לאחר סאגה שנמשכה על פני למעלה משלוש שנים גזר הבוקר (ג') בית המשפט המחוזי בתל אביב שנת מאסר בפועל על הרב יאשיהו פינטו במסגרת הסדר טיעון באשר לשיבוש הליכי משפט, מתן שוחד והצעה לשוחד לתת ניצב אפרים ברכה. בנוסף נקנס הרב פינטו בסכום של מיליון שקלים.
בפתח הדיון השופט עודד מודריק ציין כי מתחם הענישה הראוי לעברות שביצע הרב פינטו הוא בין שלוש לשבע שנות מאסר, אך הסדר הטיעון ראוי מכיוון שהרב פינטו הסכים להעיד נגד מנשה ארביב.
"לבד מהיקף הצעת השוחד והסכנות בולט מרכיב ניצול מרות. מרות הנובעת מהשקפת עולמו של תת ניצב ברכה. הנאשם העצים את מרותו של ברכה. הצעות השוחד השתלבו ברצף של פעולות לשיבוש חקירה ושיבוש מהלכי משפט. מדובר ברב גדול שחטא והשחית, שילב אחרים בפשעיו, גם את אשתו על אף מצבה הנפשי כיום", קבע השופט.
"הנאשם נותן את הדין בגין הודאתו. הוא עומד בראש הפעילות של שובה ישראל וצבר תהודה רבה מקרב כל שכבות הציבור הוא היה להם לרב ולמנהיג", השופט סקר את האישום ואת ההסדר בעניינו של פינטו. הוא ציין כי לקח בחשבון גם טענות של באי כוח הנאשם בשל נסיבות אישיות של פינטו שאין לשלוח אותו לעונש מאסר: "הוצגו לי דברים רבים שנאספות מדי שנה תרומות של מיליוני שקלים לנזקקים רבים, הוצגו מכתבי הוקרת תודה. מיום שנולד עזר לזולת, לרבים היה לרב היה למורה דרך", הוסיף השופט.
ב-2012 נחקר הרב פינטו בחדש לניסיון לשחד את ראש אגף החקירות במשטרה אפרים ברכה בסכום של 200 אלף דולר במטרה לקבל מידע בנוגע לחקירה אחרת שהתנהלה בעניינם. שנה מאוחר יותר, פנו פרקליטיו של הרב פינטו ליועמ"ש יהודה וינשטיין והציגו עדויות לפיהן ניצב מנשה ארביב, מפקד יחידת להב 433 קיבל טובות הנאה מישראלים המקורבים לרב פינטו המתגוררים בניו יורק. בעקבות החומרים נאלץ ארביב להתפטר, ובמקביל נחתם הסדר טיעון עם הרב פינטו לפיו הרב יעיד נגד ארביב ובתמורה יקבל עונש מופחת.
פרקליטו של הרב פינטו ביקש עיכוב ביצוע לעונש המאסר למשך 45 יום על מנת לשקול הגשת ערעור ולבקש מבית המשפט העליון את עיכוב הביצוע. השופט קבע כי סיכויי הערעור אינם גבוהים, הסכים לעיכוב הביצוע וקבע כי הרב פינטו יחל לרצות את עונשו ב-28 ביוני. בנוס, קבע כי עד כניסתו לכלא חל על הרב פינטו צו עיכוב מישראל.