בית המדרש נתרם על ידי משפחת פיש אשר בחרה להנציח את שמו של בנה חלל צה"ל, אמיר שי ז"ל, ואת 147 ניצולי השואה שהיו נצר אחרון למשפחותיהם ואשר נפלו בקרבות הקוממיות. במהלך הטקס אמר הרב הראשי,הרב יונה מצגר, כי ראוי שסיפורם של חללי נצר אחרון יונחל לנוער "עלינו לזכור כי האנטישמיות לא פסה מן העולם, ועלינו להודות לקב"ה על הנסים שעשה שהביאו להקמת בית יהודי לאחר 2000 שנות גלות".