הכופרים טוענים שמלאכים אינם קיימים. הם מודים שאי אפשר להוכיח את אי-קיומם, אלא שגם אי אפשר להוכיח את קיומם. אם כן, הם סותרים את עצמם, עליהם לומר שהם מסופקים, אך אם מחליטים שאינם, אז שקר בידם.
הם גם טוענים שמציאותם בלתי אפשרית, שהרי כיון שהם רוחניים ולא חומרים ,כיצד אפשר להבין שהם באים במגע עם העולם החומרי, וזה כאילו מדברים על עיגול מרובע. גם כאן, הם סותרים את עצמם, כי אם אינם מבינים את מהותם, כיצד יכולים הם להחליט שאינם קיימים. כמובן שאנו בעד שכל רציונלי, אבל אם נעשה צעד אחד נוסף ונחליט שכל דבר שאינו נתפס על ידי השכל, אינו קיים, אנו נופלים בטענות שוא.
כידוע, המדע בנוי על עובדות, והוא ניגש לפירושם. יתכנו פירושים שונים, אך אי אפשר להכחיש את המציאות. והנה המלאכים הם עובדה, הם נתון אמפירי, שהרי נביאינו סיפרו עליהם באריכות. עשרות ומאות ואלפי נביאים (עיין מגילה יד, א). זה אמפירי. יתר על כן, הנבואה מגיעה לנביאים דרך מלאכים, כדברי הרמב"ם במורה נבוכים ובהלכות יסודי התורה. אם אין מלאכים, אין נבואה. ד' פונה אל הנביאים דרך מלאכים. אמנם הנבואה נעלמה מאז החורבן, אך רוח הקודש לא נעלם, חלק מאלו שהגיעו למדרגת רוח הקודש באו במגע עם מלאכים, גם בתנ"ך, גם בגמרא, גם אצל רבותינו הראשונים, וגם בדורות האחרונים. ועד מרן הרב קוק, עיין אורות הקודש א קסה.
כי מה הם מלאכים? שלוחים של רבונו של עולם, גוונים של ההשגחה האלהית, הופעות של החכמה האלהית והרצון האלהי. לכן הרוחניות שבהוויה היא מלאך, חוקי הטבע הם מלאכים, מחשבות קדושות של בני אדם הן מלאכים, גילויים שמימיים הם מלאכים. עיין באריכות שיחות רבנו הרב צבי יהודה וישלח סדרה ב 298-285.