ההכנות למבצע החיסול בתימן כללו הכנה של חודשיים במערך המודיעין, כאשר הרמטכ"ל וראש אמ"ן הקימו התארגנות מודיעינית חדשה על הזירה התימנית. לפי חשיפת ווינט, במסגרת ההכנות, כ -200 חיילים וקצינים, מגופי המודיעין השונים של אמ"ן: 8200, 9900 ו- 504 התכנסו בבונקר מסווג במרכז הארץ והחלו באיסוף מודיעין על הבכירים החות'ים. ההתארגנות כללה גם נציגים מפיקוד מרכז של ארה"ב.
במערך המודיעין זיהו הכנות לקראת מפגש קבינט רחב
סמוך לתקיפה בתימן, במערך המודיעין הייעודי שהוקם, זיהו הכנות לקראת מפגש קבינט רחב של בכירי הממשלה החות'ית. סא"ל א' מחטיבת המחקר באמ"ן עדכנה מיידית את תא"ל מ', ראש חטיבת ההפעלה באמ"ן, על קיומו של הדיון החשוב והיקפו. באמ"ן התלבטו על נקודות המפגש המתוכננות האפשריות ועם הזמן הן הלכו והצטמצמו. בהמשך סוכם על נקודת התקיפה והיא אושרה על ידי הדרג הצבאי והמדיני במהירות. התקיפה בוצעה באמצעות מטוסי קרב.