממה לאחר שחוות הדעת על בקשת החנינה של ראש הממשלה, שנוסחה במחלקת החנינות במשרד המשפטים, הועברה לידיו בעקבות האצלת הסמכות מהשר לוין, תקף השר עמיחי אליהו בחריפות: "מבעד למלל המשפטי והאסמכתאות, עולה כשל תפיסתי עמוק: הפקידות המשפטית מנסה לבחון אירוע היסטורי, לאומי וחוקתי חסר תקדים, מבעד למשקפיים הצרים והטכניים של ההליך הפלילי השגרתי. היא מתעלמת לחלוטין מכך שסמכות החנינה היא חיצונית למרחב הרגיל של מערכת המשפט".
"פסק הדין קבע מפורשות את עצם קיומה של הסמכות לחון אדם טרם הרשעה"
השר שיתף כי "מחלקת החנינות נתלית בפסק דין ברזילי (פרשת קו 300) בניסיון לאבחן ולסכל את החנינה כעת. מבלי להיכנס לטיב ה'הודאה' שניתנה אז". בכיר עוצמ היהודית טוען כי "פסק דין ברזילי כלל לא מתנה את סמכות החנינה של הנשיא בקיומה של הודאה מוקדמת. פסק הדין קבע מפורשות את עצם קיומה של הסמכות לחון אדם טרם הרשעה. הא ותו לא. כל היתר אלו נסיבות שרירותיות של המקרה שנדון שם. יתרה מכך, פסק הדין אף מכיר בכך שהנשיא יכול - וצריך - לשקול שיקולים ביטחוניים, לאומיים ומדיניים במתן חנינה".
למרות הביקורת, השר משבח את עבודתה של מחלקת החנינות - ובמקביל תוקף את היועמ"שית על אי פעילותה בנושא. "הדבר מצוין אפילו בחלקו, כביקורת פומבית, בתוך חוות הדעת עצמה: במשך שלושה וחצי חודשים תמימים התעלמה היועמ"שית מהפניות בנושא. היא כלל לא טרחה לענות לפניותיו החוזרות ונשנות של שר המשפטים, יריב לוין, באשר לסוגיית מניעתו. השיא הגיע עד לניסיונות אקטיביים של היועמ"שית למנוע את עצם מסירת חוות הדעת. אין מילים לתאר את האכזבה העמוקה מהתנהלות נלוזה זו. דווקא נושא התפקיד שאמור להיות מגדלור של שמירה על החוק, הצדק והמנהל התקין, בוחר להתנהל בשיטות של השתקה וגרירת רגליים".