הרב יצחק פרץ החליט לסיים את תפקידו כראש מערך הגיוס בעקבות "קשיים רבים הפוגעים בתפקודי כראש מערך הגיור ובמערך הגיור כולו", כך התפרסם לראשונה בוואלה.
הרב פרץ עומד בראש מערך הגיור מ-2014 ונתקל בקשיים רבים במהלך עבודתו. "יש למישהו כוונה לפגוע במערך הגיור ולעצור מיידית את פעילותו"- כך כתב הרב במכתב זועם לראש הממשלה.
הרב התריע כי אנחנו נמצאים בפני משבר חמור למערך הגיור: "למערך הגיור חסרים כיום למעלה מ-20 מיליון ש"ח לצורך המשך פעילותו התקינה, עובדה שכאמור ידועה היטב לבעלי המקצוע מזה זמן רב, אך למרות הבטחות רבות שקיבלנו, העניין טרם בא על פתרונו. יצוין, שאנו פונים בעניינים אלה שוב ושוב, אך איננו מקבלים מענה מספק. שבענו הבטחות ואמירות שהעניין מטופל, ואיננו רואים תוצאות בשטח".
הכספים שיהיו צריכים לעבור לידי מערך הגיור לא הגיעו ליעדם אחרי שהועדה שדנה בנושא לא הצליחה להגיע להסכמות עם רבני הזרמים השונים. הרב הודה שהמחסור בכסף לא מאפשר לו לעשות את עבודתו כשורה והחליט לפוש מתפקידו
עמותת עתים הצרה על עזיבתו של הרב פרץ: "אנו מצרים על התפטרותו של הרב פרץ, שתרם רבות לגיור בישראל. הכשלים עליהם מעיד הרב פרץ הם סממן נוסף לצורה המחפירה שבה מתנהלים הליכי הגיור בישראל, שסוקרו בהרחבה בדו"ח מבקר המדינה. בדרך לגיור ממלכתי מקרב, קשוב ויעיל מתגלה מחסום נוסף, ומי שנפגע בסוף הוא הציבור, ובתוכו 400 אלף חסרי הדת שעלו לישראל מתוקף חוק השבות, והם חלק מהמארג החברתי במדינה. שמחנו לעבוד יחד עם הרב פרץ בשנים האחרונות ואנו תקווה שהביקורת תישמע בדרגים הגבוהים, שיפעלו לאלתר לתקן את כל המחדלים ויספקו לציבור את שירותי גיור הטובים ביותר, כפי שצריך להיות".
ח"כ אלעזר שטרן, הגיב גם הוא להתפטרותו של הרב יצחק פרץ: "הרב פרץ היווה נקודת אור בהתייחסות המדינה למתגיירים. התפטרותו מעידה כאלף עדים את שידענו מזמן על כישלונה של מדינת ישראל בטיפול בסוגיית הגיור. אני קורא לכל המעוניינים לפנות למערך "גיור כהלכה", שם יתקבלו בסבר פנים יפות ובגישה ידידותית לאין ערוך מזו שבה הם פוגשים בפניותיהם לנציגיה השונים של הרבנות הראשית לישראל."