ראש הממשלה נתניהו הגיב לצו הארעי שהטיל בג"ץ עד לדיון בעתירות נגד הדחת ראש השב"כ. עיקרי הטענות בכתב התגובה: "הסוגיה אינה שפיטה. הסמכות לפיטורי ראש השב"כ נתונה לרה"מ ולממשלה. בר בחר לוותר על הופעתו בפני הממשלה". בין יתר הטענות שהועלו בתגובה הממשלה נכתב כי היעדרותו של בר מהדיון על הדחתו וכן העובדה שלא עתר נגד ההחלטה לבג"ץ מחזקים את הקביעה כי הסוגייה אינה שפיטה.
"ראש שירות לא יכול לכהן אם הוא לא נהנה מאמון הממשלה"
עוד נטען בתגובת הממשלה כי "בתהליך החקיקה של חוק שירות הביטחון הכלל הבהיר המשנה ליועמ"ש דאז, מני מזוז, כי הנחת המוצא היא ש'ראש שירות לא יכול לכהן אם הוא לא נהנה מאמון הממשלה'. לטענת הממשלה, "אי אפשר לכפות על ראש הממשלה והממשלה המשך עבודה עם ראש שב"כ שאינו נהנה מאמונם".
לסיום, ראש הממשלה נתניהו הכחיש את הטענה לקשר בין חקירת פרשת קטאר-גייט להדחתו של ראש השב"כ. זאת ועוד, בממשלה טוענים כי מכתב התגובה של בר לטענות נתניהו שבו הביע אי אמון בראש הממשלה מהווה מכתב התפטרות.